RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	EBI3	Q14213	229 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	NSUN5P1	Q3KNT7	163 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	MOGAT2	Q3SYC2	334 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	STEAP3	Q658P3	488 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	CENPV	Q7Z7K6	275 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	TGIF2LX	Q8IUE1	241 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	OR5AU1	Q8NGC0	362 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	OR56B1	Q8NGI3	324 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	EAF1	Q96JC9	268 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	YPEL2	Q96QA6	119 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	ABHD14A	Q9BUJ0	271 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	OR51E2	Q9H255	320 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	RIMS4	Q9H426	269 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	ABRACL	Q9P1F3	81 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	RGS11	O94810	467 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	CD1B	P29016	333 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	NEDD8	Q15843	81 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	KCTD21	Q4G0X4	260 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	MOB1B	Q7L9L4	216 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	ODF3L1	Q8IXM7	274 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	IZUMO1	Q8IYV9	350 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	C5orf56	Q8N8D9	126 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	OR2T10	Q8NGZ9	312 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	CMSS1	Q9BQ75	279 aa	Known RBP	11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179		Q9N2K0	584 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	SSR3	Q9UNL2	185 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PNKP-223	ENST00000629179	CMYA5	Q8N3K9	4069 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	NCBP2L	A6PVI3	153 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	FGF16	O43320	207 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	LANCL1	O43813	399 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	OR3A3	P47888	321 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	LY6G6F	Q5SQ64	297 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	C10orf99	Q6UWK7	81 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179		Q8N6K4	173 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	RAB3C	Q96E17	227 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	CHCHD6	Q9BRQ6	235 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	PARP12	Q9H0J9	701 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	RNF167	Q9H6Y7	350 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	KCNK7	Q9Y2U2	307 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179		A0A075B6Q4	140 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	NOTO	A8MTQ0	251 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	ADARB2-AS1	A8MUL3	147 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	RAB27B	O00194	218 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	ST8SIA5	O15466	376 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	TXNL1	O43396	289 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	MOS	P00540	346 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	SCT	P09683	121 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	RAB6A	P20340	208 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	GADD45A	P24522	165 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	HLA-DRB3	P79483	266 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	CD83	Q01151	205 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	TCTEX1D4	Q5JR98	221 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	TPRA1	Q86W33	373 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	OR2AK2	Q8NG84	335 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	OR10R2	Q8NGX6	335 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	MRPL20	Q9BYC9	149 aa	Known RBP	11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	C12orf4	Q9NQ89	552 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	PLSCR3	Q9NRY6	295 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	OR1A1	Q9P1Q5	309 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	SLC23A1	Q9UHI7	598 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	SAA2-SAA4	A0A096LPE2	208 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	LOC100506127	A0A0U1RQW1	187 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1W2PRX2	142 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	LINC01548	A6NM66	108 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	CD3G	P09693	182 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	CLEC2L	P0C7M8	214 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	SAA2	P0DJI9	122 aa	Predicted RBP	11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	GNB3	P16520	340 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	CD36	P16671	472 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	SDC2	P34741	201 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	CEACAM6	P40199	344 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	F2RL1	P55085	397 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	LSAMP	Q13449	338 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	NDUFA11	Q86Y39	141 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179		Q8N9W7	124 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	KCTD7	Q96MP8	289 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	NOL4L	Q96MY1	436 aa	Predicted RBP	11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	ATG5	Q9H1Y0	275 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	IFI27L2	Q9H2X8	130 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	LINC00527	Q9UJ94	153 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	MGAT4A	Q9UM21	535 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	MEGF8	Q7Z7M0	2845 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV1-6	A0A0C4DH72	117 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	METTL21EP	A6NDL7	271 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	TRDC	B7Z8K6	153 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	HSPA12A	O43301	675 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	SNRPB	P14678	240 aa	Known RBP	11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	MXD1	Q05195	221 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	RPL39P5	Q59GN2	51 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF833P	Q6ZTB9	187 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	PTX4	Q96A99	478 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	ABHD14B	Q96IU4	210 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	S1PR3	Q99500	378 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	NABP2	Q9BQ15	211 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	C11orf54	Q9H0W9	315 aa	Predicted RBP	11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	DAPK2	Q9UIK4	370 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	TCRBV4S1A1T	A0A5B7	111 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	PSMB11	A5LHX3	300 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PNKP-223	ENST00000629179	SERPINE3	A8MV23	424 aa		11.23	□□□□□ -0.61

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