RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 GBA2Q9HCG7 927 aaPredicted RBP23.51■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 LEMD3Q9Y2U8 911 aa23.51■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD2Q9GZV1 360 aa23.5■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 GGA3Q9NZ52 723 aa23.5■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 MYO3BQ8WXR4 1341 aa23.5■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 PITPNM2Q9BZ72 1349 aa23.5■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 CSF1RP07333 972 aa23.5■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 USP17L8P0C7I0 530 aa23.5■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 CASP7P55210 303 aa23.5■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 CASP8AP2Q9UKL3 1982 aa23.49■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 CCDC102AQ96A19 550 aa23.49■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 COA1Q9GZY4 146 aa23.49■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 MYOZ2Q9NPC6 264 aa23.49■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 ADM5C9JUS6 153 aa23.48■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 ITGA6P23229 1130 aa23.48■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 RGMBQ6NW40 437 aa23.48■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 MPHOSPH8Q99549 860 aa23.48■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 PAPPA2Q9BXP8 1791 aa23.48■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 EXOSC9Q06265 439 aaKnown RBP23.47■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 SCARF1Q14162 830 aa23.47■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 STRIP1Q5VSL9 837 aa23.46■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 ECM29Q5VYK3 1845 aa23.45■■□□□ 1.35
CLN3-241ENST00000635861 ZNF804BA4D1E1 1349 aa23.45■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 FKBP1BP68106 108 aa23.45■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 FAM161AQ3B820 660 aa23.45■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 ANGEL2Q5VTE6 544 aaKnown RBP23.45■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 DACT2Q5SW24 774 aa23.44■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 OGFOD1Q8N543 542 aa23.44■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 CDCA5Q96FF9 252 aa23.44■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD18BA2A2Z9 1011 aa23.43■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 FAM155AB1AL88 458 aaPredicted RBP23.43■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 DLK2Q6UY11 383 aa23.43■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 ABHD8Q96I13 439 aa23.42■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 ASTN2O75129 1339 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 ZNF157P51786 506 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 BEND3Q5T5X7 828 aa23.42■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 REM2Q8IYK8 340 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 SAGE1Q9NXZ1 904 aa23.42■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 WTIPA6NIX2 430 aaPredicted RBP23.41■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 SLC10A3P09131 477 aa23.4■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 KCNJ4P48050 445 aa23.4■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 CHRNDQ07001 517 aa23.4■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 IFIT5Q13325 482 aaKnown RBP23.4■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 TTLL5Q6EMB2 1281 aa23.4■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 C15orf52Q6ZUT6 534 aaKnown RBP23.4■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 TXNRD3Q86VQ6 643 aa23.4■■□□□ 1.34
CLN3-241ENST00000635861 TSKSQ9UJT2 592 aa23.39■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 HDAC9Q9UKV0 1011 aa23.39■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 FOXO4P98177 505 aa23.38■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 SPINK5Q9NQ38 1064 aaPredicted RBP23.38■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 WNT10BO00744 389 aa23.37■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 ALDH1L1O75891 902 aa23.37■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 FBXW7Q969H0 707 aa23.37■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 ZIC5Q96T25 663 aa23.37■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 F6X3S4 739 aa23.36■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 GRM8O00222 908 aa23.36■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP23.36■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 NBPF9Q3BBW0 867 aa23.36■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 FAM9BQ8IZU0 186 aa23.36■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 COL1A1P02452 1464 aaPredicted RBP23.36■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 CD209Q9NNX6 404 aa23.35■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 IRS2Q9Y4H2 1338 aa23.35■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 NF2P35240 595 aa23.34■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 CCDC57Q2TAC2 916 aa23.34■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 APOBEC3FQ8IUX4 373 aaKnown RBP23.34■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 KLRK1P26718 216 aa23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 GTF2IP78347 998 aa23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 LMBR1LQ6UX01 489 aa23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 ZNF804AQ7Z570 1209 aa23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 RASAL3Q86YV0 1011 aa23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 MXD3Q9BW11 206 aa23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 C9orf78Q9NZ63 289 aaPredicted RBP23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 CHMP3Q9Y3E7 222 aa23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 ZNF521Q96K83 1311 aa23.33■■□□□ 1.33
CLN3-241ENST00000635861 FKBP1AP62942 108 aaKnown RBP23.33■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa23.33■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 ARAP2Q8WZ64 1704 aa23.33■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 IL1R1P14778 569 aa23.32■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 ZBED3Q96IU2 234 aaPredicted RBP23.32■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 TAF7LQ5H9L4 462 aa23.31■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 LDHAL6AQ6ZMR3 332 aa23.31■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 KIAA0825Q8IV33 1275 aa23.31■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 MTMR14Q8NCE2 650 aa23.31■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 CSRNP1Q96S65 589 aa23.31■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 RNF186Q9NXI6 227 aa23.31■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 LAMB1P07942 1786 aa23.3■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 TAF5LO75529 589 aa23.3■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 MCOLN1Q9GZU1 580 aa23.3■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 SASH1O94885 1247 aa23.29■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 EPHA10Q5JZY3 1008 aa23.29■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 CNNM1Q9NRU3 951 aa23.29■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 SLC4A10Q6U841 1118 aa23.28■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 HELBQ8NG08 1087 aaPredicted RBP23.28■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 UTYO14607 1347 aa23.28■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 TRPA1O75762 1119 aa23.27■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 DGKZQ13574 1117 aa23.27■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 DLGAP5Q15398 846 aa23.27■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 PPP2R3BQ9Y5P8 575 aa23.27■■□□□ 1.32
CLN3-241ENST00000635861 PTPRCP08575 1304 aa23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.7 ms