RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000598938.1

LIG1-216, Transcript of DNA ligase 1, humanhuman

TSL 3

Gene LIG1, Length 377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1-216ENST00000598938 ACER1Q8TDN7 264 aa21.49■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 TOMM22Q9NS69 142 aa21.49■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 EPB41L2O43491 1005 aaKnown RBP21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 PRMT2P55345 433 aa21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 MTMR2Q13614 643 aa21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 KIF22Q14807 665 aa21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 FAM43AQ8N2R8 423 aa21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 ESR2Q92731 530 aa21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 KIAA1683Q9H0B3 1180 aa21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 CNNM2Q9H8M5 875 aa21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 LOC285556D6RIA3 1793 aa21.48■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 A0A1W2PRG0 241 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 C19orf81C9J6K1 198 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 E7EWF7 191 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 TLR2O60603 784 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 STOX1Q6ZVD7 989 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 FASTKD5Q7L8L6 764 aaKnown RBP21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 CEP95Q96GE4 821 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 KRT23Q9C075 422 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 ARHGEF10LQ9HCE6 1279 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 MTMR4Q9NYA4 1195 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 NYAP2Q9P242 653 aa21.47■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 ZSWIM8A7E2V4 1837 aa21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 EEF2P13639 858 aaKnown RBP21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 HMGCS2P54868 508 aa21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 LACTBP83111 547 aaPredicted RBP21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 GPAT2Q6NUI2 795 aa21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 PROCA1Q8NCQ7 364 aaPredicted RBP21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 IL17RBQ9NRM6 502 aa21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 TCP11L1Q9NUJ3 509 aa21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 TMX2Q9Y320 296 aa21.46■■□□□ 1.03
LIG1-216ENST00000598938 B4E1Z4 1266 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 BTBD19C9JJ37 291 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 KDM4AO75164 1064 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 NOVP48745 357 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 USP14P54578 494 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 C8orf34Q49A92 452 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 RNF20Q5VTR2 975 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 USP17L2Q6R6M4 530 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 GADL1Q6ZQY3 521 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 ANKRD23Q86SG2 305 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 C12orf42Q96LP6 360 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 FEZ1Q99689 392 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 SH2D4AQ9H788 454 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 EMILIN3Q9NT22 766 aa21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 COLQQ9Y215 455 aaPredicted RBP21.45■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 NMT2O60551 498 aa21.44■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 TTLL1O95922 423 aa21.44■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 PPP4R3BQ5MIZ7 849 aa21.44■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 KCNB2Q92953 911 aa21.44■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 MKL1Q969V6 931 aa21.44■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 USP26Q9BXU7 913 aa21.44■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 TMOD4Q9NZQ9 345 aa21.44■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 AGTPBP1Q9UPW5 1226 aa21.44■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 TRIOBPQ9H2D6 2365 aa21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 HSPA4P34932 840 aa21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 ATP2B2Q01814 1243 aa21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 TRDNQ13061 729 aa21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 ZYXQ15942 572 aaKnown RBP21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 TSGA10IPQ3SY00 556 aa21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 ZSWIM5Q9P217 1185 aa21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 CLIP2Q9UDT6 1046 aa21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 SYNPO2Q9UMS6 1093 aa21.43■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 TREML2Q5T2D2 321 aa21.42■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 RALYLQ86SE5 291 aaKnown RBP21.42■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 RASEFQ8IZ41 740 aa21.42■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 NCOA7Q8NI08 942 aa21.42■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 VCPKMTQ9H867 229 aa21.42■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 SLC45A1Q9Y2W3 748 aa21.42■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 CYB5R4Q7L1T6 521 aa21.41■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 MB21D2Q8IYB1 491 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 STX8Q9UNK0 236 aa21.41■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 PDHXO00330 501 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 ZKSCAN1P17029 563 aaPredicted RBP21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 VCAM1P19320 739 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 CCDC178Q5BJE1 867 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 KIAA1755Q5JYT7 1200 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 RCSD1Q6JBY9 416 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 IQCA1Q86XH1 822 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 LPAR1Q92633 364 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 TTC14Q96N46 770 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 ZKSCAN3Q9BRR0 538 aa21.4■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 MYH4Q9Y623 1939 aa21.39■■□□□ 1.02
LIG1-216ENST00000598938 SEC24BO95487 1268 aa21.39■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 HOXA7P31268 230 aaPredicted RBP21.39■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 KRT32Q14532 448 aa21.39■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 SH3TC2Q8TF17 1288 aa21.39■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 ZSCAN10Q96SZ4 725 aaPredicted RBP21.39■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 GOPCQ9HD26 462 aa21.39■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 SNX14Q9Y5W7 946 aa21.39■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 H0YGN5 161 aa21.38■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP21.38■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 DGKHQ86XP1 1220 aa21.38■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 LRRC47Q8N1G4 583 aaKnown RBP21.38■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 GMCL1P1Q8NEA9 526 aa21.38■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 ANKS1AQ92625 1134 aa21.38■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 ARHGAP39Q9C0H5 1083 aa21.38■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 TNKSO95271 1327 aa21.37■■□□□ 1.01
LIG1-216ENST00000598938 F5H6K3 240 aa21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.6 ms