RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	VKORC1L1	Q8N0U8	176 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR1P1	Q8NH06	330 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	LSM10	Q969L4	123 aa	Known RBP	6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	FAM210B	Q96KR6	192 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	GINS3	Q9BRX5	216 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ATG101	Q9BSB4	218 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR5AC2	Q9NZP5	309 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ZNF256	Q9Y2P7	627 aa	Predicted RBP	6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	PLXNB1	O43157	2135 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	TRBV7-1	A0A0A6YYK4	115 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	AGPAT2	O15120	278 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SFT2D2	O95562	160 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	KRAS	P01116	189 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	AMBP	P02760	352 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	TRGC2	P03986	189 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	RPS20	P60866	119 aa	Known RBP	6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	RND3	P61587	244 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	C15orf32	Q32M92	178 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	FAM106A	Q4KMX7	169 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	PHLDA2	Q53GA4	152 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	COL5A1-AS1	Q5SY13	56 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	LEMD1	Q68G75	181 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ZNF343	Q6P1L6	599 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SSX7	Q7RTT5	188 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	TBC1D26	Q86UD7	250 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	C20orf144	Q9BQM9	153 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	NIPSNAP3B	Q9BS92	247 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ENY2	Q9NPA8	101 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	FBXL7	Q9UJT9	491 aa		6.7	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	IGHV4OR15-8	A0A075B7B6	117 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285		A0A087WW49	117 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285		H3BQ15	152 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	S1PR2	O95136	353 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	CRYGC	P07315	174 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	CXCL1	P09341	107 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	RPL12	P30050	165 aa	Known RBP	6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR10J1	P30954	320 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SUB1	P53999	127 aa	Known RBP eCLIP	6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	PIGP	P57054	158 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SELENOT	P62341	195 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ERH	P84090	104 aa	Known RBP	6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	CD69	Q07108	199 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	LCN12	Q6JVE5	192 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ACSM6	Q6P461	480 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR2K2	Q8NGT1	345 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	FRZB	Q92765	325 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	BTF3L4	Q96K17	158 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ATP6V0B	Q99437	205 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	C20orf24	Q9BUV8	137 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	HINT2	Q9BX68	163 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SRD5A3	Q9H8P0	318 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR51B2	Q9Y5P1	312 aa		6.69	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	NOTCH3	Q9UM47	2321 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	RBM14-RBM4	A0A0A0MSL8	147 aa	Known RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	TRBV9	A0A0B4J1U6	114 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285		M0QYG6	137 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	CTSD	P07339	412 aa	Predicted RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	IL6R	P08887	468 aa	Predicted RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	NHLRC4	P0CG21	123 aa	Predicted RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	APELA	P0DMC3	54 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	P2RY1	P47900	373 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SRPX	P78539	464 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ACOT6	Q3I5F7	207 aa	Predicted RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	GFI1B	Q5VTD9	330 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	FAM219A	Q8IW50	185 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR9G4	Q8NGQ1	327 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	DYNLRB2	Q8TF09	96 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	CASTOR1	Q8WTX7	329 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ORAOV1	Q8WV07	137 aa		6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	DLX4	Q92988	240 aa	Predicted RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	RBMXL1	Q96E39	390 aa	Known RBP	6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	PUS1	Q9Y606	427 aa	Known RBP eCLIP	6.68	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	C3orf85	A0A1B0GTC6	90 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	RBFOX3	A6NFN3	312 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285		J3KRW8	73 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	CORT	O00230	105 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR2J3	O76001	311 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	HBE1	P02100	147 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR13C7	P0DN81	318 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SLURP1	P55000	103 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	DPPA3	Q6W0C5	159 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	GTSCR1	Q86UQ5	136 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SGPP2	Q8IWX5	399 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	OR2C3	Q8N628	320 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	VN1R17P	Q8TDU5	208 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	IMMP2L	Q96T52	175 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	MIEN1	Q9BRT3	115 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	PLEKHA3	Q9HB20	300 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SEPSECS	Q9HD40	501 aa	Known RBP	6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SIGLEC8	Q9NYZ4	499 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	FBXL17	Q9UF56	701 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	NOTCH1	P46531	2555 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	C20orf202	A1L168	122 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	C15orf61	A6NNL5	157 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	ZNF705G	A8MUZ8	300 aa	Predicted RBP	6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	TEX22	C9J3V5	150 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285		E5RGE8	158 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	SRP19	P09132	144 aa	Known RBP	6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	BMI1	P35226	326 aa		6.67	□□□□□ -1.34
USP3-208	ENST00000558285	G6PC	P35575	357 aa		6.67	□□□□□ -1.34

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