RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464454.1

CLK1-208, Transcript of CDC like kinase 1, human

TSL 2

Gene CLK1, Length 484 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK1-208	ENST00000464454	SEC16B	Q96JE7	1060 aa		6.59	□□□□□ -1.35
CLK1-208	ENST00000464454	CAPN10	Q9HC96	672 aa		6.59	□□□□□ -1.35
CLK1-208	ENST00000464454	CEP131	Q9UPN4	1083 aa		6.59	□□□□□ -1.35
CLK1-208	ENST00000464454	CHURC1-FNTB	B4DL54	471 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CCNF	P41002	786 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	KIR3DL1	P43629	444 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	SOX9	P48436	509 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	OXCT1	P55809	520 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	IFI16	Q16666	785 aa	Known RBP	6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CDCP2	Q5VXM1	449 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	OVOS1	Q6IE37	1185 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	FAM214B	Q7L5A3	538 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	NLRC3	Q7RTR2	1065 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	MISP3	Q96FF7	219 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	HEXIM2	Q96MH2	286 aa	Known RBP	6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	GINM1	Q9NU53	330 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ZC3H7B	Q9UGR2	993 aa	Known RBP	6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	EFR3B	Q9Y2G0	817 aa		6.58	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	DNAJA2	O60884	412 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF865	P0CJ78	1059 aa	Predicted RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	SPINK2	P20155	84 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	GBP1	P32455	592 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ARSH	Q5FYA8	562 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	FBXW10	Q5XX13	1052 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CDH24	Q86UP0	819 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	MFSD4A	Q8N468	514 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	FAM181A	Q8N9Y4	354 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	DNAJB8	Q8NHS0	232 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CRBN	Q96SW2	442 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	STRIP2	Q9ULQ0	834 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	RGS13	O14921	159 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	PRNP	P04156	253 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ITIH2	P19823	946 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CLCN7	P51798	805 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	VSIG10L	Q86VR7	867 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	RBBP8NL	Q8NC74	664 aa	Predicted RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	OR6P1	Q8NGX9	317 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	RIN3	Q8TB24	985 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	PPP1R13L	Q8WUF5	828 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	RNF141	Q8WVD5	230 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ATG4C	Q96DT6	458 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	C8orf37	Q96NL8	207 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	TM9SF2	Q99805	663 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CSTF2T	Q9H0L4	616 aa	Known RBP eCLIP	6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	PPT2	Q9UMR5	302 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	SNX11	Q9Y5W9	270 aa		6.56	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	TNFRSF10C	O14798	259 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	HYAL3	O43820	417 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	NME1	P15531	152 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	RNF4	P78317	190 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	PLD6	Q8N2A8	252 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	TAB3	Q8N5C8	712 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CPLX3	Q8WVH0	158 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	KIF2C	Q99661	725 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ASPN	Q9BXN1	380 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	SRRT	Q9BXP5	876 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	TNKS2	Q9H2K2	1166 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	MED26	O95402	600 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	KRTAP1-3	Q8IUG1	177 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	BAHD1	Q8TBE0	780 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	PIWIL2	Q8TC59	973 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	HRASLS5	Q96KN8	279 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	VAV3	Q9UKW4	847 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	KCNH3	Q9ULD8	1083 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CBX7	O95931	251 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	WNT11	O96014	354 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ATF4	P18848	351 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	PRKCQ	Q04759	706 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	SPACA3	Q8IXA5	215 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	FBXL18	Q96ME1	805 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	KREMEN1	Q96MU8	473 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	TINF2	Q9BSI4	451 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CCDC39	Q9UFE4	941 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	SLC5A6	Q9Y289	635 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	CAPN6	Q9Y6Q1	641 aa		6.53	□□□□□ -1.36
CLK1-208	ENST00000464454	BTBD11	A6QL63	1104 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	CLEC3A	O75596	197 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	UBOX5	O94941	541 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	GUCY2C	P25092	1073 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	ARID5A	Q03989	594 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	NKPD1	Q17RQ9	610 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	CCDC81	Q6ZN84	652 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	THAP5	Q7Z6K1	395 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	LSR	Q86X29	649 aa	Predicted RBP	6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	SLC43A3	Q8NBI5	491 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	ASB11	Q8WXH4	323 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CLK1-208	ENST00000464454	DHRS1	Q96LJ7	313 aa		6.52	□□□□□ -1.37

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