RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 SIAH2O43255 324 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 CDK1P06493 297 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 NAT2P11245 290 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 ID1P41134 155 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 NPBWR1P48145 328 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 RFX2P48378 723 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 GNB1P62873 340 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 RPUSD3Q6P087 351 aaKnown RBP7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC71Q8IV32 467 aaPredicted RBP7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 MUC15Q8N387 334 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 AKR7LQ8NHP1 331 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 DYNC2LI1Q8TCX1 351 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM208Q9BTX3 173 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 FXYD6Q9H0Q3 95 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 OR2S2Q9NQN1 319 aa7.17□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 M0QZK8 103 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 ANGPTL5Q86XS5 388 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 ARL11Q969Q4 196 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 BARD1Q99728 777 aaKnown RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 TXN2Q99757 166 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 FOXJ2Q9P0K8 574 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 KLK13Q9UKR3 277 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 MEIOCA2RUB1 952 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 NPIPB8E9PQR5 432 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 GDF9O60383 454 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 DHRS3O75911 302 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SNCGO76070 127 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 TNFRSF1BP20333 461 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 S100A1P23297 94 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 MRPL19P49406 292 aaKnown RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF468Q5VIY5 522 aaPredicted RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PCSK4Q6UW60 755 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 OR4X2Q8NGF9 303 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 OR52L2PQ8NGH6 319 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 DHRS9Q9BPW9 319 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SLC25A21Q9BQT8 299 aaPredicted RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 CACNG6Q9BXT2 260 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 ABCG5Q9H222 651 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SLC38A1Q9H2H9 487 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SLA2Q9H6Q3 261 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 NARFLQ9H6Q4 476 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 AK6Q9Y3D8 172 aaKnown RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 TRBV4-1A0A0J9YWV2 114 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PIPP12273 146 aaPredicted RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 CMC4P56277 68 aaPredicted RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SSBP1Q04837 148 aaKnown RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 DOC2BQ14184 412 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SFRP5Q5T4F7 317 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 FBXW12Q6X9E4 464 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 CYP4V2Q6ZWL3 525 aaPredicted RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SPRED2Q7Z698 418 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF511Q8NB15 262 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PFDN5Q99471 154 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 EXOSC5Q9NQT4 235 aaKnown RBP eCLIP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 RASL12Q9NYN1 266 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 K7ENP7 123 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 NGFP01138 241 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 GYPBP06028 91 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 FGF2P09038 288 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 VEGFCP49767 419 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PCOLCEQ15113 449 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 OR2T2Q6IF00 324 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 STEAP1BQ6NZ63 245 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 OR51E1Q8TCB6 317 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 RHOFQ9HBH0 211 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 FOXS1O43638 330 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 DXOO77932 396 aaKnown RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PNPP00491 289 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 MC5RP33032 325 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 CEBPGP53567 150 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 NSUN5P2Q63ZY6 315 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 C6orf89Q6UWU4 347 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 GCSAMQ8N6F7 178 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 LGALS12Q96DT0 336 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF75AQ96N20 296 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 DOK1Q99704 481 aa7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 RANBP3Q9H6Z4 567 aaPredicted RBP7.16□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PLXNA1Q9UIW2 1896 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 A0A0G2JMZ2 1700 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM129A0AVI4 362 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SULT1C2O00338 296 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 KCNAB3O43448 404 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SOX15O60248 233 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SNAP29O95721 258 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 CLDN1O95832 211 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 GCSHP23434 173 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 UBE2G2P60604 165 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 BLOC1S1P78537 153 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 ZP4Q12836 540 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PRDX4Q13162 271 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 TIGITQ495A1 244 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PXDC1Q5TGL8 231 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 KDM4DQ6B0I6 523 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 OR10AD1Q8NGE0 317 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 NUDT8Q8WV74 236 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 MCHR2Q969V1 340 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 SIGLEC12Q96PQ1 595 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 A0A1W2PS18 150 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 TCRBV3S1A0A5B6 114 aa7.15□□□□□ -1.26
PTPRB-209ENST00000550857 PROB1E7EW31 1015 aa7.15□□□□□ -1.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 65.5 ms