RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556498.1

TDP1-215, Transcript of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, human

TSL 3

Gene TDP1, Length 597 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TDP1-215	ENST00000556498	C3orf56	Q8N813	242 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	PAXX	Q9BUH6	204 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	LIME1	Q9H400	295 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	C16orf95	Q9H693	158 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	NXT2	Q9NPJ8	142 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	NHP2	Q9NX24	153 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	RNF186	Q9NXI6	227 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498		A0A0G2JMZ2	1700 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	LRRC37A2	A6NM11	1700 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	MAST2	Q6P0Q8	1798 aa		4.86	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498		C9JCJ5	164 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	SPRY2	O43597	315 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	TCRA	P04437	139 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	GCHFR	P30047	84 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	CRYBA2	P53672	197 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	ERCC8	Q13216	396 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	ECSCR	Q19T08	205 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	FAM219B	Q5XKK7	198 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	IGFL4	Q6B9Z1	124 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	RPS27L	Q71UM5	84 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	LY6G5B	Q8NDX9	201 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	FAM3D	Q96BQ1	224 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	GFI1	Q99684	422 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	GLIPR2	Q9H4G4	154 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	KLK13	Q9UKR3	277 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	ANAPC10	Q9UM13	185 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	KLK5	Q9Y337	293 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	COL4A3	Q01955	1670 aa		4.85	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	NYNRIN	Q9P2P1	1898 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	TRBV5-5	A0A0J9YX44	114 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	CTXND1	A0A1B0GTU2	59 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	hADV29S1	A0JD25	119 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	LINC01553	A4QN01	128 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	PGP	A6NDG6	321 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	UBE2L6	O14933	153 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	NGF	P01138	241 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	APOH	P02749	345 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	LGALS3	P17931	250 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	CCL1	P22362	96 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	FOLR3	P41439	243 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	NOV	P48745	357 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	SUPT4H1	P63272	117 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	CFHR3	Q02985	330 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	SP6	Q3SY56	376 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	DEFB121	Q5J5C9	76 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	ZNF627	Q7L945	461 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	ATP5L2	Q7Z4Y8	100 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	WFDC11	Q8NEX6	87 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	TMEM230	Q96A57	120 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	DSCR8	Q96T75	97 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	TM2D3	Q9BRN9	247 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	PRSS22	Q9GZN4	317 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	PLEKHA3	Q9HB20	300 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	OSTC	Q9NRP0	149 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	RBM12B-AS1	Q9P1G2	102 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	LINC00527	Q9UJ94	153 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	EPDR1	Q9UM22	224 aa		4.84	□□□□□ -1.63
TDP1-215	ENST00000556498	PLXNA4	Q9HCM2	1894 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	KIF26A	Q9ULI4	1882 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	LTBP1	Q14766	1721 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	TRBV5-7	A0A0A0MS05	114 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	FFAR1	O14842	300 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	PIN1P1	O15428	100 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	SAA4	P35542	130 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	FXYD2	P54710	66 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	UBE2D3	P61077	147 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	PCBD1	P61457	104 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	HIST1H4A	P62805	103 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	UBE2D2	P62837	147 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	CST6	Q15828	149 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	RSPO1	Q2MKA7	263 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	ZC2HC1B	Q5TFG8	222 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	PVRIG	Q6DKI7	326 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	CRIP3	Q6Q6R5	217 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	C5orf38	Q86SI9	138 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	PCP2	Q8IVA1	136 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	SLC22A24	Q8N4F4	322 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	TMEM252	Q8N6L7	170 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	LINC01555	Q8NAE3	123 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	OR5C1	Q8NGR4	320 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	C10orf105	Q8TEF2	133 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	LINC00476	Q8WZB0	136 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	IFI27L1	Q96BM0	104 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	HHLA3	Q9XRX5	114 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	SCN8A	Q9UQD0	1980 aa		4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	TDRD15	B5MCY1	1934 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	MYLK	Q15746	1914 aa		4.82	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	IGHV3OR15-7	A0A075B7D8	119 aa		4.82	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	IGKV6D-41	A0A0C4DH26	115 aa		4.82	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	TMEM202	A6NGA9	273 aa		4.82	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	C15orf62	A8K5M9	175 aa		4.82	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	UPK2	O00526	184 aa		4.82	□□□□□ -1.64
TDP1-215	ENST00000556498	CCL16	O15467	120 aa		4.82	□□□□□ -1.64

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