RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566083.6

CLN3-222, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,409 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-222	ENST00000566083	CYCS	P99999	105 aa	Known RBP	10.39	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	ANXA2R	Q3ZCQ2	193 aa		10.39	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	UPK3B	Q9BT76	320 aa		10.39	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	NPCDR1	Q9BY65	106 aa		10.39	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	DNAH11	Q96DT5	4516 aa		10.39	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	KLLN	B2CW77	178 aa		10.38	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083		E5RGE8	158 aa		10.38	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	10.38	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	TRGV2	A0A075B6R0	118 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083		M0R3E3	92 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	GPX1	P07203	203 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	CRISP2	P16562	243 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	TNP2	Q05952	138 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	ASAH1	Q13510	395 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	TMEM78	Q5T7P6	136 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	C9orf47	Q6ZRZ4	202 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	EIF4E3	Q8N5X7	224 aa	Known RBP	10.37	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	DYNC1H1	Q14204	4646 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083		A0A0J9YY99	117 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	C16orf90	A8MZG2	172 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	NDUFB4	O95168	129 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	IBA57	Q5T440	356 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF575	Q86XF7	245 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	OR5C1	Q8NGR4	320 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	ENKUR	Q8TC29	256 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	BLNK	Q8WV28	456 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	MRPL32	Q9BYC8	188 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	NMES1	Q9C002	83 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	AGPAT4-IT1	Q9H0P7	198 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083		Q9H3A6	140 aa		10.36	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	C17orf112	F2Z3M2	114 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	PRAF2	O60831	178 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	NBEAP1	P0C6P0	100 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	HOXA5	P20719	270 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	IFITM3	Q01628	133 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083		Q6ZTI0	123 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	OR51M1	Q9H341	326 aa		10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	MRPS16	Q9Y3D3	137 aa	Known RBP	10.35	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	RGS13	O14921	159 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	CDK2AP2	O75956	126 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	PYY	P10082	97 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	NHLH2	Q02577	135 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	SLA	Q13239	276 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	C11orf72	Q8NBR9	251 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	TMPRSS5	Q9H3S3	457 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	GSN-AS1	Q9NRJ2	163 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	FUT9	Q9Y231	359 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-222	ENST00000566083	TRGV1	A0A0A0MS02	117 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	CSN1S1	P47710	185 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	TCL1A	P56279	114 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ERCC8	Q13216	396 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ICAM4	Q14773	271 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ESRG	Q1W209	222 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	LYPD1	Q8N2G4	141 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	EXOC3-AS1	Q8N2X6	119 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	SLC25A2	Q9BXI2	301 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	PKD1	P98161	4303 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	CD300C	Q08708	224 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	THAP6	Q8TBB0	222 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	FAM167A-AS1	Q96KT0	104 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ARPC5L	Q9BPX5	153 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	PAXX	Q9BUH6	204 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	WDR61	Q9GZS3	305 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF492	Q9P255	531 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	RBAKDN	A6NC62	111 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	SPINK4	O60575	86 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	UPK1B	O75841	260 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	PET100	P0DJ07	73 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF138	P52744	262 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	BTN1A1	Q13410	526 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	GCSAML	Q5JQS6	135 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	FAM122C	Q6P4D5	195 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ST6GAL2	Q96JF0	529 aa		10.32	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	IGHV1OR15-1	A0A075B7D0	117 aa		10.31	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	MIR17HG	Q75NE6	70 aa		10.31	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ZFAND2A	Q8N6M9	145 aa		10.31	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	VSIG2	Q96IQ7	327 aa		10.31	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ICOS	Q9Y6W8	199 aa		10.31	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083		A0A096LPF7	62 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	PAX4	O43316	350 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	OR7C2	O60412	319 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	TAS2R45	P59539	299 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	LRRC37A5P	Q49AS3	106 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ATP5S	Q99766	215 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	VGLL1	Q99990	258 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	PRO0255	Q9UI72	69 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	KLF12	Q9Y4X4	402 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	LENEP	Q9Y5L5	61 aa		10.3	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	10.29	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	INMT-MINDY4	F8WBC2	141 aa		10.29	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	SIX6	O95475	246 aa		10.29	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	10.29	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	OR10J4	P0C629	311 aa		10.29	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	ZNF415	Q09FC8	603 aa		10.29	□□□□□ -0.76
CLN3-222	ENST00000566083	SCGB1C1	Q8TD33	95 aa		10.29	□□□□□ -0.76

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