RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597172.5

TRIM28-208, Transcript of tripartite motif containing 28, human

TSL 2

Gene TRIM28, Length 577 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRIM28-208	ENST00000597172	ZFPM1	Q8IX07	1006 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	PPM1E	Q8WY54	764 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	KIF2C	Q99661	725 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	HMX1	Q9NP08	348 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	CACNA1B	Q00975	2339 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	CYP21A2	P08686	494 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	USP5	P45974	858 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	CACNB3	P54284	484 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	EVX2	Q03828	476 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	GRIN2C	Q14957	1233 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	MAPKAPK5	Q8IW41	473 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	ZKSCAN4	Q969J2	545 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	IL17RA	Q96F46	866 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	NECAB3	Q96P71	396 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	IDI2	Q9BXS1	227 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	EPHX3	Q9H6B9	360 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF70	Q9UC06	446 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	CTNNA3	Q9UI47	895 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRIM28-208	ENST00000597172	ZMYM6	O95789	1325 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	FLT1	P17948	1338 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	USP17L12	C9JPN9	530 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	USP17L21	D6R901	530 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	HMGCR	P04035	888 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	CYP2D6	P10635	497 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	COL6A1	P12109	1028 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	SBK1	Q52WX2	424 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	C9orf50	Q5SZB4	431 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TMEM39B	Q9GZU3	492 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	NAPB	Q9H115	298 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	CYP2C8	P10632	490 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TDO2	P48775	406 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	PLCD1	P51178	756 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	HAND2	P61296	217 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	PPAT	Q06203	517 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	PICALM	Q13492	652 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	ADCK5	Q3MIX3	580 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	C12orf60	Q5U649	245 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	STOX1	Q6ZVD7	989 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	COA7	Q96BR5	231 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	WRNIP1	Q96S55	665 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	INCENP	Q9NQS7	918 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	PRKAG2	Q9UGJ0	569 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	SAP30BP	Q9UHR5	308 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	ANAPC4	Q9UJX5	808 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	PTPRZ1	P23471	2315 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	DNAH12	Q6ZR08	3092 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TCP10L2	B9ZVM9	353 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF213	O14771	459 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	MCC	P23508	829 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	ANAPC15	P60006	121 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	PPARA	Q07869	468 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	OSBPL5	Q9H0X9	879 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	DDTL	A6NHG4	134 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172		E7EWF7	191 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	ENTPD3	O75355	529 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	FGR	P09769	529 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TNNI2	P48788	182 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TCP10	Q12799	353 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TRIM32	Q13049	653 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	MOGS	Q13724	837 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	RNF20	Q5VTR2	975 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TBC1D10C	Q8IV04	446 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	KCNH4	Q9UQ05	1017 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	GPR37L1	O60883	481 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	SLURP2	P0DP57	97 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	CPA1	P15085	419 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	ZKSCAN1	P17029	563 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	POTEE	Q6S8J3	1075 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM83A	Q86UY5	434 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM151A	Q8WW52	585 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	DYNLL2	Q96FJ2	89 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	GAS2L1	Q99501	681 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	TMOD2	Q9NZR1	351 aa		11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
TRIM28-208	ENST00000597172	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		11.15	□□□□□ -0.62

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