RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000529813.1

USP47-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 47, human

TSL 2

Gene USP47, Length 3,123 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP47-208	ENST00000529813	TRAF5	O00463	557 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	HSPA6	P17066	643 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	SASH1	O94885	1247 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	USP48	Q86UV5	1035 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	VEZT	Q9HBM0	779 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	GPRC5D	Q9NZD1	345 aa		5.74	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	EYA2	O00167	538 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	USP17L8	P0C7I0	530 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	BCAM	P50895	628 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	CD209	Q9NNX6	404 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	CHD4	Q14839	1912 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	CACNA1S	Q13698	1873 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	EGFR	P00533	1210 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	SLC5A1	P13866	664 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	TIMM10	P62072	90 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	POTEH	Q6S545	545 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	PODN	Q7Z5L7	613 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	LDHD	Q86WU2	507 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	COA1	Q9GZY4	146 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ADARB2	Q9NS39	739 aa	Known RBP	5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ABCF2	Q9UG63	623 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		5.73	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	CEP350	Q5VT06	3117 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	CLRN2	A0PK11	232 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ATP2B3	Q16720	1220 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	SULF1	Q8IWU6	871 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	GGA3	Q9NZ52	723 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	TAF1	P21675	1872 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	MS4A1	P11836	297 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	TFCP2	Q12800	502 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ADM5	C9JUS6	153 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	PDE8B	O95263	885 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	DLGAP5	Q15398	846 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	SNRK	Q9NRH2	765 aa		5.72	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		5.71	□□□□□ -1.49
USP47-208	ENST00000529813	APLP1	P51693	650 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	FSTL1	Q12841	308 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	SCARF1	Q14162	830 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	VPS33B	Q9H267	617 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	RTL9	Q8NET4	1388 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	ADORA1	P30542	326 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	UBE4A	Q14139	1066 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	5.71	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	CNKSR2	Q8WXI2	1034 aa		5.7	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		5.7	□□□□□ -1.5
USP47-208	ENST00000529813	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		5.7	□□□□□ -1.5

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