RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000559257.5

USP3-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 5

Gene USP3, Length 2,217 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-211ENST00000559257 GRIN2DO15399 1336 aa9.52□□□□□ -0.88
USP3-211ENST00000559257 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 TCHHQ07283 1943 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 PALM3A6NDB9 673 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ATP9BO43861 1147 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SYF2O95926 243 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 MYCLP1P12525 358 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 CTCFP49711 727 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 OXCT1P55809 520 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 RCN1Q15293 331 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ANO6Q4KMQ2 910 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ATF7IPQ6VMQ6 1270 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 DZIP1Q86YF9 867 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ANKRD13AQ8IZ07 590 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 DDX12PQ92771 950 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 MOV10L1Q9BXT6 1211 aaKnown RBP9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 CAPS2Q9BXY5 557 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 FBXO9Q9UK97 447 aaPredicted RBP9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 C9orf84Q5VXU9 1444 aa9.52□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ABCA8O94911 1581 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 A0A1B0GVG6 124 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 BUB1BO60566 1050 aaPredicted RBP9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 GNAI3P08754 354 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 TUBB2AQ13885 445 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ARID5BQ14865 1188 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 FXNQ16595 210 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 WHAMMP3Q1A5X7 153 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 HOOK3Q86VS8 718 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 RSPH1Q8WYR4 309 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 TUBB2BQ9BVA1 445 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 NUP58Q9BVL2 599 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 CARD11Q9BXL7 1154 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 EPC1Q9H2F5 836 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 EIF4ENIF1Q9NRA8 985 aaKnown RBP9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SPO11Q9Y5K1 396 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SRRM3A6NNA2 597 aaPredicted RBP9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 STXBP3O00186 592 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 MSL3P1P0C860 447 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 MECOMQ03112 1051 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 XRCC4Q13426 336 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 RIPK1Q13546 671 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SMUG1Q53HV7 270 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 EMC10Q5UCC4 262 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 CREB3L3Q68CJ9 461 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 THOC7Q6I9Y2 204 aaKnown RBP9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SESTD1Q86VW0 696 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SLC15A3Q8IY34 581 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 CCDC155Q8N6L0 562 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 IGSF22Q8N9C0 903 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 USP33Q8TEY7 942 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 TEKT4Q8WW24 435 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 MAML3Q96JK9 1138 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 NUP62CLQ9H1M0 184 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ABCB6Q9NP58 842 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 HELLSQ9NRZ9 838 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 PCMTD2Q9NV79 361 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 NLRP2Q9NX02 1062 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 DDX19BQ9UMR2 479 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 PIK3C2GO75747 1445 aa9.51□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 LRRD1A4D1F6 860 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 BECN2A8MW95 431 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 TRIM37O94972 964 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ABL1P00519 1130 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 TROVE2P10155 538 aaKnown RBP eCLIP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 IBSPP21815 317 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 CCT8P50990 548 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 LBRQ14739 615 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SGSM1Q2NKQ1 1148 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ACCSLQ4AC99 568 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SMARCC2Q8TAQ2 1214 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 UHMK1Q8TAS1 419 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 GIMAP1Q8WWP7 306 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 CTNNBL1Q8WYA6 563 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 GCC1Q96CN9 775 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 LRRCC1Q9C099 1032 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ANKZF1Q9H8Y5 726 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ANO10Q9NW15 660 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ATP6V0A2Q9Y487 856 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 NUP160Q12769 1436 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ABCC10Q5T3U5 1492 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 MAST1Q9Y2H9 1570 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ABCC11Q96J66 1382 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ZNF165P49910 485 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 ARPC4P59998 168 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SKOR1P84550 965 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 PKD2Q13563 968 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 PARP10Q53GL7 1025 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 NBPF14Q5TI25 921 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 LARP1BQ659C4 914 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SMC1BQ8NDV3 1235 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 NAP1L3Q99457 506 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SH3GL2Q99962 352 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 BPIFA3Q9BQP9 254 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 TCHPQ9BT92 498 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 OSBPL10Q9BXB5 764 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 CNPY2Q9Y2B0 182 aa9.5□□□□□ -0.89
USP3-211ENST00000559257 TTLL3Q9Y4R7 772 aa9.5□□□□□ -0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.1 ms