RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488279.6

PTPN4-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 5

Gene PTPN4, Length 662 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-211	ENST00000488279	UFL1	O94874	794 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	FLII	Q13045	1269 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	DPF2	Q92785	391 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	COL4A1	P02462	1669 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279		G3V3G9	751 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	VAMP4	O75379	141 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	TRAF5	O00463	557 aa		28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	MICALL2	Q8IY33	904 aa		28.9	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279		H7C1W4	665 aa		28.89	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	KCNQ5	Q9NR82	932 aa		28.89	■■■□□ 2.22
PTPN4-211	ENST00000488279	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	28.88	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	CST9	Q5W186	159 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	SHTN1	A0MZ66	631 aa		28.87	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	GCKR	Q14397	625 aa		28.87	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		28.87	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	GREM2	Q9H772	168 aa		28.87	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	XDH	P47989	1333 aa		28.87	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		28.86	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	ATP2B4	P23634	1241 aa		28.85	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		28.85	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	28.85	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	BSDC1	Q9NW68	430 aa	Predicted RBP	28.85	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	28.85	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	28.84	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		28.84	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	LINS1	Q8NG48	757 aa		28.84	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	AIDA	Q96BJ3	306 aa		28.84	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	28.84	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	RTL9	Q8NET4	1388 aa		28.84	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	TNS4	Q8IZW8	715 aa		28.83	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		28.83	■■■□□ 2.21
PTPN4-211	ENST00000488279	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	28.82	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		28.82	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		28.82	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	ECE1	P42892	770 aa		28.81	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	FOXN1	O15353	648 aa		28.8	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	28.8	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	28.8	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	WBP1L	Q9NX94	342 aa		28.8	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	CASP7	P55210	303 aa		28.79	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	PODN	Q7Z5L7	613 aa		28.79	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	CAPNS2	Q96L46	248 aa		28.79	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	28.78	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	USP48	Q86UV5	1035 aa		28.78	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	EGFR	P00533	1210 aa		28.77	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	CSF1R	P07333	972 aa		28.77	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	ITGA6	P23229	1130 aa		28.77	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	28.77	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		28.77	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		28.77	■■■□□ 2.2
PTPN4-211	ENST00000488279	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	28.76	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	GRM1	Q13255	1194 aa		28.76	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	28.76	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		28.76	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	AGBL3	Q8NEM8	1001 aa		28.76	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	28.76	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		28.76	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	28.75	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279		F6X3S4	739 aa		28.75	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	FAM161A	Q3B820	660 aa		28.75	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		28.75	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	USP17L3	A6NCW0	530 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	USP17L4	A6NCW7	530 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	BEND3	Q5T5X7	828 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		28.74	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		28.73	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		28.73	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		28.73	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	MED23	Q9ULK4	1368 aa		28.73	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	28.72	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	TRPM7	Q96QT4	1865 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	CACNA1F	O60840	1977 aa		28.71	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		28.71	■■■□□ 2.19
PTPN4-211	ENST00000488279	USP17L8	P0C7I0	530 aa		28.7	■■■□□ 2.18
PTPN4-211	ENST00000488279	MAP2K2	P36507	400 aa		28.7	■■■□□ 2.18
PTPN4-211	ENST00000488279	GML	Q99445	158 aa		28.7	■■■□□ 2.18
PTPN4-211	ENST00000488279	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		28.69	■■■□□ 2.18
PTPN4-211	ENST00000488279	ZNF521	Q96K83	1311 aa		28.69	■■■□□ 2.18
PTPN4-211	ENST00000488279	DLK2	Q6UY11	383 aa		28.69	■■■□□ 2.18
PTPN4-211	ENST00000488279	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		28.69	■■■□□ 2.18
PTPN4-211	ENST00000488279	COA1	Q9GZY4	146 aa		28.69	■■■□□ 2.18
PTPN4-211	ENST00000488279	SCN9A	Q15858	1988 aa		28.69	■■■□□ 2.18

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