RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	IRF2	P14316	349 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ACHE	P22303	614 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PSMB9	P28065	219 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MAP2K4	P45985	399 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LMO4	P61968	165 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TNFAIP6	P98066	277 aa	Predicted RBP	7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	EMX1	Q04741	257 aa	Predicted RBP	7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ACSM1	Q08AH1	577 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TRAM1	Q15629	374 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	YIF1B	Q5BJH7	314 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CLVS2	Q5SYC1	327 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF773	Q6PK81	442 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF367	Q7RTV3	350 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SERPINA12	Q8IW75	414 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RDH10	Q8IZV5	341 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SPART	Q8N0X7	666 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR56B2P	Q8NGI1	322 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	C22orf15	Q8WYQ4	148 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RDH5	Q92781	318 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	GHSR	Q92847	366 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	FGGY	Q96C11	551 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	C10orf35	Q96D05	121 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ELMOD3	Q96FG2	381 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	JMJD8	Q96S16	334 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MGLL	Q99685	303 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF649	Q9BS31	505 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PAPOLG	Q9BWT3	736 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ACOT13	Q9NPJ3	140 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ESM1	Q9NQ30	184 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PAK1IP1	Q9NWT1	392 aa	Predicted RBP	7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF319	Q9P2F9	582 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MYEF2	Q9P2K5	600 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CKLF	Q9UBR5	152 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	IL19	Q9UHD0	177 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PPIAL4A	Q9Y536	164 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	WNK1	Q9H4A3	2382 aa		7.35	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TRAV20	A0A0B4J274	112 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	hCG_38984	A0A1B0GV85	526 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LOC107986453	A0A1B0GWG9	222 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LRRC30	A6NM36	301 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR4C45	A6NMZ5	311 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	DHRS7C	A6NNS2	312 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZNF850	A8MQ14	1090 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520		E9PI62	339 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PLPP2	O43688	288 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PSPN	O60542	156 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CDC14B	O60729	498 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	NCR1	O76036	304 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CST4	P01036	141 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CD1A	P06126	327 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MAPK3	P27361	379 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	KIR3DL2	P43630	455 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	NANOS3	P60323	173 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CCL8	P80075	99 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	MLLT11	Q13015	90 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PRDX4	Q13162	271 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	IRF3	Q14653	427 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	CDK5R1	Q15078	307 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TBCE	Q15813	527 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	HFE	Q30201	348 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ARMCX4	Q5H9R4	360 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PRR31	Q5SQ13	230 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	AVPI1	Q5T686	147 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PLCXD3	Q63HM9	321 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	USP43	Q70EL4	1123 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZDHHC23	Q8IYP9	409 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZFP41	Q8N8Y5	198 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	ZDHHC22	Q8N966	263 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR11L1	Q8NGX0	322 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR14K1	Q8NGZ2	314 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PP6455	Q8WZ26	134 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SGCD	Q92629	289 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SMIM19	Q96E16	107 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RNF170	Q96K19	258 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	LYZL4	Q96KX0	146 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	TECTB	Q96PL2	329 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	DUX5	Q96PT3	197 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	OR5M11	Q96RB7	305 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	PDCD1LG2	Q9BQ51	273 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SLC30A2	Q9BRI3	323 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RTL8A	Q9BWD3	113 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SUCNR1	Q9BXA5	334 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SLITRK2	Q9H156	845 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	SAP30L	Q9HAJ7	183 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520	RHBDD3	Q9Y3P4	386 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520		V9GYS6	101 aa		7.34	□□□□□ -1.23
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GTI1	187 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	C5orf63	A6NC05	138 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		A6NIN4	97 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	IFNL4	K9M1U5	179 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZFPL1	O95159	310 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CYB5A	P00167	134 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	HLA-DPB1	P04440	258 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GRP	P07492	148 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FAH	P16930	419 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PRKACB	P22694	351 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PSMA1	P25786	263 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MAGEB1	P43366	347 aa		7.33	□□□□□ -1.24

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