RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000577827.5

PTPRM-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type M, human

TSL 2

Gene PTPRM, Length 4,640 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRM-205	ENST00000577827	TSGA10	Q9BZW7	698 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	GUCA1B	Q9UMX6	200 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		11.77	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ATP5J	P18859	108 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CHST3	Q7LGC8	479 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	OTUD6B	Q8N6M0	293 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	IP6K1	Q92551	441 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	BCCIP	Q9P287	314 aa	Known RBP eCLIP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	AFAP1L1	Q8TED9	768 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	GPATCH11	Q8N954	259 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	TPCN1	Q9ULQ1	816 aa		11.76	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	JAK2	O60674	1132 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	IDE	P14735	1019 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CYP26C1	Q6V0L0	522 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	SELENOO	Q9BVL4	669 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	KAT14	Q9H8E8	782 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	OAS2	P29728	719 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	GBP2	P32456	591 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	KRT2	P35908	639 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	UBXN1	Q04323	297 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	TMCO5B	A8MYB1	307 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	PHACTR2	O75167	634 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ATP2B2	Q01814	1243 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	IFIT1B	Q5T764	474 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	B4GALNT4	Q76KP1	1039 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	PPM1E	Q8WY54	764 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC51	Q96ER9	411 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	PFKFB2	O60825	505 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	DNA2	P51530	1060 aa		11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	IRX3	P78415	501 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	DNAJC21	Q5F1R6	531 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	11.75	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827		A0A1W2PQ27	194 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827		A0A1W2PQ64	194 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827		A0A1W2PQD8	194 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	TSPY2	A6NKD2	308 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	PTH1R	Q03431	593 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ERCC6L	Q2NKX8	1250 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	RPGRIP1	Q96KN7	1286 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC113	Q9H0I3	377 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	NFE2L3	Q9Y4A8	694 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	NF2	P35240	595 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	NOP2	P46087	812 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	STX17	P56962	302 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC122	Q5T0U0	273 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	APPBP2	Q92624	585 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	MAP4K1	Q92918	833 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	PLCD4	Q9BRC7	762 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ATP7B	P35670	1465 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	EYA2	O00167	538 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ATRIP	Q8WXE1	791 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	SLC4A4	Q9Y6R1	1079 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	POTED	Q86YR6	584 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CHAMP1	Q96JM3	812 aa		11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	NSRP1	Q9H0G5	558 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	DEXI	O95424	95 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC172	P0C7W6	258 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ZSCAN26	Q16670	478 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	WWC2	Q6AWC2	1192 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	NCOA5	Q9HCD5	579 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	GOPC	Q9HD26	462 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	SLC39A6	Q13433	755 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC91	Q7Z6B0	441 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CETN1	Q12798	172 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	PPP2R5B	Q15173	497 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC121	Q6ZUS5	278 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	RASEF	Q8IZ41	740 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	USP28	Q96RU2	1077 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	SPTLC3	Q9NUV7	552 aa		11.73	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	POTEJ	P0CG39	1038 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	EZR	P15311	586 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CMA1	P23946	247 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	SUCLG2	Q96I99	432 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	PREX2	Q70Z35	1606 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	LDHC	P07864	332 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	ZNF76	P36508	570 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		11.72	□□□□□ -0.53
PTPRM-205	ENST00000577827	IPO4	Q8TEX9	1081 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.7 ms