RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000542717.1

CHD4-209, Transcript of chromodomain helicase DNA binding protein 4, human

TSL 3

Gene CHD4, Length 204 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHD4-209	ENST00000542717	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	UBXN2A	P68543	259 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	CAP1	Q01518	475 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	SCARF1	Q14162	830 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	TMEM31	Q5JXX7	168 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	UBE2Q1	Q7Z7E8	422 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	SLC51A	Q86UW1	340 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	RAET1E	Q8TD07	263 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	U2AF1L4	Q8WU68	220 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	PPM1E	Q8WY54	764 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	PRUNE2	Q8WUY3	3088 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	SCN7A	Q01118	1682 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	YDJC	A8MPS7	323 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	FYB1	O15117	783 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	SLC24A1	O60721	1099 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	FOXK2	Q01167	660 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	SEMA6B	Q9H3T3	888 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	DBNDD1	Q9H9R9	158 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ZFYVE28	Q9HCC9	887 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	SPTBN5	Q9NRC6	3674 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	NCAPD2	Q15021	1401 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	EYS	Q5T1H1	3165 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717		G3V3G9	751 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	SGPL1	O95470	568 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ZBTB48	P10074	688 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	GRK4	P32298	578 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	PRMT2	P55345	433 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	MDM2	Q00987	491 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	NECAB2	Q7Z6G3	386 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ATXN2L	Q8WWM7	1075 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	PAWR	Q96IZ0	340 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	WNK4	Q96J92	1243 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	TRIM47	Q96LD4	638 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ASB2	Q96Q27	587 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	NYX	Q9GZU5	481 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	RIMBP2	O15034	1052 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	GNRH1	P01148	92 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	A1BG	P04217	495 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	HOXD10	P28358	340 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	MRPS5	P82675	430 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	CRY2	Q49AN0	593 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	USP38	Q8NB14	1042 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	COL26A1	Q96A83	441 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	NECAB3	Q96P71	396 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	DEFB118	Q96PH6	123 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	EPHX3	Q9H6B9	360 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	THEG	Q9P2T0	379 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	RIPOR2	Q9Y4F9	1068 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	LAMA2	P24043	3122 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CHD4-209	ENST00000542717	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		4.53	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	MUC3A	Q02505	3323 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	DOK7	Q18PE1	504 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	WASHC4	Q2M389	1173 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	LBHD1	Q9BQE6	289 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	UNC93B1	Q9H1C4	597 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	LGR6	Q9HBX8	967 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	FZD1	Q9UP38	647 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	ABCC12	Q96J65	1359 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	NCOR1	O75376	2440 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	FAM86C2P	A6NEL3	165 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	C6orf229	H3BNL8	230 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	PPP1R12B	O60237	982 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	ECE2	O60344	883 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	LACTB	P83111	547 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	SP8	Q8IXZ3	490 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	DIS3L	Q8TF46	1054 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	NLRP3	Q96P20	1036 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	UIMC1	Q96RL1	719 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	MYOZ2	Q9NPC6	264 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	SRRD	Q9UH36	339 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CHD4-209	ENST00000542717	MYPN	Q86TC9	1320 aa		4.5	□□□□□ -1.69

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