RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000271628.8

SF3B4-201, Transcript of splicing factor 3b subunit 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene SF3B4, Length 2,085 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4-201ENST00000271628 GRIN2BQ13224 1484 aa23.45■■□□□ 1.34
SF3B4-201ENST00000271628 EFCAB5A4FU69 1503 aa23.44■■□□□ 1.34
SF3B4-201ENST00000271628 FHAD1B1AJZ9 1412 aa23.44■■□□□ 1.34
SF3B4-201ENST00000271628 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP23.38■■□□□ 1.33
SF3B4-201ENST00000271628 ADAMTS12P58397 1594 aa23.37■■□□□ 1.33
SF3B4-201ENST00000271628 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP23.35■■□□□ 1.33
SF3B4-201ENST00000271628 MAP3K1Q13233 1512 aa23.33■■□□□ 1.33
SF3B4-201ENST00000271628 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP23.31■■□□□ 1.32
SF3B4-201ENST00000271628 P3H3Q8IVL6 736 aa23.28■■□□□ 1.32
SF3B4-201ENST00000271628 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP23.28■■□□□ 1.32
SF3B4-201ENST00000271628 SAMD9Q5K651 1589 aa23.27■■□□□ 1.32
SF3B4-201ENST00000271628 FHOD3Q2V2M9 1422 aa23.27■■□□□ 1.32
SF3B4-201ENST00000271628 FMN1Q68DA7 1419 aa23.27■■□□□ 1.32
SF3B4-201ENST00000271628 TIAM1Q13009 1591 aa23.24■■□□□ 1.31
SF3B4-201ENST00000271628 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa23.24■■□□□ 1.31
SF3B4-201ENST00000271628 FYCO1Q9BQS8 1478 aa23.23■■□□□ 1.31
SF3B4-201ENST00000271628 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP23.22■■□□□ 1.31
SF3B4-201ENST00000271628 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa23.22■■□□□ 1.31
SF3B4-201ENST00000271628 IQGAP2Q13576 1575 aa23.21■■□□□ 1.31
SF3B4-201ENST00000271628 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP23.21■■□□□ 1.31
SF3B4-201ENST00000271628 GRIN2AQ12879 1464 aa23.16■■□□□ 1.3
SF3B4-201ENST00000271628 CFAP43Q8NDM7 1665 aa23.15■■□□□ 1.3
SF3B4-201ENST00000271628 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa23.15■■□□□ 1.3
SF3B4-201ENST00000271628 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa23.13■■□□□ 1.29
SF3B4-201ENST00000271628 SYNJ2O15056 1496 aa23.13■■□□□ 1.29
SF3B4-201ENST00000271628 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP23.12■■□□□ 1.29
SF3B4-201ENST00000271628 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP23.11■■□□□ 1.29
SF3B4-201ENST00000271628 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP23.11■■□□□ 1.29
SF3B4-201ENST00000271628 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP23.11■■□□□ 1.29
SF3B4-201ENST00000271628 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP23.1■■□□□ 1.29
SF3B4-201ENST00000271628 UGGT2Q9NYU1 1516 aa23.1■■□□□ 1.29
SF3B4-201ENST00000271628 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP23.07■■□□□ 1.28
SF3B4-201ENST00000271628 CCNB3Q8WWL7 1395 aa23.03■■□□□ 1.28
SF3B4-201ENST00000271628 FBLN2P98095 1184 aa22.99■■□□□ 1.27
SF3B4-201ENST00000271628 CEP170Q5SW79 1584 aa22.98■■□□□ 1.27
SF3B4-201ENST00000271628 NUP160Q12769 1436 aa22.97■■□□□ 1.27
SF3B4-201ENST00000271628 KIAA0556O60303 1618 aa22.96■■□□□ 1.27
SF3B4-201ENST00000271628 CCDC18Q5T9S5 1454 aa22.96■■□□□ 1.27
SF3B4-201ENST00000271628 HECW1Q76N89 1606 aa22.95■■□□□ 1.26
SF3B4-201ENST00000271628 DISP1Q96F81 1524 aa22.95■■□□□ 1.26
SF3B4-201ENST00000271628 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa22.94■■□□□ 1.26
SF3B4-201ENST00000271628 MTUS2Q5JR59 1369 aa22.93■■□□□ 1.26
SF3B4-201ENST00000271628 PHLDB1Q86UU1 1377 aa22.93■■□□□ 1.26
SF3B4-201ENST00000271628 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa22.87■■□□□ 1.25
SF3B4-201ENST00000271628 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa22.87■■□□□ 1.25
SF3B4-201ENST00000271628 JPH4Q96JJ6 628 aa22.86■■□□□ 1.25
SF3B4-201ENST00000271628 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP22.85■■□□□ 1.25
SF3B4-201ENST00000271628 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP22.85■■□□□ 1.25
SF3B4-201ENST00000271628 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP22.83■■□□□ 1.25
SF3B4-201ENST00000271628 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa22.79■■□□□ 1.24
SF3B4-201ENST00000271628 NCOA2Q15596 1464 aa22.78■■□□□ 1.24
SF3B4-201ENST00000271628 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP22.78■■□□□ 1.24
SF3B4-201ENST00000271628 FGD6Q6ZV73 1430 aa22.77■■□□□ 1.24
SF3B4-201ENST00000271628 ITGAEP38570 1179 aa22.77■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 CHD1O14646 1710 aa22.75■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa22.74■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 MYOM3Q5VTT5 1437 aa22.74■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 ARHGEF11O15085 1522 aa22.74■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP22.73■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 CLSPNQ9HAW4 1339 aa22.73■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP22.73■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP22.72■■□□□ 1.23
SF3B4-201ENST00000271628 SETD5Q9C0A6 1442 aa22.66■■□□□ 1.22
SF3B4-201ENST00000271628 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP22.66■■□□□ 1.22
SF3B4-201ENST00000271628 PLB1Q6P1J6 1458 aa22.65■■□□□ 1.22
SF3B4-201ENST00000271628 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP22.65■■□□□ 1.22
SF3B4-201ENST00000271628 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa22.63■■□□□ 1.21
SF3B4-201ENST00000271628 ARID3CA6NKF2 412 aa22.62■■□□□ 1.21
SF3B4-201ENST00000271628 MIA2Q96PC5 1412 aa22.62■■□□□ 1.21
SF3B4-201ENST00000271628 PTPN23Q9H3S7 1636 aa22.62■■□□□ 1.21
SF3B4-201ENST00000271628 ABCA8O94911 1581 aa22.6■■□□□ 1.21
SF3B4-201ENST00000271628 SHROOM2Q13796 1616 aa22.6■■□□□ 1.21
SF3B4-201ENST00000271628 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP22.58■■□□□ 1.21
SF3B4-201ENST00000271628 PTPRGP23470 1445 aa22.57■■□□□ 1.2
SF3B4-201ENST00000271628 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP22.56■■□□□ 1.2
SF3B4-201ENST00000271628 ADCY10Q96PN6 1610 aa22.5■■□□□ 1.19
SF3B4-201ENST00000271628 HFM1A2PYH4 1435 aa22.49■■□□□ 1.19
SF3B4-201ENST00000271628 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.49■■□□□ 1.19
SF3B4-201ENST00000271628 PLEKHD1A6NEE1 506 aa22.49■■□□□ 1.19
SF3B4-201ENST00000271628 ATP10BO94823 1461 aa22.48■■□□□ 1.19
SF3B4-201ENST00000271628 PTPRKQ15262 1439 aa22.48■■□□□ 1.19
SF3B4-201ENST00000271628 UACAQ9BZF9 1416 aa22.44■■□□□ 1.18
SF3B4-201ENST00000271628 ITSN2Q9NZM3 1697 aa22.44■■□□□ 1.18
SF3B4-201ENST00000271628 NAIPQ13075 1403 aa22.41■■□□□ 1.18
SF3B4-201ENST00000271628 AKNAQ7Z591 1439 aa22.41■■□□□ 1.18
SF3B4-201ENST00000271628 KIF14Q15058 1648 aa22.39■■□□□ 1.18
SF3B4-201ENST00000271628 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP22.38■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 MAPKBP1O60336 1514 aa22.38■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 ERCC6L2Q5T890 1561 aa22.37■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP22.37■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP22.35■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 ABCC2Q92887 1545 aa22.35■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 GCC2Q8IWJ2 1684 aa22.34■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP22.34■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 DAPK1P53355 1430 aa22.34■■□□□ 1.17
SF3B4-201ENST00000271628 ABCC10Q5T3U5 1492 aa22.32■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 ROCK1Q13464 1354 aa22.32■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 CHIC2Q9UKJ5 165 aa22.32■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP22.32■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 66.5 ms