RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000574099.1

CCDC40-211, Transcript of coiled-coil domain containing 40, humanhuman

TSL 4

Gene CCDC40, Length 537 nt, Biotype protein coding.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40-211ENST00000574099 PRRT1Q99946 306 aa12□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SNURFLB1AK76 121 aa11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 PRSS46E5RG02 174 aa11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 J3QL48 77 aa11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 RPL7P18124 248 aaKnown RBP11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SSBP1Q04837 148 aaKnown RBP11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 CLVS1Q8IUQ0 354 aaPredicted RBP11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 RPUSD4Q96CM3 377 aaKnown RBP11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 VSIG2Q96IQ7 327 aa11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SHANK2-AS3Q9BTD1 123 aa11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 HIGD1AQ9Y241 93 aa11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SRRM2Q9UQ35 2752 aaKnown RBP11.99□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 A0A087WXM4 84 aa11.98□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 J3KRW8 73 aa11.98□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 RAP2BP61225 183 aa11.98□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 GFI1BQ5VTD9 330 aa11.98□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 ACOT7LQ6ZUV0 252 aa11.98□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 MIXL1Q9H2W2 232 aa11.98□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 A0A087WTM6 91 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 H3BP45 60 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 WRBO00258 174 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 PITX3O75364 302 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 NXPH4O95158 308 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 OR5G3P0C626 314 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 Q6ZTI0 123 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 CCDC190Q86UF4 302 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SMIM4Q8WVI0 70 aa11.97□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 A0A087X0K7 114 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SMCO3A2RU48 225 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 FAM229AH3BQW9 127 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 RGS5O15539 181 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 IL5P05113 134 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SNRPCP09234 159 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 ANXA3P12429 323 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SRPXP78539 464 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 MRPS10P82664 201 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 SPANXN5Q5MJ07 72 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 Q6ZSN1 163 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 CYP2G1PQ6ZSU1 146 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 TMED4Q7Z7H5 227 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 C20orf144Q9BQM9 153 aa11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 NAA50Q9GZZ1 169 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
CCDC40-211ENST00000574099 HYPMO75409 117 aa11.95□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 TRGV2A0A075B6R0 118 aa11.94□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 MED6O75586 246 aa11.94□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 LINC00869P0C866 280 aa11.94□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 RPP30P78346 268 aaKnown RBP11.94□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 SCGB3A2Q96PL1 93 aa11.94□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 MCUBQ9NWR8 336 aa11.94□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 SCP2D1Q9UJQ7 156 aa11.94□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 TRAV12-3A0A0B4J271 114 aa11.93□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 PMS2P5A8MQ11 134 aa11.93□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 PRAC2D3DTV9 90 aa11.93□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 SYNGR2O43760 224 aa11.93□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 ANXA7P20073 488 aaKnown RBP11.93□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 GCSHP23434 173 aa11.93□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 CIB3Q96Q77 187 aaPredicted RBP11.93□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 ANKRD20A5PA0PJZ0 165 aa11.92□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 IL18Q14116 193 aa11.92□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 NFE4Q86UQ8 179 aa11.92□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 DUXBA0A1W2PPF3 345 aa11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 H3BTX0 84 aa11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 CTDSP2O14595 271 aa11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 MRPS12O15235 138 aaKnown RBP11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 DAZ2Q13117 558 aaKnown RBP11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 CTF1Q16619 201 aa11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 ARL6Q9H0F7 186 aa11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF331Q9NQX6 463 aaPredicted RBP11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 STRAPQ9Y3F4 350 aaKnown RBP11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 ICOSQ9Y6W8 199 aa11.91□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 TRGV1A0A0A0MS02 117 aa11.9□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 LINC00854A0A1B0GVQ3 168 aa11.9□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 SLC17A3O00476 420 aa11.9□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 PLP1P60201 277 aa11.9□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 LCN15Q6UWW0 184 aa11.9□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 ARV1Q9H2C2 271 aa11.9□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 GSN-AS1Q9NRJ2 163 aa11.9□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 FUT9Q9Y231 359 aa11.9□□□□□ -0.5
CCDC40-211ENST00000574099 CTDSPLO15194 276 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 PAX4O43316 350 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 IGHV3-53P01767 116 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 SLC25A6P12236 298 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 CXCL2P19875 107 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 VAMP1P23763 118 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 RRAS2P62070 204 aaPredicted RBP11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 PATE2Q6UY27 113 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 PYGO2Q9BRQ0 406 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 SLC50A1Q9BRV3 221 aa11.89□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 PIGBOS1A0A0B4J2F0 54 aa11.88□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 CT45A10P0DMU9 189 aa11.88□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 LEPP41159 167 aa11.88□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 DIRAS2Q96HU8 199 aa11.88□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 CCNKO75909 580 aa11.87□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 HOXB5P09067 269 aa11.87□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 SELENOTP62341 195 aa11.87□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 SLC38A11Q08AI6 406 aa11.87□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 S100A7AQ86SG5 101 aa11.87□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 C11orf72Q8NBR9 251 aa11.87□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF431Q8TF32 576 aaPredicted RBP11.87□□□□□ -0.51
CCDC40-211ENST00000574099 LINC00467Q9BRT7 94 aa11.87□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35 ms