RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637110.1

CLN3-257, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 565 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-257ENST00000637110 UFL1O94874 794 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 RPS12P25398 132 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 IGHMBP2P38935 993 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 TBC1D10BQ4KMP7 808 aaPredicted RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 FBXO46Q6PJ61 603 aaPredicted RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 DLK2Q6UY11 383 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 MIER1Q8N108 512 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 TBC1D16Q8TBP0 767 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 ZC3H12CQ9C0D7 883 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 GREM2Q9H772 168 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 DBNDD1Q9H9R9 158 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 C9orf78Q9NZ63 289 aaPredicted RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 POLLQ9UGP5 575 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 GGA1Q9UJY5 639 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 DOK7Q18PE1 504 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 BEND3Q5T5X7 828 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 ZNF296Q8WUU4 475 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 ZBTB12Q9Y330 459 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 YDJCA8MPS7 323 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 FKBP1BP68106 108 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 RASAL3Q86YV0 1011 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 MRPL50Q8N5N7 158 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 MPHOSPH8Q99549 860 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-257ENST00000637110 COL4A1P02462 1669 aa14.71□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 XDHP47989 1333 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 ANKRD18BA2A2Z9 1011 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 PSMD14O00487 310 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 ECE2O60344 883 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 ITGA6P23229 1130 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 ATP2B4P23634 1241 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 NOM1Q5C9Z4 860 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 RBM26Q5T8P6 1007 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 PLA2G12BQ9BX93 195 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 LRRC37AA6NMS7 1700 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 MYH3P11055 1940 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 ALDH1L1O75891 902 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 CASP7P55210 303 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 KIF4BQ2VIQ3 1234 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 SSH1Q8WYL5 1049 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 CDCA5Q96FF9 252 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 SMC4Q9NTJ3 1288 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 BSDC1Q9NW68 430 aaPredicted RBP14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 GGA3Q9NZ52 723 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 PODXL2Q9NZ53 605 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 PAPPA2Q9BXP8 1791 aa14.69□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 GRM8O00222 908 aa14.68□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 TBC1D8O95759 1140 aa14.68□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 EGFRP00533 1210 aa14.68□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 IFIT5Q13325 482 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 TAF7LQ5H9L4 462 aa14.68□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 MINPP1Q9UNW1 487 aa14.68□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 DUOX1Q9NRD9 1551 aa14.68□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 PTPRCP08575 1304 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 GPR25O00155 361 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 CSF1RP07333 972 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 KCNJ4P48050 445 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 INTS3Q68E01 1043 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 RTL9Q8NET4 1388 aa14.67□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 FXR1P51114 621 aaKnown RBP eCLIP14.66□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 CCDC57Q2TAC2 916 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 ALDH1L2Q3SY69 923 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 LMBR1LQ6UX01 489 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 ANKRD2Q9GZV1 360 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 SPEF2Q9C093 1822 aa14.66□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 FKTNO75072 461 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 CCT4P50991 539 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 FOXO4P98177 505 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 FBXW7Q969H0 707 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 KCNQ5Q9NR82 932 aa14.65□□□□□ -0.06
CLN3-257ENST00000637110 MKI67P46013 3256 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 TM4SF4P48230 202 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP14.64□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 SREBF2Q12772 1141 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 EPHA10Q5JZY3 1008 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 CNNM1Q9NRU3 951 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 LEMD3Q9Y2U8 911 aa14.64□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 RBBP6Q7Z6E9 1792 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 WTIPA6NIX2 430 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 PLIN1O60240 522 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 CT47B1P0C2W7 299 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 NBPF7P0C2Y1 421 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 CHRNDQ07001 517 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 ANGEL2Q5VTE6 544 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 SUCLG2Q96I99 432 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 ZNF594Q96JF6 807 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 ZNF804BA4D1E1 1349 aa14.63□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 LDHAL6AQ6ZMR3 332 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 HELBQ8NG08 1087 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 CFHR5Q9BXR6 569 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 NOB1Q9ULX3 412 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 KIAA0100Q14667 2235 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 PITPNM2Q9BZ72 1349 aa14.62□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 USP17L3A6NCW0 530 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 USP17L4A6NCW7 530 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 TAF5LO75529 589 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 VIL1P09327 827 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 SCARF1Q14162 830 aa14.61□□□□□ -0.07
CLN3-257ENST00000637110 USP17L1Q7RTZ2 530 aa14.61□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.9 ms