RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000251722.10

USP40-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene USP40, Length 5,692 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-201ENST00000251722 CLN3Q13286 438 aa11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CCSMST1Q4G0I0 132 aa11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 OVCH1Q7RTY7 1134 aa11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 DPY19L4Q7Z388 723 aa11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ZNF383Q8NA42 475 aa11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 NMNAT3Q96T66 252 aa11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CDX2Q99626 313 aaPredicted RBP11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ISYNA1Q9NPH2 558 aa11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ZNF391Q9UJN7 358 aa11.62□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 LOC100289279A0A1B0GTE1 492 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 SERTM1A2A2V5 107 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 GYPBP06028 91 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ADH4P08319 380 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 FBXO45P0C2W1 286 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ANXA7P20073 488 aaKnown RBP11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 MYBPHQ13203 477 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 GFRALQ6UXV0 394 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 DMBX1Q8NFW5 382 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 DYNC2LI1Q8TCX1 351 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 RBM38Q9H0Z9 239 aaKnown RBP11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 GLRX2Q9NS18 164 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 COL24A1Q17RW2 1714 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 KCNE1BA0A087WTH5 132 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 LOC105378220A0A1B0GUY1 285 aaPredicted RBP11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 TRDV1A0A1B0GX56 115 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 PRR27Q6MZM9 219 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 LSRQ86X29 649 aaPredicted RBP11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ARIH2OSQ8N7S6 290 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 OR13C9Q8NGT0 318 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 IGHV1OR15-9A0A0B4J2B8 117 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 PPM1DO15297 605 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 TMEM183BQ1AE95 376 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 LAX1Q8IWV1 398 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 MZB1Q8WU39 189 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 TMEM255BQ8WV15 326 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ZNF707Q96C28 371 aaPredicted RBP11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 VAMP8Q9BV40 100 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 HRO43593 1189 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 LAP3P28838 519 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CRMP1Q14194 572 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ZNF273Q14593 569 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 BRICD5Q6PL45 260 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 FCRLAQ7L513 359 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 BPIFB2Q8N4F0 458 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 OR4F15Q8NGB8 312 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 OR2A1Q8NGT9 310 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 UHRF2Q96PU4 802 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 TMEM43Q9BTV4 400 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ARV1Q9H2C2 271 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 PARD6AQ9NPB6 346 aa11.61□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 J3KTA2 159 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 SH2D1BO14796 132 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CALCBP10092 127 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CSF2RBP32927 897 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 GAB1Q13480 694 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 RBMS3Q6XE24 437 aaKnown RBP11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 IL34Q6ZMJ4 242 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CYHR1Q6ZMK1 362 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 LILRA3Q8N6C8 439 aaPredicted RBP11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 OR1J1Q8NGS3 322 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 NMNAT2Q9BZQ4 307 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 TXNIPQ9H3M7 391 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ZNF586Q9NXT0 402 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 MRPL15Q9P015 296 aaKnown RBP11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 KIAA1551Q9HCM1 1747 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 TRGV8A0A0C4DH27 118 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 TMEM129A0AVI4 362 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 PPP5D1E7EU14 171 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 DEGS1O15121 323 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 DAPP51397 102 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 RAC1P63000 192 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 KCNAB1Q14722 419 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CEBPEQ15744 281 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 PDLIM3Q53GG5 364 aaPredicted RBP11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 MEX3BQ6ZN04 569 aaKnown RBP11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CMTM4Q8IZR5 234 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 EMG1Q92979 244 aaKnown RBP11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 GPR78Q96P69 363 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 AMBRA1Q9C0C7 1298 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 FN3KRPQ9HA64 309 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 SIRT7Q9NRC8 400 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 CTSFQ9UBX1 484 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 IGLV3-16A0A075B6K0 115 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 C21orf140B9A014 251 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 G3V3Y1 287 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 M0R082 166 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 HMGN4O00479 90 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 BMI1P35226 326 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 RPL29P47914 159 aaKnown RBP11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 RAB7AP51149 207 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 SCGB2A2Q13296 93 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 AQP6Q13520 282 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 RUNX2Q13950 521 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 MEP1BQ16820 701 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 LYPD4Q6UWN0 246 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 BAGE3Q86Y29 109 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 BAGE2Q86Y30 109 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 SYS1Q8N2H4 156 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ZNF439Q8NDP4 499 aa11.6□□□□□ -0.55
USP40-201ENST00000251722 ABHD4Q8TB40 342 aa11.6□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.5 ms