RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	CD177	Q8N6Q3	437 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNF565	Q8N9K5	539 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNRF1	Q8ND25	227 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		Q8NFD4	153 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR56B1	Q8NGI3	324 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR4F5	Q8NH21	305 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A46	Q96AG3	418 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	UPRT	Q96BW1	309 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	S100A16	Q96FQ6	103 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CITED1	Q99966	193 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NAA50	Q9GZZ1	169 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DIABLO	Q9NR28	239 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	C1RL	Q9NZP8	487 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RSL24D1	Q9UHA3	163 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PEX16	Q9Y5Y5	336 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IGHV2-70D	A0A0C4DH43	119 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GUS0	222 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CLPSL1	A2RUU4	121 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD34B	A5PLL1	514 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NUDT19	A8MXV4	375 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ANKHD1-EIF4EBP3	H7C0V5	636 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		K7N7A8	449 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TNFRSF13B	O14836	293 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MGST3	O14880	152 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TIMM23	O14925	209 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GLA	P06280	429 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PPIAL4G	P0DN37	164 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	LMO1	P25800	156 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BLVRB	P30043	206 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TGFBR1	P36897	503 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	KCNJ3	P48549	501 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	VEGFC	P49767	419 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	EDDM3B	P56851	147 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SCAND1	P57086	179 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RPS27A	P62979	156 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	HOXA4	Q00056	320 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PAX2	Q02962	417 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ARL6IP1	Q15041	203 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CTF1	Q16619	201 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PIGY	Q3MUY2	71 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NHLRC3	Q5JS37	347 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RUSC1-AS1	Q66K80	236 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR10K2	Q6IF99	312 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RAB12	Q6IQ22	244 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	C9orf139	Q6ZV77	190 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	LYPD6	Q86Y78	171 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CMTM4	Q8IZR5	234 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM216B	Q8N7L0	139 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM110D	Q8TAY7	271 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RAB40A	Q8WXH6	277 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PTX4	Q96A99	478 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ISOC1	Q96CN7	298 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RCC1L	Q96I51	464 aa	Known RBP	7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GAFA1	Q96PS6	74 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GFI1	Q99684	422 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DPCD	Q9BVM2	203 aa	Predicted RBP	7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CHIA	Q9BZP6	476 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CHST6	Q9GZX3	395 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BATF3	Q9NR55	127 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ING3	Q9NXR8	418 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	COMMD3	Q9UBI1	195 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MAB21L2	Q9Y586	359 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ETV7	Q9Y603	341 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CEPT1	Q9Y6K0	416 aa		7.16	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NBEAL2	Q6ZNJ1	2754 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TRBV23-1	A0A0A0MS06	115 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TMEM272	A0A1B0GTI8	110 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PP11	408 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	hADV38S2	A0JD32	116 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TMEM14DP	A8MWL7	114 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM25A	B3EWG3	89 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM25C	B3EWG5	89 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM25G	B3EWG6	89 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNF701	M0R085	212 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	HSPB6	O14558	160 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RGS5	O15539	181 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ENSA	O43768	121 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TALDO1	P37837	337 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RPL31	P62899	125 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	EDDM3A	Q14507	147 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	KRBOX4	Q5JUW0	171 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		Q6P435	159 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CRIP3	Q6Q6R5	217 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		Q6YL49	198 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SLC16A12	Q6ZSM3	486 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TRAPPC6B	Q86SZ2	158 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM185A	Q8N0U4	392 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR8H2	Q8N162	312 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SUMF2	Q8NBJ7	301 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TMEM104	Q8NE00	496 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR4M1	Q8NGD0	313 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NUDT16L1	Q9BRJ7	211 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CHMP1A	Q9HD42	196 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RAB9B	Q9NP90	201 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ETAA1	Q9NY74	926 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	KCNIP1	Q9NZI2	227 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IL36RN	Q9UBH0	155 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FBLN5	Q9UBX5	448 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SPATA2	Q9UM82	520 aa		7.15	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A0A075B6Q4	140 aa		7.14	□□□□□ -1.27

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