RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 CSMD1Q96PZ7 3565 aa4.43□□□□□ -1.7
CUX1-201ENST00000292535 RELNP78509 3460 aa4.43□□□□□ -1.7
CUX1-201ENST00000292535 ASPMQ8IZT6 3477 aa4.43□□□□□ -1.7
CUX1-201ENST00000292535 DNAH17Q9UFH2 4485 aa4.39□□□□□ -1.71
CUX1-201ENST00000292535 MUC3AQ02505 3323 aa4.39□□□□□ -1.71
CUX1-201ENST00000292535 INE1O15225 51 aa4.38□□□□□ -1.71
CUX1-201ENST00000292535 CSMD3Q7Z407 3707 aa4.36□□□□□ -1.71
CUX1-201ENST00000292535 CRCT1Q9UGL9 99 aa4.35□□□□□ -1.71
CUX1-201ENST00000292535 PKHD1L1Q86WI1 4243 aa4.33□□□□□ -1.72
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP10-12P60413 245 aa4.33□□□□□ -1.72
CUX1-201ENST00000292535 DNAH8Q96JB1 4490 aa4.3□□□□□ -1.72
CUX1-201ENST00000292535 CUBNO60494 3623 aa4.25□□□□□ -1.73
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP10-6P60371 365 aaPredicted RBP4.25□□□□□ -1.73
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP3-1Q9BYR8 98 aa4.25□□□□□ -1.73
CUX1-201ENST00000292535 SACSQ9NZJ4 4579 aa4.24□□□□□ -1.73
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP23-1A1A580 65 aa4.24□□□□□ -1.73
CUX1-201ENST00000292535 PKHD1P08F94 4074 aa4.24□□□□□ -1.73
CUX1-201ENST00000292535 DYNC1H1Q14204 4646 aaKnown RBP4.21□□□□□ -1.74
CUX1-201ENST00000292535 DYNC2H1Q8NCM8 4307 aaKnown RBP4.2□□□□□ -1.74
CUX1-201ENST00000292535 DNAH9Q9NYC9 4486 aa4.19□□□□□ -1.74
CUX1-201ENST00000292535 DNAH5Q8TE73 4624 aa4.17□□□□□ -1.74
CUX1-201ENST00000292535 RYR1P21817 5038 aa4.16□□□□□ -1.74
CUX1-201ENST00000292535 FAT2Q9NYQ8 4349 aa4.16□□□□□ -1.74
CUX1-201ENST00000292535 SVEP1Q4LDE5 3571 aa4.15□□□□□ -1.75
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP12-3P60328 96 aa4.12□□□□□ -1.75
CUX1-201ENST00000292535 CSMD2Q7Z408 3487 aa4.12□□□□□ -1.75
CUX1-201ENST00000292535 LRP1Q07954 4544 aaKnown RBP4.07□□□□□ -1.76
CUX1-201ENST00000292535 PKD1P98161 4303 aa4.06□□□□□ -1.76
CUX1-201ENST00000292535 FAT3Q8TDW7 4589 aa4.06□□□□□ -1.76
CUX1-201ENST00000292535 MT1HL1P0DM35 61 aa4.05□□□□□ -1.76
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP3-2Q9BYR7 98 aa4.04□□□□□ -1.76
CUX1-201ENST00000292535 APOBP04114 4563 aaKnown RBP4.03□□□□□ -1.76
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP8-1Q8IUC2 63 aa3.99□□□□□ -1.77
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP3-3Q9BYR6 98 aa3.99□□□□□ -1.77
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP10-5P60370 271 aa3.99□□□□□ -1.77
CUX1-201ENST00000292535 RYR3Q15413 4870 aa3.97□□□□□ -1.77
CUX1-201ENST00000292535 LCE3AQ5TA76 89 aa3.97□□□□□ -1.77
CUX1-201ENST00000292535 TNXBP22105 4242 aa3.92□□□□□ -1.78
CUX1-201ENST00000292535 DNHD1Q96M86 4753 aa3.88□□□□□ -1.79
CUX1-201ENST00000292535 STARD9Q9P2P6 4700 aa3.86□□□□□ -1.79
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP4-5Q9BYR2 181 aa3.86□□□□□ -1.79
CUX1-201ENST00000292535 FAT1Q14517 4588 aa3.85□□□□□ -1.79
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP10-4P60372 401 aaPredicted RBP3.84□□□□□ -1.79
CUX1-201ENST00000292535 LRP1BQ9NZR2 4599 aa3.83□□□□□ -1.8
CUX1-201ENST00000292535 LORP23490 312 aaPredicted RBP3.82□□□□□ -1.8
CUX1-201ENST00000292535 PCLOQ9Y6V0 5065 aa3.82□□□□□ -1.8
CUX1-201ENST00000292535 MYCBP2O75592 4640 aa3.82□□□□□ -1.8
CUX1-201ENST00000292535 HSPG2P98160 4391 aa3.8□□□□□ -1.8
CUX1-201ENST00000292535 HYDINQ4G0P3 5121 aa3.76□□□□□ -1.81
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP19-4Q3LI73 84 aa3.72□□□□□ -1.81
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP10-7P60409 375 aaPredicted RBP3.71□□□□□ -1.81
CUX1-201ENST00000292535 BIRC6Q9NR09 4857 aa3.7□□□□□ -1.82
CUX1-201ENST00000292535 RYR2Q92736 4967 aa3.69□□□□□ -1.82
CUX1-201ENST00000292535 SPRR2FQ96RM1 72 aa3.66□□□□□ -1.82
CUX1-201ENST00000292535 MT1HP80294 61 aa3.63□□□□□ -1.83
CUX1-201ENST00000292535 SPRR2GQ9BYE4 73 aa3.62□□□□□ -1.83
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP19-5Q3LI72 72 aa3.59□□□□□ -1.84
CUX1-201ENST00000292535 LCE3CQ5T5A8 94 aa3.56□□□□□ -1.84
CUX1-201ENST00000292535 EPPK1P58107 5090 aaKnown RBP3.54□□□□□ -1.84
CUX1-201ENST00000292535 HERC1Q15751 4861 aa3.53□□□□□ -1.84
CUX1-201ENST00000292535 MT3P25713 68 aa3.51□□□□□ -1.85
CUX1-201ENST00000292535 MT2AP02795 61 aa3.5□□□□□ -1.85
CUX1-201ENST00000292535 HERC2O95714 4834 aa3.5□□□□□ -1.85
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP4-1Q9BYQ7 146 aa3.47□□□□□ -1.85
CUX1-201ENST00000292535 LRP2P98164 4655 aa3.46□□□□□ -1.86
CUX1-201ENST00000292535 MT1FP04733 61 aa3.44□□□□□ -1.86
CUX1-201ENST00000292535 RNF213Q63HN8 5207 aa3.44□□□□□ -1.86
CUX1-201ENST00000292535 SPRR2EP22531 72 aa3.43□□□□□ -1.86
CUX1-201ENST00000292535 SPRR2BP35325 72 aa3.43□□□□□ -1.86
CUX1-201ENST00000292535 SPRR2AP35326 72 aa3.43□□□□□ -1.86
CUX1-201ENST00000292535 HMCN2Q8NDA2 5059 aa3.43□□□□□ -1.86
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP12-4P60329 112 aa3.38□□□□□ -1.87
CUX1-201ENST00000292535 LCE3BQ5TA77 95 aa3.37□□□□□ -1.87
CUX1-201ENST00000292535 SPRR2DP22532 72 aa3.35□□□□□ -1.87
CUX1-201ENST00000292535 KIAA1109Q2LD37 5005 aa3.34□□□□□ -1.87
CUX1-201ENST00000292535 KMT2CQ8NEZ4 4911 aaKnown RBP3.34□□□□□ -1.87
CUX1-201ENST00000292535 LCE2BO14633 110 aa3.34□□□□□ -1.87
CUX1-201ENST00000292535 ABCA13Q86UQ4 5058 aa3.31□□□□□ -1.88
CUX1-201ENST00000292535 UBR4Q5T4S7 5183 aa3.31□□□□□ -1.88
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP19-8Q3LI54 63 aa3.29□□□□□ -1.88
CUX1-201ENST00000292535 MUC17Q685J3 4493 aa3.25□□□□□ -1.89
CUX1-201ENST00000292535 MT1GP13640 62 aa3.24□□□□□ -1.89
CUX1-201ENST00000292535 MT1XP80297 61 aa3.23□□□□□ -1.89
CUX1-201ENST00000292535 LCE3DQ9BYE3 92 aa3.2□□□□□ -1.9
CUX1-201ENST00000292535 LCE2CQ5TA81 110 aa3.16□□□□□ -1.9
CUX1-201ENST00000292535 LPAP08519 4548 aa3.16□□□□□ -1.9
CUX1-201ENST00000292535 LCE3EQ5T5B0 92 aa3.15□□□□□ -1.9
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP19-1Q8IUB9 90 aa3.13□□□□□ -1.91
CUX1-201ENST00000292535 FAT4Q6V0I7 4981 aa3.13□□□□□ -1.91
CUX1-201ENST00000292535 LCE2DQ5TA82 110 aaPredicted RBP3.09□□□□□ -1.91
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP19-3Q7Z4W3 81 aa3.07□□□□□ -1.92
CUX1-201ENST00000292535 MT1BP07438 61 aa3.07□□□□□ -1.92
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP9-8Q9BYQ0 159 aa3.05□□□□□ -1.92
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP4-8A0A0G2JLE6 195 aa3.04□□□□□ -1.92
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP4-8Q9BYQ9 185 aa3.04□□□□□ -1.92
CUX1-201ENST00000292535 KRTAP9-3Q9BYQ3 159 aa3.03□□□□□ -1.92
CUX1-201ENST00000292535 SPRR5A0A1B0GTR4 108 aa3.01□□□□□ -1.93
CUX1-201ENST00000292535 MT1LQ93083 61 aa3□□□□□ -1.93
CUX1-201ENST00000292535 MT4P47944 62 aa2.95□□□□□ -1.94
CUX1-201ENST00000292535 MUC12Q9UKN1 5478 aa2.94□□□□□ -1.94
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14 ms