RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	SAP30	P38429	201 aa		6.73	□□□□□ -1.33
CSE4	YKL049C	SAM3	Q08986	587 aa		6.72	□□□□□ -1.33
CSE4	YKL049C	PRE3	P38624	215 aa		6.7	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	TFG1	P41895	735 aa	Predicted RBP	6.7	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	PTC3	P34221	468 aa	Known RBP	6.69	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	DAN4	P47179	1161 aa		6.69	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	NOP53	Q12080	455 aa	Known RBP	6.69	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	RGA1	P39083	1007 aa		6.68	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	XDJ1	P39102	459 aa		6.67	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	GRE2	Q12068	342 aa	Known RBP	6.67	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	GYP5	Q12344	894 aa		6.67	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	YDL129W	Q07555	291 aa		6.65	□□□□□ -1.34
CSE4	YKL049C	ABP1	P15891	592 aa	Known RBP	6.64	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	IFH1	P39520	1085 aa		6.64	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	ATH1	P48016	1211 aa		6.64	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	GUT1	P32190	709 aa		6.61	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	DCW1	P36091	449 aa		6.61	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	JIP4	Q03361	876 aa		6.61	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	YPR148C	Q06523	435 aa		6.61	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	SAS10	Q12136	610 aa	Predicted RBP	6.61	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	HTA1	P04911	132 aa	Known RBP	6.59	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	HTA2	P04912	132 aa		6.59	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	VRP1	P37370	817 aa		6.59	□□□□□ -1.35
CSE4	YKL049C	DPS1	P04802	557 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
CSE4	YKL049C	VPS70	P47161	811 aa		6.57	□□□□□ -1.36
CSE4	YKL049C	YEL023C	P39992	682 aa		6.52	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	SOL3	P38858	249 aa		6.51	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	YGR273C	P53329	174 aa		6.51	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	SRC1	Q03707	834 aa		6.51	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	CKB1	P43639	278 aa		6.5	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	NST1	P53935	1240 aa		6.49	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	YDR344C	Q05510	147 aa		6.49	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	PTC4	P38089	393 aa		6.48	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	REF2	P42073	533 aa	Predicted RBP	6.47	□□□□□ -1.37
CSE4	YKL049C	VHR2	P40041	505 aa		6.46	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	AI4	P03878	556 aa		6.45	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	MPH3	P0CE00	602 aa		6.45	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	YLR326W	Q06170	240 aa	Known RBP	6.43	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	KEX1	P09620	729 aa		6.42	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	UBP14	P38237	781 aa	Known RBP	6.42	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	ILV3	P39522	585 aa	Known RBP	6.42	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	PBS2	P08018	668 aa		6.41	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	SPB4	P25808	606 aa	Predicted RBP	6.4	□□□□□ -1.38
CSE4	YKL049C	YDR090C	Q03193	310 aa		6.39	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	MAK21	Q12176	1025 aa	Known RBP	6.39	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	RAD54	P32863	898 aa		6.38	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	PML39	Q03760	334 aa		6.38	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	PCS60	P38137	543 aa	Known RBP RIP-Chip data	6.37	□□□□□ -1.39	not detected
CSE4	YKL049C	KIC1	P38692	1080 aa		6.37	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	ELP4	Q02884	456 aa	Known RBP	6.37	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	COX6	P00427	148 aa		6.36	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	DSF2	P38213	736 aa		6.36	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	SLI15	P38283	698 aa		6.34	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	MAM3	Q12296	706 aa		6.34	□□□□□ -1.39
CSE4	YKL049C	MID1	P41821	548 aa		6.33	□□□□□ -1.4
CSE4	YKL049C	ARH1	P48360	493 aa		6.31	□□□□□ -1.4
CSE4	YKL049C	PEX29	Q03370	554 aa		6.31	□□□□□ -1.4
CSE4	YKL049C	IES2	P40154	320 aa		6.3	□□□□□ -1.4
CSE4	YKL049C	LEU3	P08638	886 aa		6.29	□□□□□ -1.4
CSE4	YKL049C	RPP1B	P10622	106 aa	Known RBP	6.27	□□□□□ -1.41
CSE4	YKL049C	CDC73	Q06697	393 aa		6.27	□□□□□ -1.41
CSE4	YKL049C	MPC54	Q08550	464 aa		6.27	□□□□□ -1.41
CSE4	YKL049C	ORC6	P38826	435 aa		6.26	□□□□□ -1.41
CSE4	YKL049C	DPL1	Q05567	589 aa		6.26	□□□□□ -1.41
CSE4	YKL049C	NUP42	P49686	430 aa	Known RBP	6.24	□□□□□ -1.41
CSE4	YKL049C	SPT23	P35210	1082 aa		6.22	□□□□□ -1.41
CSE4	YKL049C	NMA111	P53920	997 aa		6.22	□□□□□ -1.41
CSE4	YKL049C	GAP1	P19145	602 aa	Predicted RBP	6.21	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	DIT2	P21595	489 aa		6.21	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	HAP5	Q02516	242 aa		6.21	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	PSE1	P32337	1089 aa	Known RBP	6.2	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	CSC1	Q06538	782 aa		6.2	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	PEX21	P50091	288 aa		6.19	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	YNR021W	P53723	404 aa	Known RBP	6.19	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	ISU2	Q12056	156 aa		6.19	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	TFB4	Q12004	338 aa		6.18	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	RGR1	P19263	1082 aa		6.17	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	MVP1	P40959	511 aa	Known RBP	6.17	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	GLC3	P32775	704 aa		6.15	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	RPN1	P38764	993 aa	Known RBP	6.15	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	BNI4	P53858	892 aa		6.15	□□□□□ -1.42
CSE4	YKL049C	RAS1	P01119	309 aa		6.14	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	YML082W	Q04533	649 aa	Known RBP	6.14	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	TUM1	Q08686	304 aa	Known RBP	6.14	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	YRR1	Q12172	810 aa		6.14	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	CLB5	P30283	435 aa		6.12	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	ATF2	P53296	535 aa		6.12	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	YPR109W	Q06104	294 aa		6.12	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	PDR1	P12383	1068 aa		6.11	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	PTC2	P39966	464 aa	Known RBP	6.11	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	YPL062W	Q02781	134 aa		6.11	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	AIM7	Q12156	149 aa		6.11	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	TEA1	P47988	759 aa		6.1	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	LEO1	P38439	464 aa		6.09	□□□□□ -1.43
CSE4	YKL049C	RAM1	P22007	431 aa		6.07	□□□□□ -1.44
CSE4	YKL049C	TRK1	P12685	1235 aa		6.06	□□□□□ -1.44
CSE4	YKL049C	NUD1	P32336	851 aa		6.06	□□□□□ -1.44
CSE4	YKL049C	KIN1	P13185	1064 aa		6.05	□□□□□ -1.44
CSE4	YKL049C	YPR015C	Q12531	247 aa		6.05	□□□□□ -1.44
CSE4	YKL049C	NPL4	P33755	580 aa		6.04	□□□□□ -1.44

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