RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000535896.6

SYNE1-233, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 5

Gene SYNE1, Length 1,388 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-233	ENST00000535896	SLC25A20	O43772	301 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	SPINK8	P0C7L1	97 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV4-38-2	P0DP08	117 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	INSL3	P51460	131 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896		Q8N1Y9	231 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	SMR3A	Q99954	134 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	TIMM21	Q9BVV7	248 aa		4.65	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	ATR	Q13535	2644 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TRBV10-2	A0A0K0K1G8	114 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	COX6C	P09669	75 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	SRD5A1	P18405	259 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	LY6E	Q16553	131 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM74A4	Q5TZK3	123 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	ANKRD29	Q8N6D5	301 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	UBE2E2	Q96LR5	201 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	IGLV5-45	A0A087WSX0	123 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	INAFM1	C9JVW0	142 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	FSHB	P01225	129 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3-30-3	P0DP02	117 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	CD28	P10747	220 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	BLCAP	P62952	87 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF415	Q09FC8	603 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	MIA	Q16674	131 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC01620	Q4KN68	170 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	ZFAND6	Q6FIF0	208 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM19A3	Q7Z5A8	133 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	CARD19	Q96LW7	228 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	LITAF	Q99732	161 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	GEMIN7	Q9H840	131 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	JPT2	Q9H910	190 aa		4.64	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3OR16-10	A0A075B7F0	116 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	CRLF1	O75462	422 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	EMP1	P54849	157 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	XG	P55808	180 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TIRAP	P58753	221 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	DEFB1	P60022	68 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	MUSTN1	Q8IVN3	82 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	VSIG2	Q96IQ7	327 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	CITED1	Q99966	193 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TNFRSF18	Q9Y5U5	241 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	NACA	E9PAV3	2078 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	IGKV3-7	A0A075B6H7	116 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896		A0A0J9YXV3	536 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896		C9JAW5	83 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896		H3BMM0	161 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	NDUFA1	O15239	70 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	SPRY2	O43597	315 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3-53	P01767	116 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	MT-ATP8	P03928	68 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	FHL3	Q13643	280 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896		Q1RN00	199 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	SPINK13	Q1W4C9	94 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	BEAN1	Q3B7T3	259 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	DEFB121	Q5J5C9	76 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	UBE2W	Q96B02	151 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	PEMT	Q9UBM1	199 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	NDUFA12	Q9UI09	145 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	VPREB3	Q9UKI3	123 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	UBE2D4	Q9Y2X8	147 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	ICOS	Q9Y6W8	199 aa		4.62	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF561-AS1	K7EIQ3	104 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	LST1	O00453	97 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	SNCG	O76070	127 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	ACYP1	P07311	99 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	HOXD3	P31249	432 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	HERVK_113	P63121	156 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TMEM61	Q8N0U2	210 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896		Q8N2B8	174 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	CSDC2	Q9Y534	153 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TRAV12-2	A0A075B6T6	113 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	IGLV5-39	A0A0G2JS06	123 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TRBV10-1	A0A0K0K1A3	114 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TRIAP1	O43715	76 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	INS	P01308	110 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM104A	Q969W3	186 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	RAX2	Q96IS3	184 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	CHCHD7	Q9BUK0	85 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TRAV25	A0A0B4J276	109 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	RS1	O15537	224 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV4-59	P01825	116 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	SYNJ2BP	P57105	145 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	HERV-K104	P63124	156 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	GAGE2B	Q13066	116 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	DEFB112	Q30KQ8	113 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	GAGE2E	Q4V326	116 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896		Q6YL49	198 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	TMEM86B	Q8N661	226 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	NTN5	Q8WTR8	489 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	DUX3	Q96PT4	197 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	ANAPC13	Q9BS18	74 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF702P	Q9H963	129 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-233	ENST00000535896	COL6A5	A8TX70	2615 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-233	ENST00000535896	EDN2	P20800	178 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-233	ENST00000535896	HILS1	P60008	231 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM222A	Q5U5X8	452 aa		4.58	□□□□□ -1.68

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