RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	CTDSP1	Q9GZU7	261 aa		6.11	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	NAT8B	Q9UHF3	227 aa		6.11	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520		F5H697	171 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	RS1	O15537	224 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	SNAI2	O43623	268 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	SNAPIN	O95295	136 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	NTF3	P20783	257 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	S100P	P25815	95 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	FOXA3	P55318	350 aa	Predicted RBP	6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	RIG	Q13278	110 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	RNF212	Q495C1	297 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	KCNIP4	Q6PIL6	250 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	SVBP	Q8N300	66 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	SCRT2	Q9NQ03	307 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520		V9GYV3	84 aa		6.1	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-73	A0A0B4J1V6	119 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GUT8	65 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	HIGD1C	A8MV81	97 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	RHOD	O00212	210 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	S100A8	P05109	93 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	IGLC6	P0CF74	106 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	FAM74A4	Q5TZK3	123 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	CFAP126	Q5VTH2	177 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	ZFP2	Q6ZN57	461 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	LINC00612	Q8N6U2	182 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	OR10AG1	Q8NH19	301 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	ZNF479	Q96JC4	524 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	AP1S3	Q96PC3	154 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	PRADC1	Q9BSG0	188 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	RPS10P5	Q9NQ39	176 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	PRO0255	Q9UI72	69 aa		6.09	□□□□□ -1.43
USP4-213	ENST00000488520	LRP1B	Q9NZR2	4599 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WWL8	130 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520		A0A0J9YY99	117 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GW15	77 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	CDK2AP2	O75956	126 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	NUDT3	O95989	172 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	C10orf91	Q5T1B1	145 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	C14orf178	Q8N769	122 aa	Predicted RBP	6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	SREK1IP1	Q8N9Q2	155 aa	Predicted RBP	6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	C15orf53	Q8NAA6	179 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	GTSF1	Q8WW33	167 aa		6.08	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	TRAV26-1	A0A087WT03	109 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	SMIM27	A0A1W2PRY6	76 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520		H7C1H1	209 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	MGP	P08493	103 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	RAB4B	P61018	213 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	RHEB	Q15382	184 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	ZNF56	Q15929	161 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	TMEM88	Q6PEY1	159 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	NUP35	Q8NFH5	326 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	IMMP2L	Q96T52	175 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	DPH3P1	Q9H4G8	78 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	JPT2	Q9H910	190 aa		6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	CARHSP1	Q9Y2V2	147 aa	Known RBP	6.07	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	TRBV6-4	A0A1B0GX49	114 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	ADCYAP1	P18509	176 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	CTRL	P40313	264 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	CRYBA4	P53673	196 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	FAM3B	P58499	235 aa	Predicted RBP	6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	RHOH	Q15669	191 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	MRPL23	Q16540	153 aa	Known RBP	6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	SH2D6	Q7Z4S9	175 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	BTF3L4	Q96K17	158 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	MSRB1	Q9NZV6	116 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	ICOS	Q9Y6W8	199 aa		6.06	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WWC5	75 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520		B5MCH6	92 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520		H3BNG1	76 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	NXPH4	O95158	308 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	CRYGD	P07320	174 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	GATA1	P15976	413 aa	Predicted RBP	6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	EVI2A	P22794	236 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	CAMP	P49913	170 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A29	Q8N8R3	303 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	SAMD10	Q9BYL1	202 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	TNFRSF18	Q9Y5U5	241 aa		6.05	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520		K7EQD1	137 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	SRI	P30626	198 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	CCL18	P55774	89 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	HBB	P68871	147 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	RPL36A	P83881	106 aa	Known RBP	6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	ATP5L2	Q7Z4Y8	100 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	SPATA12	Q7Z6I5	190 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	C6orf223	Q8N319	242 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	RPL36AL	Q969Q0	106 aa	Known RBP	6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	CNFN	Q9BYD5	112 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	TMEM191A	Q9H0A3	160 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	HERC1	Q15751	4861 aa		6.04	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	TRAV9-1	A0A075B6T8	112 aa		6.03	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	NBDY	A0A0U1RRE5	68 aa		6.03	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	NEGR1	Q7Z3B1	354 aa		6.03	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	FRZB	Q92765	325 aa		6.03	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	URGCP-MRPS24	S4R325	110 aa		6.03	□□□□□ -1.44
USP4-213	ENST00000488520	DMBT1	Q9UGM3	2413 aa	Predicted RBP	6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520		A0A096LPF7	62 aa		6.02	□□□□□ -1.45

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 79.4 ms