RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515011.5

PDE4D-223, Transcript of phosphodiesterase 4D, human

TSL 1 (best)

Gene PDE4D, Length 2,175 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PDE4D-223	ENST00000515011	GJB2	P29033	226 aa		27.22	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	OSBP2	Q969R2	916 aa		27.22	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	MCAM	P43121	646 aa		27.22	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	27.22	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	FAM177B	A6PVY3	158 aa		27.21	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	FGFR2	P21802	821 aa		27.21	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		27.21	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	NECAB1	Q8N987	351 aa		27.21	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		27.21	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	STOX1	Q6ZVD7	989 aa		27.21	■■□□□ 1.95
PDE4D-223	ENST00000515011	MRE11	P49959	708 aa		27.2	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		27.2	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	PI16	Q6UXB8	463 aa		27.2	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	LPIN2	Q92539	896 aa		27.2	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	APPBP2	Q92624	585 aa		27.2	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		27.2	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	NHS	Q6T4R5	1651 aa		27.2	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	27.19	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	27.19	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	GPT2	Q8TD30	523 aa		27.19	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	USP21	Q9UK80	565 aa		27.19	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	LAMA4	Q16363	1823 aa		27.19	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	SCN7A	Q01118	1682 aa		27.19	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	XRCC6	P12956	609 aa	Known RBP eCLIP	27.19	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	RGL2	O15211	777 aa		27.18	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	BTAF1	O14981	1849 aa		27.18	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		27.18	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	CCDC102B	Q68D86	513 aa		27.18	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	27.17	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	WASHC4	Q2M389	1173 aa		27.17	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	DDX24	Q9GZR7	859 aa	Known RBP eCLIP	27.17	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		27.17	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	MBD3	O95983	291 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	F13A1	P00488	732 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	PDIA4	P13667	645 aa	Known RBP	27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	PHKA1	P46020	1223 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	FBXO41	Q8TF61	875 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	GRPEL1	Q9HAV7	217 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	MTMR6	Q9Y217	621 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	ATRN	O75882	1429 aa		27.16	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011		Q6ZUG5	572 aa		27.15	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	SLC5A1	P13866	664 aa		27.15	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	27.15	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	27.15	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	FOXP2	O15409	715 aa		27.14	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		27.14	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		27.14	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	CTNNA3	Q9UI47	895 aa		27.14	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		27.14	■■□□□ 1.94
PDE4D-223	ENST00000515011		E7EWF7	191 aa		27.14	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	ADD2	P35612	726 aa		27.14	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF445	P59923	1031 aa		27.14	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	27.14	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	27.13	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	27.13	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	GTF3C6	Q969F1	213 aa		27.12	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	27.12	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011		A0A0G2JLW4	131 aa		27.12	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	27.12	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		27.12	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	PDC	P20941	246 aa		27.11	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	KCNQ4	P56696	695 aa		27.11	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		27.11	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	UBE3C	Q15386	1083 aa		27.11	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	27.11	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		27.11	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	27.11	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	GPAA1	O43292	621 aa		27.1	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	STK3	Q13188	491 aa		27.09	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	BRF1	Q92994	677 aa		27.09	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	27.09	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	DTNB	O60941	627 aa		27.09	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		27.09	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	DOCK2	Q92608	1830 aa		27.09	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	COL4A1	P02462	1669 aa		27.09	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	RPS6KA4	O75676	772 aa		27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	ERFE	Q4G0M1	354 aa		27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	USP48	Q86UV5	1035 aa		27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	CASZ1	Q86V15	1759 aa		27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	GDPD2	Q9HCC8	539 aa		27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	27.08	■■□□□ 1.93
PDE4D-223	ENST00000515011	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		27.07	■■□□□ 1.92
PDE4D-223	ENST00000515011	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	27.07	■■□□□ 1.92
PDE4D-223	ENST00000515011	FGA	P02671	866 aa		27.07	■■□□□ 1.92
PDE4D-223	ENST00000515011	SPATA5	Q8NB90	893 aa		27.07	■■□□□ 1.92
PDE4D-223	ENST00000515011	PANK2	Q9BZ23	570 aa		27.07	■■□□□ 1.92
PDE4D-223	ENST00000515011	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		27.07	■■□□□ 1.92
PDE4D-223	ENST00000515011	NARF	Q9UHQ1	456 aa		27.07	■■□□□ 1.92

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