RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474929.1

USP54-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 4

Gene USP54, Length 590 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-211ENST00000474929 KCNA10Q16322 511 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 KRT40Q6A162 431 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 C8orf58Q8NAV2 365 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 KLHDC9Q8NEP7 349 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 VTI1AQ96AJ9 217 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 PBXIP1Q96AQ6 731 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 CERS4Q9HA82 394 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 C9orf78Q9NZ63 289 aaPredicted RBP10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 BTBD7Q9P203 1132 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 CTNNA3Q9UI47 895 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 FAM184BQ9ULE4 1060 aa10.01□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 COL11A1P12107 1806 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TPRP12270 2363 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 GPR75-ASB3A0A0A6YYF3 556 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 EPOPA6NHQ4 379 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 SPDYE16A6NNV3 312 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 CABYRO75952 493 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 CD4P01730 458 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 FCER1AP12319 257 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 GSTO1P78417 241 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 PRAMEF19Q5SWL8 479 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 CRACR2BQ8N4Y2 399 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 FBXL6Q8N531 539 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 NEK9Q8TD19 979 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 EDAQ92838 391 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TINF2Q9BSI4 451 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 MOV10L1Q9BXT6 1211 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 SPATC1LQ9H0A9 340 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 SIL1Q9H173 461 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 EMILIN3Q9NT22 766 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 KMT2EQ8IZD2 1858 aa10□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 GVINP1Q7Z2Y8 2422 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 ATRXP46100 2492 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 A0A1B0GUL7 405 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 PRR23AA6NEV1 266 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 COBLO75128 1261 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 DUSP11O75319 330 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 SLC25A27O95847 323 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 ASGR1P07306 291 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 LDHCP07864 332 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 SLURP2P0DP57 97 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 VCAM1P19320 739 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 ERCC3P19447 782 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 RFC2P35250 354 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 RHBDL3P58872 404 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TIGD5Q53EQ6 642 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 CCSAPQ6IQ19 270 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 KIAA1683Q9H0B3 1180 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 FAM86C1Q9NVL1 165 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 HOXC10Q9NYD6 342 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TRPC6Q9Y210 931 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TECTAO75443 2155 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TNKSO95271 1327 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 DCHS1Q96JQ0 3298 aa9.99□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TMEM221A6NGB7 291 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 M0R296 226 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 LPXNO60711 386 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 ALDH1L1O75891 902 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 BAIAP3O94812 1187 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 C6orf222P0C671 652 aaPredicted RBP9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 COPB2P35606 906 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 PTPROQ16827 1216 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 BEND3Q5T5X7 828 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 IER5LQ5T953 404 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TRIM67Q6ZTA4 783 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 DGLUCYQ7Z3D6 616 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 FOXP4Q8IVH2 680 aaPredicted RBP9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 HERC6Q8IVU3 1022 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 CCDC146Q8IYE0 955 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 NOL10Q9BSC4 688 aaKnown RBP9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 FSD1Q9BTV5 496 aa9.98□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 SMCHD1A6NHR9 2005 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 ACACBO00763 2458 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 NCK2O43639 380 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 HLA-DOAP06340 250 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 ZNF865P0CJ78 1059 aaPredicted RBP9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 PLCG2P16885 1265 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 IRS1P35568 1242 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 NBL1P41271 181 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 CCL23P55773 120 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 KCTD2Q14681 263 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 RRP1BQ14684 758 aaKnown RBP9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 TWISTNBQ3B726 338 aaPredicted RBP9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 LRRC24Q50LG9 513 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 G2E3Q7L622 706 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 METTL16Q86W50 562 aaKnown RBP9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 NCAPG2Q86XI2 1143 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 GDPD5Q8WTR4 605 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 COL26A1Q96A83 441 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 NOC4LQ9BVI4 516 aaKnown RBP9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 MUTYHQ9UIF7 546 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 PLXNA3P51805 1871 aa9.97□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 NCOR2Q9Y618 2525 aa9.96□□□□□ -0.81
USP54-211ENST00000474929 SUPT20HL2P0C7V6 817 aa9.96□□□□□ -0.82
USP54-211ENST00000474929 KCNJ6P48051 423 aa9.96□□□□□ -0.82
USP54-211ENST00000474929 C1QBPQ07021 282 aaKnown RBP9.96□□□□□ -0.82
USP54-211ENST00000474929 COG2Q14746 738 aa9.96□□□□□ -0.82
USP54-211ENST00000474929 ZYXQ15942 572 aaKnown RBP9.96□□□□□ -0.82
USP54-211ENST00000474929 RABL6Q3YEC7 729 aaPredicted RBP9.96□□□□□ -0.82
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.6 ms