RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-43D	P0DP04	118 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TPT1	P13693	172 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	PCP4	P48539	62 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	PPT1	P50897	306 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	H2BFS	P57053	126 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	NHLH2	Q02577	135 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	RNASE10	Q5GAN6	216 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	SLC35E3	Q7Z769	313 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	OR5AU1	Q8NGC0	362 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	OR10J5	Q8NHC4	309 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	GPR61	Q9BZJ8	451 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TREM1	Q9NP99	234 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	GAR1	Q9NY12	217 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	COMMD9	Q9P000	198 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	AK3	Q9UIJ7	227 aa		6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	RBM7	Q9Y580	266 aa	Known RBP	6.93	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	DSCAML1	Q8TD84	2053 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TMEM272	A0A1B0GTI8	110 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PPE3	182 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	PSMB11	A5LHX3	300 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	SEC14L6	B5MCN3	397 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	APOA2	P02652	100 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	RAB5A	P20339	215 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	CAV2	P51636	162 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	NUTF2	P61970	127 aa	Known RBP	6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	GAGE1	Q13065	139 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	EBI3	Q14213	229 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	SRSF7	Q16629	238 aa	Known RBP eCLIP	6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	KHDC1L	Q5JSQ8	128 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	EIF5AL1	Q6IS14	154 aa	Known RBP	6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ZNF436-AS1	Q8NC38	126 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	CFHR4	Q92496	578 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ARHGAP5-AS1	Q96IT6	56 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	RNF5	Q99942	180 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	NICN1	Q9BSH3	213 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	PECR	Q9BY49	303 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	FLVCR2	Q9UPI3	526 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TMED3	Q9Y3Q3	217 aa		6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TSSC4	Q9Y5U2	329 aa	Predicted RBP	6.92	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TCRBV4S1A1T	A0A5B7	111 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	GOSR2	O14653	212 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	SOCS1	O15524	211 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	MB	P02144	154 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	LINC00614	P0C842	121 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	HIST1H1D	P16402	221 aa	Known RBP	6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	HLA-G	P17693	338 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	VDAC1	P21796	283 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	DTYMK	P23919	212 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	CD24	P25063	80 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	PPP1CC	P36873	323 aa	Known RBP	6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	GPR12	P47775	334 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	REG1B	P48304	166 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	LUM	P51884	338 aa	Predicted RBP	6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	CLDN12	P56749	244 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	BLCAP	P62952	87 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	RHEB	Q15382	184 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	CT45A1	Q5HYN5	189 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	LDLRAD2	Q5SZI1	272 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	LCE3B	Q5TA77	95 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	C11orf87	Q6NUJ2	197 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ZNF880	Q6PDB4	577 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ZNF383	Q8NA42	475 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ZNF439	Q8NDP4	499 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	OR52L2P	Q8NGH6	319 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	CT45A3	Q8NHU0	189 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	UBALD1	Q8TB05	177 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ZNF471	Q9BX82	626 aa	Predicted RBP	6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285		Q9N2K0	584 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	SERTAD4	Q9NUC0	356 aa		6.91	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TRAV14DV4	A0A0A6YYC5	116 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	MARCH11	A6NNE9	402 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	LDLRAD4	O15165	306 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TNP2	Q05952	138 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	PLGLA	Q15195	96 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	MMD	Q15546	238 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	PYY3	Q5JQD4	70 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	C5orf56	Q8N8D9	126 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	INO80E	Q8NBZ0	244 aa	Predicted RBP	6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	OR5M8	Q8NGP6	311 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	NUDCD2	Q8WVJ2	157 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ST6GALNAC6	Q969X2	333 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	S100A16	Q96FQ6	103 aa	Known RBP	6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ADTRP	Q96IZ2	230 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	WNT10A	Q9GZT5	417 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	ZNF581	Q9P0T4	197 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	RNF150	Q9ULK6	438 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	SIGLEC9	Q9Y336	463 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	WASHC3	Q9Y3C0	194 aa		6.9	□□□□□ -1.3
USP3-208	ENST00000558285	TGOLN2	O43493	480 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	DUS4L	O95620	317 aa	Known RBP	6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CD74	P04233	296 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CD5	P06127	495 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	OR10A3	P58181	314 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TMEM267	Q0VDI3	215 aa	Predicted RBP	6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	RTL8B	Q17RB0	113 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	NSUN5P1	Q3KNT7	163 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	KIAA2026	Q5HYC2	2103 aa		6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	CXorf66	Q5JRM2	361 aa	Predicted RBP	6.9	□□□□□ -1.31
USP3-208	ENST00000558285	TEX38	Q6PEX7	206 aa		6.9	□□□□□ -1.31

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