RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000487284.2

CUX1-209, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 2

Gene CUX1, Length 1,566 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-209	ENST00000487284	APOC3	P02656	99 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SRD5A1	P18405	259 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	IER3	P46695	156 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	PPT1	P50897	306 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	ICAM4	Q14773	271 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	HAGH	Q16775	308 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	KHDC3L	Q587J8	217 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	CYP2G1P	Q6ZSU1	146 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	RBM14	Q96PK6	669 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	RARRES2	Q99969	163 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SLC25A33	Q9BSK2	321 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	TCRBV4S1A1T	A0A5B7	111 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284		I3L2K1	104 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	HMGB3	O15347	200 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	EIF3G	O75821	320 aa	Known RBP eCLIP	11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	MT-CO2	P00403	227 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	IGHV3-48	P01763	117 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	BCL2	P10415	239 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	EGR2	P11161	476 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	TTC9C	Q8N5M4	171 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	C5orf56	Q8N8D9	126 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	TNFRSF19	Q9NS68	423 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	GNG13	Q9P2W3	67 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	MOB4	Q9Y3A3	225 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284		A0A1W2PPV4	95 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284		A6NDX4	124 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	IFNA1	P01562	189 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	HSPB1	P04792	205 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SELENOT	P62341	195 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	RHOB	P62745	196 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	HSPB9	Q9BQS6	159 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SLC35B3	Q9H1N7	401 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	IGLV11-55	A0A075B6I3	123 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	ZFP92	A6NM28	416 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284		K7EIM0	57 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SRP19	P09132	144 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	STAG3L2	P0CL84	134 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	STAG3L3	P0CL85	134 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SCGB2A2	Q13296	93 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	OR5R1	Q8NH85	324 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	TRGV9	Q99603	122 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	C19orf24	Q9BVV8	132 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	PITPNC1	Q9UKF7	332 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	PSMB11	A5LHX3	300 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	GATA2	P23769	480 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	TAGLN2	P37802	199 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	PSMB3	P49720	205 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	GUCA2B	Q16661	112 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SVBP	Q8N300	66 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SGMS2	Q8NHU3	365 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	RXFP4	Q8TDU9	374 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	FANCD2OS	Q96PS1	177 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	DUX5	Q96PT3	197 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	TMPRSS5	Q9H3S3	457 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	SEPSECS	Q9HD40	501 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	MANBAL	Q9NQG1	85 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	VAX2	Q9UIW0	290 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	VPREB3	Q9UKI3	123 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CUX1-209	ENST00000487284	NF1	P21359	2839 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	NIPBL	Q6KC79	2804 aa	eCLIP	11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	AMY1A	P04745	511 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	OR5G3	P0C626	314 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	DEFA5	Q01523	94 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	ZNF90	Q03938	601 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	KLK9	Q2XQG4	91 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	SPATA31B1P	Q5VZV4	182 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	SLC35E3	Q7Z769	313 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	OR4X1	Q8NH49	305 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	FAM110D	Q8TAY7	271 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	KLK9	Q9UKQ9	250 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	IGHV3-21	A0A0B4J1V1	117 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	ATP6V0E1	O15342	81 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	NDUFS6	O75380	124 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	CRLF1	O75462	422 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	SCO1	O75880	301 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	CXorf1	O96002	111 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	ARL14EPL	P0DKL9	152 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	GATAD1	Q8WUU5	269 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	RNF2	Q99496	336 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	FUT9	Q9Y231	359 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	SH2D7	A6NKC9	451 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	IGLC1	P0CG04	106 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	CRIP2	P52943	208 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	MEF2B	Q02080	365 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	FAM78B	Q5VT40	261 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	ATRAID	Q6UW56	229 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	TMEM68	Q96MH6	324 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	PFDN5	Q99471	154 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	MRPL32	Q9BYC8	188 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	ESM1	Q9NQ30	184 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	CLN5	O75503	358 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	SOHLH1	Q5JUK2	328 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	MIR17HG	Q75NE6	70 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	C16orf82	Q7Z2V1	217 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	IQCF2	Q8IXL9	164 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	TMEM86B	Q8N661	226 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CUX1-209	ENST00000487284	CYB561D1	Q8N8Q1	229 aa		11.11	□□□□□ -0.63

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