RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP12-1P59990 96 aa7.23□□□□□ -1.25
CLN3-241ENST00000635861 SPINT4Q6UDR6 99 aa7.23□□□□□ -1.25
CLN3-241ENST00000635861 H3BS24 57 aa7.06□□□□□ -1.28
CLN3-241ENST00000635861 PP632Q6XCG6 107 aa7.01□□□□□ -1.29
CLN3-241ENST00000635861 CAMK2N1Q7Z7J9 78 aa7.01□□□□□ -1.29
CLN3-241ENST00000635861 DSTQ03001 7570 aaKnown RBP6.95□□□□□ -1.3
CLN3-241ENST00000635861 C10orf95Q9H7T3 257 aa6.95□□□□□ -1.3
CLN3-241ENST00000635861 LCE5AQ5TCM9 118 aa6.94□□□□□ -1.3
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP15-1Q3LI76 137 aa6.92□□□□□ -1.3
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP19-7Q3SYF9 63 aa6.92□□□□□ -1.3
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP19-3Q7Z4W3 81 aa6.89□□□□□ -1.31
CLN3-241ENST00000635861 MT1EP04732 61 aa6.88□□□□□ -1.31
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP23-1A1A580 65 aa6.81□□□□□ -1.32
CLN3-241ENST00000635861 GPR98Q8WXG9 6306 aa6.81□□□□□ -1.32
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP4-9Q9BYQ8 210 aa6.75□□□□□ -1.33
CLN3-241ENST00000635861 MT1GP13640 62 aa6.73□□□□□ -1.33
CLN3-241ENST00000635861 NDUFAF8A1L188 74 aa6.69□□□□□ -1.34
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP19-5Q3LI72 72 aa6.67□□□□□ -1.34
CLN3-241ENST00000635861 TNP1P09430 55 aa6.66□□□□□ -1.34
CLN3-241ENST00000635861 LUZP6Q538Z0 58 aa6.64□□□□□ -1.35
CLN3-241ENST00000635861 LCE1DQ5T752 114 aa6.62□□□□□ -1.35
CLN3-241ENST00000635861 LCE4AQ5TA78 99 aa6.61□□□□□ -1.35
CLN3-241ENST00000635861 HMCN1Q96RW7 5635 aa6.57□□□□□ -1.36
CLN3-241ENST00000635861 MT1MQ8N339 61 aa6.57□□□□□ -1.36
CLN3-241ENST00000635861 MT1LQ93083 61 aa6.53□□□□□ -1.36
CLN3-241ENST00000635861 MT4P47944 62 aa6.48□□□□□ -1.37
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-4Q6L8H1 288 aa6.43□□□□□ -1.38
CLN3-241ENST00000635861 LCE3AQ5TA76 89 aa6.4□□□□□ -1.39
CLN3-241ENST00000635861 AHNAK2Q8IVF2 5795 aa6.37□□□□□ -1.39
CLN3-241ENST00000635861 A0A0A0MQY5 61 aa6.35□□□□□ -1.39
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP4-3Q9BYR4 195 aa6.33□□□□□ -1.4
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-10Q6L8G5 202 aa6.28□□□□□ -1.4
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP4-6Q9BYQ5 205 aa6.27□□□□□ -1.41
CLN3-241ENST00000635861 SPRR5A0A1B0GTR4 108 aa6.26□□□□□ -1.41
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP12-3P60328 96 aa6.19□□□□□ -1.42
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP4-7Q9BYR0 210 aa6.12□□□□□ -1.43
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-7Q6L8G8 165 aa6.09□□□□□ -1.43
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-3Q6L8H2 238 aa6.08□□□□□ -1.44
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP20-2Q3LI61 65 aa6.06□□□□□ -1.44
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-5Q701N2 237 aaPredicted RBP6.06□□□□□ -1.44
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP12-4P60329 112 aa5.99□□□□□ -1.45
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP19-4Q3LI73 84 aa5.98□□□□□ -1.45
CLN3-241ENST00000635861 SYNE1Q8NF91 8797 aaKnown RBP5.84□□□□□ -1.47
CLN3-241ENST00000635861 LOC100996750A0A140TA64 210 aa5.82□□□□□ -1.48
CLN3-241ENST00000635861 INE1O15225 51 aa5.81□□□□□ -1.48
CLN3-241ENST00000635861 LCE3CQ5T5A8 94 aa5.67□□□□□ -1.5
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-2Q701N4 177 aa5.59□□□□□ -1.51
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP4-11Q9BYQ6 195 aa5.59□□□□□ -1.51
CLN3-241ENST00000635861 MT1AP04731 61 aa5.57□□□□□ -1.52
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP6-1Q3LI64 71 aa5.51□□□□□ -1.53
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP9-4Q9BYQ2 154 aa5.41□□□□□ -1.54
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-8O75690 187 aa5.4□□□□□ -1.54
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP9-6A8MVA2 160 aa5.35□□□□□ -1.55
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP6-2Q3LI66 62 aa5.31□□□□□ -1.56
CLN3-241ENST00000635861 MUC5BQ9HC84 5762 aaPredicted RBP5.31□□□□□ -1.56
CLN3-241ENST00000635861 OBSCNQ5VST9 7968 aa5.29□□□□□ -1.56
CLN3-241ENST00000635861 MUC5ACP98088 5654 aa5.27□□□□□ -1.57
CLN3-241ENST00000635861 AHNAKQ09666 5890 aaKnown RBP5.27□□□□□ -1.57
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP9-9Q9BYP9 154 aa5.19□□□□□ -1.58
CLN3-241ENST00000635861 MT3P25713 68 aa5.13□□□□□ -1.59
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-1Q6L8H4 278 aa5.04□□□□□ -1.6
CLN3-241ENST00000635861 LCE1EQ5T753 118 aa4.8□□□□□ -1.64
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP4-2Q9BYR5 136 aa4.49□□□□□ -1.69
CLN3-241ENST00000635861 LCE1CQ5T751 118 aa4.45□□□□□ -1.7
CLN3-241ENST00000635861 LCE1BQ5T7P3 118 aa4.45□□□□□ -1.7
CLN3-241ENST00000635861 LCE3DQ9BYE3 92 aa4.3□□□□□ -1.72
CLN3-241ENST00000635861 LCE3EQ5T5B0 92 aa4.28□□□□□ -1.72
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP4-12Q9BQ66 201 aa4.09□□□□□ -1.75
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-11Q6L8G4 156 aa4.04□□□□□ -1.76
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP5-6Q6L8G9 129 aaPredicted RBP4.04□□□□□ -1.76
CLN3-241ENST00000635861 LCE1FQ5T754 118 aa4.03□□□□□ -1.76
CLN3-241ENST00000635861 PRM1P04553 51 aa3.92□□□□□ -1.78
CLN3-241ENST00000635861 PHGR1C9JFL3 82 aa3.66□□□□□ -1.82
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP21-2Q3LI59 83 aa3.65□□□□□ -1.83
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP4-4Q9BYR3 166 aa3.31□□□□□ -1.88
CLN3-241ENST00000635861 MUC19Q7Z5P9 8384 aa3.25□□□□□ -1.89
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP21-1Q3LI58 79 aa2.82□□□□□ -1.96
CLN3-241ENST00000635861 MUC16Q8WXI7 14507 aa2.28□□□□□ -2.04
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