RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477970.1

PTPRF-212, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 2

Gene PTPRF, Length 3,321 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-212ENST00000477970 RAB39BQ96DA2 213 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 MAP1LC3BQ9GZQ8 125 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 TMEM242Q9NWH2 141 aa10.08□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ARID1AO14497 2285 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 CEBPZOSA8MTT3 80 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 C1orf196B1AJZ1 125 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 VHLLQ6RSH7 139 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 RBMS3Q6XE24 437 aaKnown RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ZDHHC16Q969W1 377 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 NPCDR1Q9BY65 106 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 PRELID1Q9Y255 219 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 WDR83OSQ9Y284 106 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 BSNQ9UPA5 3926 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 RAB5AP20339 215 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 EDDM3BP56851 147 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 MEF2CQ06413 473 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 CT45A1Q5HYN5 189 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 RPP25LQ8N5L8 163 aaKnown RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 CT45A3Q8NHU0 189 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 GNG13Q9P2W3 67 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 FOXA2Q9Y261 457 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 PUS1Q9Y606 427 aaKnown RBP eCLIP10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 PRSS46E5RG02 174 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 IL6RP08887 468 aaPredicted RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 IRF2P14316 349 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 FGF7P21781 194 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ACSM6Q6P461 480 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 OR4A16Q8NH70 328 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 RAB1CQ92928 201 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 MANBALQ9NQG1 85 aa10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 RALYQ9UKM9 306 aaKnown RBP10.07□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SEC14L6B5MCN3 397 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 IGKV1D-33P01593 117 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 IGKV1-33P01594 117 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 PRAMEF5Q5TYX0 476 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 LINC00518Q8N0U6 118 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 LINC00312Q9Y6C7 94 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 CHD6Q8TD26 2715 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 HEATR1Q9H583 2144 aaKnown RBP10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 A0A1W2PPH5 198 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 C15orf61A6NNL5 157 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 C17orf100A8MU93 164 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 THBDP07204 575 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 DLK1P80370 383 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ADIPOQQ15848 244 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 RPL39P5Q59GN2 51 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 Q8N7P7 452 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 C20orf24Q9BUV8 137 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ACTR3CQ9C0K3 210 aaPredicted RBP10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SLC39A9Q9NUM3 307 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 DPRXA6NFQ7 191 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 NKX6-3A6NJ46 265 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 FNDC10F2Z333 226 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SLC31A2O15432 143 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 OR2C1O95371 312 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 AKR1C3P42330 323 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 HEPN1Q6WQI6 88 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SLC25A48Q6ZT89 311 aaKnown RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 TMEM140Q9NV12 185 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 RPUSD1Q9UJJ7 312 aaKnown RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SPENQ96T58 3664 aaKnown RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 COL6A6A6NMZ7 2263 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SAA2-SAA4A0A096LPE2 208 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 TMEM250H0YL14 139 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 CYB5R3P00387 301 aaPredicted RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SAA2P0DJI9 122 aaPredicted RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 LTC4SQ16873 150 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 LCN15Q6UWW0 184 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 C8orf31Q8N9H6 132 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SAV1Q9H4B6 383 aaPredicted RBP10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 TMEM14BQ9NUH8 114 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 A0A1W2PPE2 198 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 hADV38S2A0JD32 116 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 LINC00205P59089 165 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 GFRALQ6UXV0 394 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 IQCF2Q8IXL9 164 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 OR10G9Q8NGN4 311 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 OR10G7Q8NGN6 311 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 TNFRSF13BO14836 293 aaPredicted RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ATP5IP56385 69 aaPredicted RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ACOT6Q3I5F7 207 aaPredicted RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 AKIRIN2Q53H80 203 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 C1orf229Q6ZS94 237 aaPredicted RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ZNF709Q8N972 641 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 LHX4Q969G2 390 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 TRAV38-1A0A0B4J264 116 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 DSCAMO60469 2012 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 RBMXL2O75526 392 aaKnown RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 IFNA17P01571 189 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 PRB1P04280 392 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 PLA2G2AP14555 144 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 CD1BP29016 333 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ELLP55199 621 aaPredicted RBP10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 OR2B8PP59922 312 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 TFF3Q07654 80 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 FFAR4Q5NUL3 377 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 FAM71F2Q6NXP2 309 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ZNF596Q8TC21 504 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 SDF2L1Q9HCN8 221 aa10.04□□□□□ -0.8
PTPRF-212ENST00000477970 ZNF257Q9Y2Q1 563 aa10.04□□□□□ -0.8
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54.4 ms