RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558469.5

CUX1-216, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 4

Gene CUX1, Length 588 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-216	ENST00000558469	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	SNX21	Q969T3	373 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	ZSCAN31	Q96LW9	406 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	SLK	Q9H2G2	1235 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	VCPKMT	Q9H867	229 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	NDUFB10	O96000	172 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	PARP1	P09874	1014 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	PDHB	P11177	359 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	SLC1A4	P43007	532 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	CCDC96	Q2M329	555 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	SPRYD7	Q5W111	196 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	PLCD3	Q8N3E9	789 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	NECAB1	Q8N987	351 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	FANCB	Q8NB91	859 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	CTCFL	Q8NI51	663 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	DCAF4	Q8WV16	495 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	NUP88	Q99567	741 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
CUX1-216	ENST00000558469	RLF	Q13129	1914 aa		11.21	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469		A0A0G2JLL6	359 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CXCL11	O14625	94 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	PFKFB2	O60825	505 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GOLGA8H	P0CJ92	632 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	SNHG28	P0DPA3	235 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	KIF5B	P33176	963 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	RCAN1	P53805	252 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	SCRN1	Q12765	414 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	SNAPC2	Q13487	334 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GRM4	Q14833	912 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	RTN1	Q16799	776 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	FAM83B	Q5T0W9	1011 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GADL1	Q6ZQY3	521 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	KCTD1	Q719H9	257 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	LPAR1	Q92633	364 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GMCL1	Q96IK5	515 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	TMX3	Q96JJ7	454 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	MAP3K14	Q99558	947 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	NCOA5	Q9HCD5	579 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GPCPD1	Q9NPB8	672 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	MAD2L2	Q9UI95	211 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	KCNH4	Q9UQ05	1017 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	NID2	Q14112	1375 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	TMEM232	C9JQI7	657 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	BMP3	P12645	472 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	VCAM1	P19320	739 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CDC27	P30260	824 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GTF2A2	P52657	109 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	ZNF543	Q08ER8	600 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GRM1	Q13255	1194 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	BECN1	Q14457	450 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	ASPRV1	Q53RT3	343 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GPATCH4	Q5T3I0	446 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	GTF3C6	Q969F1	213 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CCDC102A	Q96A19	550 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	RPAP3	Q9H6T3	665 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	KLRF2	D3W0D1	207 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CPLX1	O14810	134 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	WDR46	O15213	610 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	DHX16	O60231	1041 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	SLC10A3	P09131	477 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CETP	P11597	493 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	SLC16A2	P36021	539 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	IK	Q13123	557 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	PPP2R5B	Q15173	497 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	TREML2	Q5T2D2	321 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	FASTKD5	Q7L8L6	764 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	C12orf42	Q96LP6	360 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-216	ENST00000558469	TANGO6	Q9C0B7	1094 aa		11.18	□□□□□ -0.62

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