RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558639.5

PSMA4-208, Transcript of proteasome subunit alpha 4, human

TSL 3

Gene PSMA4, Length 733 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PSMA4-208	ENST00000558639	CREBZF	Q9NS37	354 aa		14.39	□□□□□ -0.11
PSMA4-208	ENST00000558639	PLCB2	Q00722	1185 aa		14.38	□□□□□ -0.11
PSMA4-208	ENST00000558639	GSE1	Q14687	1217 aa		14.38	□□□□□ -0.11
PSMA4-208	ENST00000558639	PITPNM1	O00562	1244 aa		14.37	□□□□□ -0.11
PSMA4-208	ENST00000558639	RGL2	O15211	777 aa		14.35	□□□□□ -0.11
PSMA4-208	ENST00000558639	NCAPD3	P42695	1498 aa		14.32	□□□□□ -0.12
PSMA4-208	ENST00000558639	NUBP1	P53384	320 aa		14.32	□□□□□ -0.12
PSMA4-208	ENST00000558639	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		14.31	□□□□□ -0.12
PSMA4-208	ENST00000558639	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		14.31	□□□□□ -0.12
PSMA4-208	ENST00000558639	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		14.3	□□□□□ -0.12
PSMA4-208	ENST00000558639	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	14.29	□□□□□ -0.12
PSMA4-208	ENST00000558639	ERCC6	Q03468	1493 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PSMA4-208	ENST00000558639	FAM212A	Q96EL1	285 aa		14.28	□□□□□ -0.12
PSMA4-208	ENST00000558639	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	14.27	□□□□□ -0.13
PSMA4-208	ENST00000558639	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	14.26	□□□□□ -0.13
PSMA4-208	ENST00000558639	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	14.26	□□□□□ -0.13
PSMA4-208	ENST00000558639	SMARCA4	P51532	1647 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PSMA4-208	ENST00000558639	SMARCA2	P51531	1590 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PSMA4-208	ENST00000558639	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PSMA4-208	ENST00000558639	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	14.18	□□□□□ -0.14
PSMA4-208	ENST00000558639	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	14.17	□□□□□ -0.14
PSMA4-208	ENST00000558639	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PSMA4-208	ENST00000558639	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	14.17	□□□□□ -0.14
PSMA4-208	ENST00000558639	NES	P48681	1621 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PSMA4-208	ENST00000558639	RASEF	Q8IZ41	740 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PSMA4-208	ENST00000558639	CUX2	O14529	1486 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PSMA4-208	ENST00000558639	HMGXB3	Q12766	1538 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PSMA4-208	ENST00000558639	CHADL	Q6NUI6	762 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PSMA4-208	ENST00000558639	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	14.11	□□□□□ -0.15
PSMA4-208	ENST00000558639	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PSMA4-208	ENST00000558639	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	14.1	□□□□□ -0.15
PSMA4-208	ENST00000558639	CFAP44	Q96MT7	982 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PSMA4-208	ENST00000558639	CHRM1	P11229	460 aa	Predicted RBP	14.09	□□□□□ -0.15
PSMA4-208	ENST00000558639	RNF25	Q96BH1	459 aa	Predicted RBP	14.09	□□□□□ -0.15
PSMA4-208	ENST00000558639	FARP1	Q9Y4F1	1045 aa	Predicted RBP	14.07	□□□□□ -0.16
PSMA4-208	ENST00000558639	HS6ST3	Q8IZP7	471 aa		14.06	□□□□□ -0.16
PSMA4-208	ENST00000558639	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		14.06	□□□□□ -0.16
PSMA4-208	ENST00000558639	PRKAR2A	P13861	404 aa	Known RBP	14.05	□□□□□ -0.16
PSMA4-208	ENST00000558639	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		14.02	□□□□□ -0.16
PSMA4-208	ENST00000558639	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	14.02	□□□□□ -0.17
PSMA4-208	ENST00000558639	PYGB	P11216	843 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PSMA4-208	ENST00000558639	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	14	□□□□□ -0.17
PSMA4-208	ENST00000558639	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	14	□□□□□ -0.17
PSMA4-208	ENST00000558639	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PSMA4-208	ENST00000558639	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PSMA4-208	ENST00000558639	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PSMA4-208	ENST00000558639	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PSMA4-208	ENST00000558639	STK25	O00506	426 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PSMA4-208	ENST00000558639	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PSMA4-208	ENST00000558639	WIZ	O95785	1651 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PSMA4-208	ENST00000558639	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	13.91	□□□□□ -0.18
PSMA4-208	ENST00000558639	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PSMA4-208	ENST00000558639	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PSMA4-208	ENST00000558639	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PSMA4-208	ENST00000558639	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PSMA4-208	ENST00000558639	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PSMA4-208	ENST00000558639	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PSMA4-208	ENST00000558639	POTEH	Q6S545	545 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PSMA4-208	ENST00000558639	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PSMA4-208	ENST00000558639	STK24	Q9Y6E0	443 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PSMA4-208	ENST00000558639	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
PSMA4-208	ENST00000558639	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PSMA4-208	ENST00000558639	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		13.82	□□□□□ -0.2
PSMA4-208	ENST00000558639	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		13.82	□□□□□ -0.2
PSMA4-208	ENST00000558639	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	13.81	□□□□□ -0.2
PSMA4-208	ENST00000558639	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
PSMA4-208	ENST00000558639	RYDEN	Q9NUL5	291 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PSMA4-208	ENST00000558639	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PSMA4-208	ENST00000558639	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PSMA4-208	ENST00000558639	PDAP1	Q13442	181 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	GTPBP6	O43824	516 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	PCDHB8	Q9UN66	801 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	PCDHB13	Q9Y5F0	798 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	BCAN	Q96GW7	911 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	WDR62	O43379	1518 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	CFTR	P13569	1480 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PSMA4-208	ENST00000558639	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PSMA4-208	ENST00000558639	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PSMA4-208	ENST00000558639	PSEN1	P49768	467 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PSMA4-208	ENST00000558639	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PSMA4-208	ENST00000558639	MAP3K13	O43283	966 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PSMA4-208	ENST00000558639	KIF12	Q96FN5	646 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PSMA4-208	ENST00000558639	IFNL1	Q8IU54	200 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PSMA4-208	ENST00000558639	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PSMA4-208	ENST00000558639	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PSMA4-208	ENST00000558639	PHF12	Q96QT6	1004 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PSMA4-208	ENST00000558639	CABP2	Q9NPB3	220 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PSMA4-208	ENST00000558639	C19orf67	A6NJJ6	358 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	PRDM2	Q13029	1718 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	IFT140	Q96RY7	1462 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	SOX12	O15370	315 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	MFRP	Q9BY79	579 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	TOPBP1	Q92547	1522 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	EFCAB3	Q8N7B9	438 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	NLRP6	P59044	892 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	GOLGA2	Q08379	1002 aa		13.47	□□□□□ -0.25
PSMA4-208	ENST00000558639	ABCC8	Q09428	1581 aa		13.46	□□□□□ -0.25

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.3 ms