RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	SNAPC2	Q13487	334 aa		14.75	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	14.75	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	PANK1	Q8TE04	598 aa		14.75	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	14.75	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	14.75	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM17	Q9Y577	477 aa		14.75	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	14.75	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	SP3	Q02447	781 aa		14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	GORAB	Q5T7V8	394 aa		14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	SLF2	Q8IX21	1173 aa		14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ERO1A	Q96HE7	468 aa		14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	14.74	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		14.73	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	14.73	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ZFYVE28	Q9HCC9	887 aa		14.73	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPN22	Q9Y2R2	807 aa		14.73	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	14.73	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	TLR2	O60603	784 aa		14.72	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	14.72	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	14.72	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	SNRK	Q9NRH2	765 aa		14.72	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPRA	P18433	802 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	GSTO1	P78417	241 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	PICALM	Q13492	652 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD23	Q86SG2	305 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	EFCC1	Q9HA90	598 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	RAI14	Q9P0K7	980 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	BRCA2	P51587	3418 aa		14.71	□□□□□ -0.05
PTPRF-211	ENST00000467464	CENPF	P49454	3210 aa		14.71	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	DOCK2	Q92608	1830 aa		14.71	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D12	O60347	775 aa		14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ZAP70	P43403	619 aa		14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3RF3	Q8TEJ3	882 aa	Predicted RBP	14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	FRMD4A	Q9P2Q2	1039 aa	Predicted RBP	14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	MYH2	Q9UKX2	1941 aa		14.7	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0G2JLL6	359 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	PDHX	O00330	501 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	LDHC	P07864	332 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	CTGF	P29279	349 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	LACTB	P83111	547 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	C17orf99	Q6UX52	265 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ARMC5	Q96C12	935 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	OSBPL5	Q9H0X9	879 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	MAST2	Q6P0Q8	1798 aa		14.69	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM196B	A6NMK8	535 aa		14.68	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	CXCL11	O14625	94 aa		14.68	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	14.68	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP4C	P60510	307 aa		14.68	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	14.68	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC84	Q86UT8	332 aa	Predicted RBP	14.68	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX11	Q8IYF3	940 aa		14.68	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		14.68	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJC18	Q9H819	358 aa		14.67	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	14.67	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		14.67	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		14.67	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ZHX2	Q9Y6X8	837 aa		14.67	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ZSWIM8	A7E2V4	1837 aa		14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	MKI67	P46013	3256 aa	Known RBP	14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	POTEF	A5A3E0	1075 aa		14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	IGSF3	O75054	1194 aa		14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	BCR	P11274	1271 aa		14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	PICK1	Q9NRD5	415 aa		14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	CPA4	Q9UI42	421 aa		14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	COG6	Q9Y2V7	657 aa		14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	FLT1	P17948	1338 aa		14.66	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	SIPA1L1	O43166	1804 aa		14.65	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	14.65	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		14.65	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF333	Q96JL9	665 aa		14.65	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		14.65	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	14.65	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		14.65	□□□□□ -0.06
PTPRF-211	ENST00000467464	DOCK1	Q14185	1865 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2C8	P10632	490 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	MS4A1	P11836	297 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	CAP2	P40123	477 aa		14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	14.64	□□□□□ -0.07
PTPRF-211	ENST00000467464	JAG1	P78504	1218 aa		14.64	□□□□□ -0.07

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