RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NUP98	P52948	1817 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	DOCK2	Q92608	1830 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472		A0A0G2JLW4	131 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CPLX1	O14810	134 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	KIN	O60870	393 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	IGSF3	O75054	1194 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CDC25B	P30305	580 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ATP6V1A	P38606	617 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	HAND2	P61296	217 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	FAM160A1	Q05DH4	1040 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	STX1A	Q16623	288 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PI16	Q6UXB8	463 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TBC1D10C	Q8IV04	446 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SYNE4	Q8N205	404 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	AIDA	Q96BJ3	306 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	USP28	Q96RU2	1077 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	STRBP	Q96SI9	672 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	KRT23	Q9C075	422 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NCOA5	Q9HCD5	579 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	POLR3E	Q9NVU0	708 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MYH7	P12883	1935 aa		7.3	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NR1I2	O75469	434 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	LIFR	P42702	1097 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ITPK1	Q13572	414 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	RASGRF1	Q13972	1273 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ANO6	Q4KMQ2	910 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ADAL	Q6DHV7	355 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SARM1	Q6SZW1	724 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00301	Q8NCQ3	95 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ENGASE	Q8NFI3	743 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	WASF1	Q92558	559 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NBPF3	Q9H094	633 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NAPB	Q9H115	298 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CBX8	Q9HC52	389 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ANO10	Q9NW15	660 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	C4A	P0C0L4	1744 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	C4B	P0C0L5	1744 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MYH15	Q9Y2K3	1946 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SCN7A	Q01118	1682 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SEMA3E	O15041	775 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	DTNB	O60941	627 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MBD4	O95243	580 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NT5C2	P49902	561 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	UBE4A	Q14139	1066 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	STK38	Q15208	465 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CAMK4	Q16566	473 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	APOA5	Q6Q788	366 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CYB5R4	Q7L1T6	521 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CHST3	Q7LGC8	479 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PLA2G4D	Q86XP0	818 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CKAP2L	Q8IYA6	745 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TMTC2	Q8N394	836 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	JMY	Q8N9B5	988 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	FSIP1	Q8NA03	581 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SPTLC3	Q9NUV7	552 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	7.28	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TCHH	Q07283	1943 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	FAM237A	A0A1B0GTK4	181 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	SPTLC2	O15270	562 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	ZBTB43	O43298	467 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	AP5Z1	O43299	807 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	PPP6R2	O75170	966 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	APP	P05067	770 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	ME1	P48163	572 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF165	P49910	485 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF75D	P51815	510 aa		7.27	□□□□□ -1.25

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