RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486404.5

CHMP3-208, Transcript of charged multivesicular body protein 3, human

TSL 3

Gene CHMP3, Length 650 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP12-1	P59990	96 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CHMP3-208	ENST00000486404	PRR15L	Q9BU68	103 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CHMP3-208	ENST00000486404		A8MU10	97 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TMEM258	P61165	79 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CHMP3-208	ENST00000486404	MT1E	P04732	61 aa		4.8	□□□□□ -1.64
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		4.76	□□□□□ -1.65
CHMP3-208	ENST00000486404	LINC01558	Q9Y6Z2	57 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		4.74	□□□□□ -1.65
CHMP3-208	ENST00000486404	TNP1	P09430	55 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CHMP3-208	ENST00000486404	UQCR11	O14957	56 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CHMP3-208	ENST00000486404	C10orf95	Q9H7T3	257 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CHMP3-208	ENST00000486404	PP632	Q6XCG6	107 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE3A	Q5TA76	89 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHMP3-208	ENST00000486404	MT1G	P13640	62 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHMP3-208	ENST00000486404	MT1L	Q93083	61 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CHMP3-208	ENST00000486404	MIR22HG	Q0VDD5	57 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CHMP3-208	ENST00000486404	MT1M	Q8N339	61 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CHMP3-208	ENST00000486404		K7ERS5	55 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHMP3-208	ENST00000486404		V9GYY9	64 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHMP3-208	ENST00000486404	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CHMP3-208	ENST00000486404	RPS28	P62857	69 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CHMP3-208	ENST00000486404	PSPHP1	O15172	72 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CHMP3-208	ENST00000486404		Q1T7F1	81 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP12-3	P60328	96 aa		4.48	□□□□□ -1.69
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		4.47	□□□□□ -1.69
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		4.44	□□□□□ -1.7
CHMP3-208	ENST00000486404	MT4	P47944	62 aa		4.39	□□□□□ -1.71
CHMP3-208	ENST00000486404		A6NED7	52 aa		4.38	□□□□□ -1.71
CHMP3-208	ENST00000486404	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		4.37	□□□□□ -1.71
CHMP3-208	ENST00000486404	MT3	P25713	68 aa		4.36	□□□□□ -1.71
CHMP3-208	ENST00000486404	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		4.34	□□□□□ -1.72
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		4.3	□□□□□ -1.72
CHMP3-208	ENST00000486404	CDC42SE1	Q9NRR8	79 aa		4.28	□□□□□ -1.72
CHMP3-208	ENST00000486404	PRAC1	Q96KF2	57 aa		4.19	□□□□□ -1.74
CHMP3-208	ENST00000486404	ROMO1	P60602	79 aa		4.18	□□□□□ -1.74
CHMP3-208	ENST00000486404	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		4.17	□□□□□ -1.74
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	4.15	□□□□□ -1.75
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	4.15	□□□□□ -1.75
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		4.11	□□□□□ -1.75
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP12-4	P60329	112 aa		4.1	□□□□□ -1.75
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		4.09	□□□□□ -1.75
CHMP3-208	ENST00000486404	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		4.08	□□□□□ -1.76
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		4.08	□□□□□ -1.76
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		4.06	□□□□□ -1.76
CHMP3-208	ENST00000486404	BRK1	Q8WUW1	75 aa		4.06	□□□□□ -1.76
CHMP3-208	ENST00000486404	NDUFAF8	A1L188	74 aa		4.03	□□□□□ -1.76
CHMP3-208	ENST00000486404	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	3.93	□□□□□ -1.78
CHMP3-208	ENST00000486404	MT1A	P04731	61 aa		3.92	□□□□□ -1.78
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.92	□□□□□ -1.78
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE1E	Q5T753	118 aa		3.89	□□□□□ -1.79
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		3.84	□□□□□ -1.79
CHMP3-208	ENST00000486404	PMAIP1	Q13794	54 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CHMP3-208	ENST00000486404	PRO0628	Q9UI54	55 aa		3.79	□□□□□ -1.8
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		3.78	□□□□□ -1.8
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		3.59	□□□□□ -1.83
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP5-8	O75690	187 aa		3.58	□□□□□ -1.84
CHMP3-208	ENST00000486404	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		3.56	□□□□□ -1.84
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.45	□□□□□ -1.86
CHMP3-208	ENST00000486404	MUC5AC	P98088	5654 aa		3.43	□□□□□ -1.86
CHMP3-208	ENST00000486404	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	3.42	□□□□□ -1.86
CHMP3-208	ENST00000486404	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	3.42	□□□□□ -1.86
CHMP3-208	ENST00000486404	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		3.4	□□□□□ -1.87
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		3.32	□□□□□ -1.88
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		3.12	□□□□□ -1.91
CHMP3-208	ENST00000486404	LUZP6	Q538Z0	58 aa		3.05	□□□□□ -1.92
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.02	□□□□□ -1.93
CHMP3-208	ENST00000486404	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		2.98	□□□□□ -1.93
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		2.53	□□□□□ -2
CHMP3-208	ENST00000486404	PHGR1	C9JFL3	82 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CHMP3-208	ENST00000486404	INE1	O15225	51 aa		2.24	□□□□□ -2.05
CHMP3-208	ENST00000486404	PRM1	P04553	51 aa		2.14	□□□□□ -2.07
CHMP3-208	ENST00000486404	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.14	□□□□□ -2.07
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		1.82	□□□□□ -2.12
CHMP3-208	ENST00000486404	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.52	□□□□□ -2.17

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