RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	MSL1	Q68DK7	614 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CMTR1	Q8N1G2	835 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	JMY	Q8N9B5	988 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MLKL	Q8NB16	471 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SERTAD1	Q9UHV2	236 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	GAK	O14976	1311 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ITIH6	Q6UXX5	1313 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DOCK1	Q14185	1865 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TYW1B	Q6NUM6	668 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PAGE5	Q96GU1	130 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ADD3	Q9UEY8	706 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PTPRF	P10586	1907 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	UTRN	P46939	3433 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP7A1	P22680	504 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP2B4	P23634	1241 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	OLFM4	Q6UX06	510 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP8A2	Q9NTI2	1148 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MAD2L2	Q9UI95	211 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	GRIK5	Q16478	980 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF18A	Q8NI77	898 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SDF4	Q9BRK5	362 aa		10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	IRF2BP1	Q8IU81	584 aa		10.02	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	GRAMD1C	Q8IYS0	662 aa		10.02	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ESR2	Q92731	530 aa		10.02	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	GML	Q99445	158 aa		10.02	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF215	Q9UL58	517 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	BIN1	O00499	593 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CYTH3	O43739	400 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	KLRC4	O43908	158 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ALDH1B1	P30837	517 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAPPC10	P48553	1259 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	C12orf60	Q5U649	245 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	FEZ1	Q99689	392 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	POLR2D	O15514	142 aa	Known RBP	10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	NMT2	O60551	498 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CHRNA5	P30532	468 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	COBLL1	Q53SF7	1204 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	FERMT2	Q96AC1	680 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ERO1A	Q96HE7	468 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	EPSTI1	Q96J88	318 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	MRI	Q9BWK5	157 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	DPEP1	P16444	411 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	DMTN	Q08495	405 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RSRC2	Q7L4I2	434 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TMC6	Q7Z403	805 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	YDJC	A8MPS7	323 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF2A	O00139	706 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CALM1	P0DP23	149 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CALM2	P0DP24	149 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CALM3	P0DP25	149 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SPECC1	Q5M775	1068 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC112	Q8NEF3	446 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PANX2	Q96RD6	677 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	LIMA1	Q9UHB6	759 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PRDX5	P30044	214 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	MAP3K9	P80192	1104 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GRM4	Q14833	912 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CERS5	Q8N5B7	392 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GSDMA	Q96QA5	445 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	VPS54	Q9P1Q0	977 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKV6D-41	A0A0C4DH26	115 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RASSF10	A6NK89	507 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	STX10	O60499	249 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP2D6	P10635	497 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TDO2	P48775	406 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ETF1	P62495	437 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	DNTTIP2	Q5QJE6	756 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SYMPK	Q92797	1274 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF225	M0QZC1	329 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	KRT2	P35908	639 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SEMA3F	Q13275	785 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PTPN14	Q15678	1187 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ARL6IP4	Q66PJ3	421 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	FBXO38	Q6PIJ6	1188 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SAMSN1	Q9NSI8	373 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	FHOD1	Q9Y613	1164 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	BECN2	A8MW95	431 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	NFKBIE	O00221	500 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TADA3	O75528	432 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PRDM1	O75626	825 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	APP	P05067	770 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	DGKH	Q86XP1	1220 aa		10	□□□□□ -0.81

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