RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	CBR1	P16152	277 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	PAX7	P23759	505 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	RUNX1T1	Q06455	604 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	AGAP6	Q5VW22	663 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	MDP1	Q86V88	176 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FBXL14	Q8N1E6	418 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FITM2	Q8N6M3	262 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FAM86B1	Q8N7N1	296 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF566	Q969W8	418 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	TRMT61A	Q96FX7	289 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FOXB1	Q99853	325 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	KCNS3	Q9BQ31	491 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	GSX1	Q9H4S2	264 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CD300A	Q9UGN4	299 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ENPP4	Q9Y6X5	453 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	NAV3	Q8IVL0	2385 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ABCA1	O95477	2261 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179		A0A087WUU8	490 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	TRIM64	A6NGJ6	449 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	TRIM64B	A6NI03	449 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	MCIDAS	D6RGH6	385 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FAM107A	O95990	144 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV3-15	P01624	115 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CRYAA	P02489	173 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	PGA4	P0DJD7	388 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	PGA3	P0DJD8	388 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CD79A	P11912	226 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FOSL1	P15407	271 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CALCR	P30988	508 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	IDH3G	P51553	393 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	MXRA7	P84157	204 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	MYBPC1	Q00872	1141 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	NAAA	Q02083	359 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	PRKCD	Q05655	676 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	PIGF	Q07326	219 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	NPRL3	Q12980	569 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	C3orf36	Q3SXR2	165 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	SAMD4B	Q5PRF9	694 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	C11orf71	Q6IPW1	123 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF730	Q6ZMV8	503 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF627	Q7L945	461 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CYP4Z1	Q86W10	505 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CCDC36	Q8IYA8	594 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	DEFB107A	Q8IZN7	70 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CIART	Q8N365	385 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	MUC15	Q8N387	334 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FAM169B	Q8N8A8	192 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ASB10	Q8WXI3	467 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ACOT11	Q8WXI4	607 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	C18orf12	Q96KH6	178 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	C7orf34	Q96L11	122 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF347	Q96SE7	839 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	KATNB1	Q9BVA0	655 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	GRIP2	Q9C0E4	1043 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	GORASP2	Q9H8Y8	452 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	NMNAT1	Q9HAN9	279 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	NOX3	Q9HBY0	568 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CBLN4	Q9NTU7	201 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	B3GNT2	Q9NY97	397 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	GDF2	Q9UK05	429 aa	Predicted RBP	12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179		V9GYQ6	96 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ZAN	Q9Y493	2812 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	VPS13C	Q709C8	3753 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CR1	P17927	2039 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	TRAV27	A0A087WT01	109 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	HTR3E	A5X5Y0	456 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179		H7C1Q1	480 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	hCG_2039718	K7EN88	272 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	DHH	O43323	396 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	TRMU	O75648	421 aa	Known RBP	12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	DIRAS1	O95057	198 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV4-39	P01824	125 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	IGHG1	P01857	330 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	QDPR	P09417	244 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	SAG	P10523	405 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ACADS	P16219	412 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	APOBEC3A	P31941	199 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ARR3	P36575	388 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CLRN1	P58418	232 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	VLDLR	P98155	873 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FHL1	Q13642	323 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	KRT72	Q14CN4	511 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	FXN	Q16595	210 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	GKAP1	Q5VSY0	366 aa	Predicted RBP	12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF544	Q6NX49	715 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	C16orf89	Q6UX73	402 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	RNF113B	Q8IZP6	322 aa	Known RBP	12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	SYT14	Q8NB59	555 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	OR51A7	Q8NH64	312 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	HTRA1	Q92743	480 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	NSL1	Q96IY1	281 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	TNFRSF13C	Q96RJ3	184 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	SMR3A	Q99954	134 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	BDH2	Q9BUT1	245 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	CACNG6	Q9BXT2	260 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	MRPL13	Q9BYD1	178 aa	Known RBP	12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF224	Q9NZL3	707 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	NDUFAF4	Q9P032	175 aa		12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	SAMD4A	Q9UPU9	718 aa	Known RBP	12.34	□□□□□ -0.43
PNKP-223	ENST00000629179	HIF3A	Q9Y2N7	669 aa		12.34	□□□□□ -0.43

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