RNA–Protein interactions for RNA: YDR243C

PRP28, Transcript of RNA helicase in the DEAD-box family, yeast

Gene PRP28, Length 1,767 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP28	YDR243C	YJL181W	P46987	611 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NAS6	P50086	228 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YGR016W	P53209	190 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SIW14	P53965	281 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SVL3	Q03088	825 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YMR010W	Q03687	405 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NSE5	Q03718	556 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ARX1	Q03862	593 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	BNA7	Q04066	261 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YML083C	Q04526	418 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GTB1	Q04924	702 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YDL114W	Q07530	308 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	TRE1	Q08919	783 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YPL191C	Q08930	360 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	DCS2	Q12123	353 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SET6	Q12529	373 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	FOB1	O13329	566 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GAL1	P04385	528 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	PYC1	P11154	1178 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MRPL33	P20084	86 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	DBP5	P20449	482 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CWH43	P25618	953 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NTG1	P31378	399 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ASF2	P32448	525 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	VPH1	P32563	840 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	PPQ1	P32945	549 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CLG1	P35190	452 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ERT1	P38140	529 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RFS1	P38234	210 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	PFF1	P38244	976 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YMR262W	P38430	313 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SBE22	P38814	852 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SEC31	P38968	1273 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ALG5	P40350	334 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	JEM1	P40358	645 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ELP2	P42935	788 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MAD3	P47074	515 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SAP4	P53036	818 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NSG2	P53898	299 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CUZ1	P53899	274 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	IMP4	P53941	290 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MPS1	P54199	764 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	REC102	Q02721	264 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	HMO1	Q03973	246 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SPO20	Q04359	397 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	IVY1	Q04934	453 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RTT109	Q07794	436 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YLR001C	Q07895	862 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MRN1	Q08925	612 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.56	□□□□□ -1.68	not detected
PRP28	YDR243C	MED2	Q12124	431 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MCD1	Q12158	566 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RUP1	Q12242	671 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NSI1	Q12457	570 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CMC2	Q3E7A4	109 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	UTP10	P42945	1769 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	HIS4	P00815	799 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SNF1	P06782	633 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MPH2	P0CD99	609 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	LAT1	P12695	482 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	KAR2	P16474	682 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	HXT2	P23585	541 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	PDC6	P26263	563 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CYM1	P32898	989 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	GRE3	P38715	327 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.55	□□□□□ -1.68	not detected
PRP28	YDR243C	MSS4	P38994	779 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	BUD6	P41697	788 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	FMP33	P46998	180 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	LSM1	P47017	172 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	LSM8	P47093	109 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ABM1	P47146	123 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NIT3	P49954	291 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	PSP1	P50896	841 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ACS1	Q01574	713 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RSC4	Q02206	625 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	PET117	Q02771	107 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NGL3	Q03210	505 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	BUD22	Q04347	519 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YDR514C	Q04408	483 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	NDE2	Q07500	545 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YLL032C	Q07834	825 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.55	□□□□□ -1.68	not detected
PRP28	YDR243C	REX3	Q12090	404 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YPL150W	Q12152	901 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MDM20	Q12387	796 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	HMS1	Q12398	434 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YOR131C	Q12486	218 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	YAK1	P14680	807 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	ATP12	P22135	325 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	SEC65	P29478	273 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MLS1	P30952	554 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MRS6	P32864	603 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CHK1	P38147	527 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	BCD1	P38772	366 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	BOL3	P39724	118 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	HPM1	P40481	377 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	QRI1	P43123	477 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	AGX1	P43567	385 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	RSM26	P47141	266 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	CTF18	P49956	741 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MET13	P53128	600 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PRP28	YDR243C	MNT4	P53745	580 aa		4.55	□□□□□ -1.68

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