RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489537.5

SF3A3-208, Transcript of splicing factor 3a subunit 3, human

TSL 4

Gene SF3A3, Length 891 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SF3A3-208	ENST00000489537	ZNF343	Q6P1L6	599 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	TEX38	Q6PEX7	206 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	ZNF329	Q86UD4	541 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	BAGE2	Q86Y30	109 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	OR5T1	Q8NG75	326 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	OR4B1	Q8NGF8	309 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	YPEL4	Q96NS1	127 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	METTL26	Q96S19	204 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	FOXC2	Q99958	501 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	NPFFR1	Q9GZQ6	430 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	TNC	P24821	2201 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	NSD1	Q96L73	2696 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	GGTLC3	B5MD39	225 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	NDUFA4	O00483	81 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	PF4	P02776	101 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	PFN1	P07737	140 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	CTSG	P08311	255 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	APELA	P0DMC3	54 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	CT45A10	P0DMU9	189 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	EGR2	P11161	476 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	HNF1A	P20823	631 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	CD24	P25063	80 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	RPL15	P61313	204 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	RAN	P62826	216 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	NDP	Q00604	133 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	CENPW	Q5EE01	88 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537		Q5PR19	223 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	IBA57	Q5T440	356 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	ASPHD1	Q5U4P2	390 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537		Q6AWC8	147 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	OR8I2	Q8N0Y5	310 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	TMEM75	Q8N9X5	138 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	OCC1	Q8TAD7	63 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	ZNF503	Q96F45	646 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	NDFIP1	Q9BT67	221 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	FAM103A1	Q9BTL3	118 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	PRSS22	Q9GZN4	317 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	GFRA4	Q9GZZ7	299 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537		Q9H3A6	140 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	PRDM13	Q9H4Q3	707 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	IL36B	Q9NZH7	164 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	JMJD1C	Q15652	2540 aa		4.96	□□□□□ -1.61
SF3A3-208	ENST00000489537	TET2	Q6N021	2002 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537		A0A087X0K7	114 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537		A0A096LNT2	108 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	LOC105371267	A0A1B0GV96	52 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537		A0A1B0GW15	77 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537		A0A1W2PPQ1	181 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	RBAKDN	A6NC62	111 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537		A8MWL6	223 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	LTA	P01374	205 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	IGHV3-48	P01763	117 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	TRGV3	P03979	118 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	TCRA	P04437	139 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	CLEC3B	P05452	202 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	PRB3	Q04118	309 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	KIAA0141	Q14154	515 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	FAM106A	Q4KMX7	169 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	C9orf152	Q5JTZ5	239 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	FAM120AOS	Q5T036	256 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	FAM162B	Q5T6X4	162 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	ATP5L2	Q7Z4Y8	100 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	PRIMA1	Q86XR5	153 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	PIFO	Q8TCI5	191 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	BLNK	Q8WV28	456 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	MRPL53	Q96EL3	112 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	MRPL36	Q9P0J6	103 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	ZNF492	Q9P255	531 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	VPREB3	Q9UKI3	123 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	DMRT1	Q9Y5R6	373 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	URGCP-MRPS24	S4R325	110 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	RBM14-RBM4	A0A0A0MSL8	147 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	IGHV3-21	A0A0B4J1V1	117 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	TRAV5	A0A0B4J249	113 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	OR2T8	A6NH00	312 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	ZNF705G	A8MUZ8	300 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537		K7EMT4	169 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	GATC	O43716	136 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	FSHB	P01225	129 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	HLA-DQA1	P01909	254 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	ELANE	P08246	267 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	IGLC2	P0DOY2	106 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	IGHV4-31	P0DP07	118 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	IGHV4-38-2	P0DP08	117 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	PYY	P10082	97 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	MGST1	P10620	155 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	S100A2	P29034	98 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	GPR183	P32249	361 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	ARL3	P36405	182 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	IER3	P46695	156 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	RPS20	P60866	119 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	FOXE3	Q13461	319 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	C19orf54	Q5BKX5	351 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	RUSC1-AS1	Q66K80	236 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	BRD3OS	Q6XYD6	125 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537		Q6YL49	198 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	TMEM183A	Q8IXX5	376 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	IGF2BP2-AS1	Q96M15	143 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	HSPB9	Q9BQS6	159 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3A3-208	ENST00000489537	GNB1L	Q9BYB4	327 aa		4.95	□□□□□ -1.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 57.8 ms