RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		10.26	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	C15orf52	Q6ZUT6	534 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TNMD	Q9H2S6	317 aa		10.26	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CTAGE5	O15320	804 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TPM3	P06753	285 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	LIFR	P42702	1097 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PHKA1	P46020	1223 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CAMK4	Q16566	473 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP2B3	Q16720	1220 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PDCL3	Q9H2J4	239 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PRC1	O43663	620 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PDE6A	P16499	860 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	RCAN1	P53805	252 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	NT5DC1	Q5TFE4	455 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CHST3	Q7LGC8	479 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	OSBPL5	Q9H0X9	879 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CTNNA3	Q9UI47	895 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNA3	P22001	575 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFA8	P51970	172 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	BRAP	Q7Z569	592 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TIGD1	Q96MW7	591 aa		10.25	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNJ4	P48050	445 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CKAP2L	Q8IYA6	745 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	SPATA20	Q8TB22	786 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	RASGRF1	Q13972	1273 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	APOA5	Q6Q788	366 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CACTIN	Q8WUQ7	758 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAJC25	Q9H1X3	360 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TMX1	Q9H3N1	280 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM53C	Q9NYF3	392 aa		10.24	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP6R2	O75170	966 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNJ6	P48051	423 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TOB1	P50616	345 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	SEC23A	Q15436	765 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	LPIN2	Q92539	896 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	UQCRHL	A0A096LP55	91 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	UQCRH	P07919	91 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PTGS1	P23219	599 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC39A14	Q15043	492 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	SHC4	Q6S5L8	630 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC51A	Q86UW1	340 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	NCOA7	Q8NI08	942 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	BMP6	P22004	513 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CMA1	P23946	247 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	SYCP1	Q15431	976 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	NPY5R	Q15761	445 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	RESP18	Q5W5W9	173 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		10.23	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TNFRSF25	Q93038	417 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	ATAD5	Q96QE3	1844 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PTGER2	P43116	358 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	SARS	P49591	514 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	LRMP	Q12912	555 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	STX1A	Q16623	288 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC8A	Q8IWT6	810 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF165	P49910	485 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM87B	Q96K49	555 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	MED15	Q96RN5	788 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	NYX	Q9GZU5	481 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	KIAA1468	Q9P260	1216 aa		10.22	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	CDK11B	P21127	795 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		10.21	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		10.21	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	SPATA5	Q8NB90	893 aa		10.21	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	AIFM3	Q96NN9	605 aa		10.21	□□□□□ -0.77
SYNE1-215	ENST00000460912	KLF18	A0A0U1RQI7	1052 aa		10.21	□□□□□ -0.78

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