RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	BVES-AS1	Q5T3Y7	98 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	AMN1	Q8IY45	258 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	BPESC1	Q9GZL8	116 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	HHLA3	Q9XRX5	114 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	TSSC4	Q9Y5U2	329 aa	Predicted RBP	6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MUC21	A0A0G2JKD1	596 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MUC21	A0A140T8X8	626 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912		J3QR89	54 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV3-23	P01764	117 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	CSN3	P07498	182 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	COX8A	P10176	69 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MUC21	Q5SSG8	566 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	HIST2H2BC	Q6DN03	193 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912		Q6ZQT7	251 aa		6.66	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	UNC79	Q9P2D8	2635 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	NXPH4	O95158	308 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	NPY	P01303	97 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912		Q8TAT8	98 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ITPR2	Q14571	2701 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	WNK2	Q9Y3S1	2297 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RPS20	P60866	119 aa	Known RBP	6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	PLGLA	Q15195	96 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	ADAMTSL5	Q6ZMM2	481 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF152	Q8N8N0	203 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	AGPAT4-IT1	Q9H0P7	198 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912	MSRB1	Q9NZV6	116 aa		6.65	□□□□□ -1.34
SYNE1-215	ENST00000460912		A6NDX4	124 aa		6.65	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912		G3V318	75 aa		6.65	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912		K7EP13	123 aa		6.65	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	IGFL4	Q6B9Z1	124 aa		6.65	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	DAZAP1	Q96EP5	407 aa	Known RBP	6.65	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ANAPC13	Q9BS18	74 aa		6.65	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM223B	A6NKX1	122 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC25A16	P16260	332 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ERCC8	Q13216	396 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM223A	Q8IWN6	122 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM189	A5PLL7	270 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912		H3BUA1	57 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV4-31	P0DP07	118 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF182	Q8N6D2	247 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ZFAND2A	Q8N6M9	145 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC50A1	Q9BRV3	221 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	AAMDC	Q9H7C9	122 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	AP5S1	Q9NUS5	200 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	HSPB8	Q9UJY1	196 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		6.64	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHG2	P01859	326 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	HLA-DRB4	P13762	266 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	C12orf54	Q6X4T0	127 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	C8orf86	Q6ZUL3	223 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	FER1L6-AS1	Q8NA97	138 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	HLA-DRB4	X5D2U9	266 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	HIST1H1A	Q02539	215 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	LCNL1	Q6ZST4	164 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ORMDL3	Q8N138	153 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV20-1	A0A075B6N2	111 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV1-69D	A0A0B4J2H0	117 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912		H3BVH4	76 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912		J3KRW8	73 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	SMAD7	O15105	426 aa	Known RBP	6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	AVP	P01185	164 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV1-69	P01742	117 aa		6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	6.63	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	MUC4	Q99102	2169 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM208B	Q5VWN6	2430 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912		A1L4Q6	167 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	GPR183	P32249	361 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	UFC1	Q9Y3C8	167 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD17	O75179	2603 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00315	P59091	139 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	MYOZ3	Q8TDC0	251 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	PRELID3A	Q96N28	172 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	MAP1LC3C	Q9BXW4	147 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF25-AS1	Q9Y6Z4	181 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ITPR3	Q14573	2671 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	NCBP2L	A6PVI3	153 aa	Known RBP	6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	TRBV12-3	P01733	135 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	UNQ9165/PRO28630	Q6UXU0	137 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	OR10AG1	Q8NH19	301 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	MOB4	Q9Y3A3	225 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	SPCS1	Q9Y6A9	102 aa		6.62	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	C7orf71	A4D174	169 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	FABP5P3	A8MUU1	101 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	TRGV3	P03979	118 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	CT45A10	P0DMU9	189 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP5G2	Q06055	141 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	UFSP1	Q6NVU6	142 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	TPPP3	Q9BW30	176 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	MED14OS	P0DP75	135 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	PPBP	P02775	128 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	HES1	Q14469	280 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM160	Q9NX00	188 aa		6.61	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX15	Q9BXT5	2789 aa		6.6	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912		Q6ZS46	218 aa		6.6	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	EEF1AKMT3	Q96AZ1	226 aa		6.6	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	SMKR1	H3BMG3	65 aa		6.6	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912		K7EMI3	77 aa		6.6	□□□□□ -1.35
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFA4	O00483	81 aa		6.6	□□□□□ -1.35

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