RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	MYOD1	P15172	320 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	SNCA	P37840	140 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	HOXA1	P49639	335 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	AP2S1	P53680	142 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	SUB1	P53999	127 aa	Known RBP eCLIP	10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	RAB11A	P62491	216 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	NHLH2	Q02577	135 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC51B	Q86UW2	128 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	PRIMA1	Q86XR5	153 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	TTC9C	Q8N5M4	171 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC24A4	Q8NFF2	622 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM170A	Q8WVE7	144 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	PINX1	Q96BK5	328 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	OR4C12	Q96R67	309 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	ARPC5L	Q9BPX5	153 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	CYTL1	Q9NRR1	136 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	VPREB3	Q9UKI3	123 aa		10.09	□□□□□ -0.79
TRAF4-208	ENST00000469529	KANTR	A0A1W2PQU2	76 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	BTBD17	A6NE02	478 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	NPIPB5	A8MRT5	1133 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	PRSS46	E5RG02	174 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	KCNAB3	O43448	404 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	BRI3	O95415	125 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	IFNA10	P01566	189 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	IGHV4-59	P01825	116 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	IGHG2	P01859	326 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	IGF1	P05019	195 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OR13C7	P0DN81	318 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	SRP14	P37108	136 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	EIF5A	P63241	154 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	HBG1	P69891	147 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	HBG2	P69892	147 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	VWC2	Q2TAL6	325 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	AKIRIN2	Q53H80	203 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	C10orf55	Q5SWW7	151 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	UBAC2	Q8NBM4	344 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OR10P1	Q8NGE3	313 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OR10W1	Q8NGF6	305 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OR1P1	Q8NH06	330 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	SGMS2	Q8NHU3	365 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	STOML3	Q8TAV4	291 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	RNASEH2C	Q8TDP1	164 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	CACNG8	Q8WXS5	425 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	PARD6G	Q9BYG4	376 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	ARV1	Q9H2C2	271 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	BOLA1	Q9Y3E2	137 aa		10.08	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	TNC	P24821	2201 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	DFFB	O76075	338 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OPN1MW	P04001	364 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OPN1MW2	P0DN77	364 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OPN1MW3	P0DN78	364 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	CTRB1	P17538	263 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	MDK	P21741	143 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	NPY1R	P25929	384 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	GPX4	P36969	197 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM267	Q0VDI3	215 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	CTRB2	Q6GPI1	263 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	HAPLN4	Q86UW8	402 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OR1S2	Q8NGQ3	325 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	ARPC1A	Q92747	370 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	P2RX4	Q99571	388 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	HINT2	Q9BX68	163 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	ZC4H2	Q9NQZ6	224 aa		10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	SON	P18583	2426 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	MDFIC2	A0A1B0GVS7	189 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	CORT	O00230	105 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	CST7	O76096	145 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OR8U8	P0C7N1	319 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	METTL15P1	P0C7V9	234 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	RPL15	P61313	204 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	DLK1	P80370	383 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	ARL16	Q0P5N6	197 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF266	Q14584	549 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	C19orf54	Q5BKX5	351 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	SPINK9	Q5DT21	86 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	ETV3L	Q6ZN32	361 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM219	Q86XT9	240 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	OR5C1	Q8NGR4	320 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	C22orf15	Q8WYQ4	148 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	BSCL2	Q96G97	398 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	SLA2	Q9H6Q3	261 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXL17	Q9UF56	701 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	F11R	Q9Y624	299 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	JMJD1C	Q15652	2540 aa		10.06	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529		H3BP45	60 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	GNB1	P62873	340 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	NDP	Q00604	133 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	LY6E	Q16553	131 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	ASPHD1	Q5U4P2	390 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529		Q8N2B8	174 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	PHYHIPL	Q96FC7	376 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP5S	Q99766	215 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	WFDC1	Q9HC57	220 aa		10.05	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	BORCS7-ASMT	A0A0B4J1R7	106 aa		10.04	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXO24	O75426	580 aa		10.04	□□□□□ -0.8
TRAF4-208	ENST00000469529	IFNA4	P05014	189 aa		10.04	□□□□□ -0.8

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.2 ms