RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	SIRPD	Q9H106	197 aa		10.18	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB135	Q30KP9	77 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	C5orf38	Q86SI9	138 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	MED13	Q9UHV7	2174 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM89	A2RUT3	159 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF183	Q96D59	192 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	CAMK2N2	Q96S95	79 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	WISP2	O76076	250 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A29	Q8N8R3	303 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	IGLV10-54	A0A075B6I4	117 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHG2	P01859	326 aa		10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	KLK5	Q9Y337	293 aa	Predicted RBP	10.17	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	LOXL1	Q08397	574 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	DSCR8	Q96T75	97 aa		10.16	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447		K7EMT4	169 aa		10.16	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447		Q6ZSR3	168 aa		10.16	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	IGLV1-47	P01700	117 aa		10.16	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	KIF26A	Q9ULI4	1882 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	CRYGC	P07315	174 aa		10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	FXYD2	P54710	66 aa		10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	RBM3	P98179	157 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	GPHB5	Q86YW7	130 aa		10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447		K7EMI3	77 aa		10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	DAZ2	Q13117	558 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	DAZ4	Q86SG3	579 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC75A-AS1	Q8N1F1	130 aa		10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	DAZ3	Q9NR90	486 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447		Q9H8V8	135 aa		10.15	□□□□□ -0.78
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM236A	A0A1B0GUQ0	79 aa		10.15	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM236B	A0A1B0GV22	79 aa		10.15	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB4A	O15263	64 aa		10.14	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TIRAP	P58753	221 aa		10.14	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF503	Q96F45	646 aa		10.14	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	HAMP	P81172	84 aa		10.14	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	C19orf84	I3L1E1	186 aa		10.14	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC00173	Q6ZV60	143 aa		10.14	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TEX22	C9J3V5	150 aa		10.14	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	SHANK1	Q9Y566	2161 aa		10.14	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447		A6NDX4	124 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	INSL3	P51460	131 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	DENND4C	Q5VZ89	1909 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	GATA1	P15976	413 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447		Q6ZUT4	128 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB105A	Q8NG35	78 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL39L	Q96EH5	51 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	HHLA3	Q9XRX5	114 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	ETDC	A0A1B0GVM5	59 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	COX7A2L	O14548	114 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		10.13	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	PATE2	Q6UY27	113 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447		Q8N1Y9	231 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	CHD3	Q12873	2000 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV4	A0A0B4J268	109 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	MSMP	Q1L6U9	139 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	YPEL4	Q96NS1	127 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	NOTCH2	Q04721	2471 aa		10.12	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	EML6	Q6ZMW3	1958 aa		10.11	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0B4J2C4	111 aa		10.11	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFRSF13B	O14836	293 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	NCKAP5	O14513	1909 aa		10.11	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFV3	P56181	108 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TM2D2	Q9BX73	214 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	PRAC2	D3DTV9	90 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA12	Q7Z6I5	190 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAMTS9	Q9P2N4	1935 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	ACACB	O00763	2458 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	ODF3L1	Q8IXM7	274 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV4-4	A0A075B6R2	117 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC01620	Q4KN68	170 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	WFDC11	Q8NEX6	87 aa		10.1	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	HIVEP2	P31629	2446 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	hADV29S1	A0JD25	119 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM61	Q8N0U2	210 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	C9orf47	Q6ZRZ4	202 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	PRO3102	Q9H379	93 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	LMO4	P61968	165 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV4-31	P0DP07	118 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFA11	Q86Y39	141 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	IL17D	Q8TAD2	202 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TRBV7-3	A0A075B6L6	115 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TRBV12-3	P01733	135 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	SVIP	Q8NHG7	77 aa		10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL36	Q9P0J6	103 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
PTPRF-215	ENST00000496447	TINCR	A0A1B0GVN0	87 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFP2	Q6ZN57	461 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	SPANXB1	Q9NS25	103 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1B0GX51	115 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFS5	O43920	106 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	INAFM1	C9JVW0	142 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	CTRL	P40313	264 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	MSRB1	Q9NZV6	116 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	CUL9	Q8IWT3	2517 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	UNQ9165/PRO28630	Q6UXU0	137 aa		10.08	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	C2orf16	Q68DN1	1984 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	DYSF	O75923	2080 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV12-1	A0A0B4J245	112 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	HIST2H2BC	Q6DN03	193 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF843	Q8N446	348 aa		10.07	□□□□□ -0.8
PTPRF-215	ENST00000496447	BAALC-AS2	P0C853	105 aa		10.07	□□□□□ -0.8

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