RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589706.1

SMAD4-208, Transcript of SMAD family member 4, human

TSL 3

Gene SMAD4, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV3-16	A0A0C4DH30	117 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706		H3BRN7	92 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	ERC2-IT1	O76042	136 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	TSPEAR-AS2	P59090	65 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	KRTAP10-3	P60369	221 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	KRTAP10-11	P60412	298 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	LYPD5	Q6UWN5	251 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	CLEC2B	Q92478	149 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	OBSCN-AS1	Q96MR7	158 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	MOB4	Q9Y3A3	225 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	AGRN	O00468	2067 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV3-43	A0A0B4J1X8	118 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	TRBV27	A0A0K0K1C4	114 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	C3orf84	H3BNL1	204 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	NDUFS5	O43920	106 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV3-43D	P0DP04	118 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	RPL39P5	Q59GN2	51 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	REG3G	Q6UW15	175 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	DYNLRB2	Q8TF09	96 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	TM2D3	Q9BRN9	247 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706		Q9UF83	564 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	PLXNB1	O43157	2135 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	HEATR1	Q9H583	2144 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	LYNX1	G3V0Z9	82 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	GAS8-AS1	O95177	125 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	SAA1	P0DJI8	122 aa	Predicted RBP	4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	SAA2	P0DJI9	122 aa	Predicted RBP	4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	LYNX1	P0DP58	116 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	DAD1	P61803	113 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	BLCAP	P62952	87 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	VMO1	Q7Z5L0	202 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	WDR86	Q86TI4	376 aa		4.09	□□□□□ -1.75
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV3D-15	A0A087WSY6	115 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV3D-7	A0A0C4DH55	119 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LCE6A	A0A183	80 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	CLPSL1	A2RUU4	121 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		M0R1W7	72 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV3-20	P01619	116 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	CGB3	P0DN86	165 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	CGB7	P0DN87	165 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	WT1-AS	Q06250	92 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		Q1T7F1	81 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	ESRG	Q1W209	222 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00574	Q9H8X3	128 aa		4.08	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV3-15	A0A0B4J1V0	119 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV1-2	P23083	117 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LYZ	P61626	148 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LMO4	P61968	165 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	CASC10	Q5T4H9	136 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	SPANXN1	Q5VSR9	72 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		Q8N2B8	174 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	CSNK1G2-AS1	Q8NCQ2	148 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	CCL13	Q99616	98 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00846	Q9NV44	126 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00474	Q9P2X8	69 aa		4.07	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A087WVE0	104 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	NDUFAF8	A1L188	74 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		E7EUB6	86 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		F8WEM9	126 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	MRPL33	O75394	65 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	RPL28	P46779	137 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	UBE2B	P63146	152 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	SS18	Q15532	418 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LY6G5B	Q8NDX9	201 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	MRPL36	Q9P0J6	103 aa	Known RBP	4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	RBM12B-AS1	Q9P1G2	102 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	C22orf24	Q9Y442	160 aa		4.06	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	TRAV23DV6	A0A075B6W5	121 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV1-18	A0A0C4DH31	117 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV7-4-1	A0A0J9YVY3	117 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	TRBV6-5	A0A0K0K1A5	114 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	JMJD7-PLA2G4B	H0Y9G9	81 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		H0YGX0	51 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		K7EIL1	84 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	TRBV12-3	P01733	135 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	TRGV3	P03979	118 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	MIF	P14174	115 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	UBE2E2	Q96LR5	201 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	C11orf68	Q9H3H3	251 aa	Known RBP	4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	RYR1	P21817	5038 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	WNK2	Q9Y3S1	2297 aa		4.05	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	TET2	Q6N021	2002 aa	Predicted RBP	4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV3D-20	A0A0C4DH25	116 aa		4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	UBE2L6	O14933	153 aa		4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV3-30-3	P0DP02	117 aa		4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	APOC4	P55056	127 aa		4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706		Q8N377	158 aa		4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	UBL5	Q9BZL1	73 aa		4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	DYNC2H1	Q8NCM8	4307 aa	Known RBP	4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	HERC2	O95714	4834 aa		4.04	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	ARHGAP32	A7KAX9	2087 aa		4.03	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	4.03	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	4.03	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV1-16	P04430	117 aa		4.03	□□□□□ -1.76
SMAD4-208	ENST00000589706	CD28	P10747	220 aa		4.03	□□□□□ -1.76

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