RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	PIN1P1	O15428	100 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	EEF1E1	O43324	174 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFB5	O43674	189 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ICOSLG	O75144	302 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF254	O75437	659 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	UPK3A	O75631	287 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	SLC25A12	O75746	678 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	LDOC1	O95751	146 aa	Predicted RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ECD	O95905	644 aa	Predicted RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	CYC1	P08574	325 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	RAB40AL	P0C0E4	278 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ANKRD34C	P0C6C1	535 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	PNLIP	P16233	465 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ALOX5AP	P20292	161 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	CXCR1	P25024	350 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	MST1	P26927	711 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	OR1D4	P47884	311 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	CCR9	P51686	369 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	NKX2-5	P52952	324 aa	Predicted RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	OR1D5	P58170	312 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	SLC26A5	P58743	744 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	AP3S2	P59780	193 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF117	Q03924	483 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	LTB	Q06643	244 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	RPL18	Q07020	188 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	MAB21L1	Q13394	359 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	SQSTM1	Q13501	440 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ALKBH1	Q13686	389 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	UBXN2B	Q14CS0	331 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	MFSD13A	Q14CX5	517 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	NTRK2	Q16620	822 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472		Q499Y3	187 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	MEST	Q5EB52	335 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	FAM69A	Q5T7M9	428 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	SLC22A10	Q63ZE4	541 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	CBLN3	Q6UW01	205 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	LRRN1	Q6UXK5	716 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	IL20RB	Q6UXL0	311 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	APOOL	Q6UXV4	268 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	GRINA	Q7Z429	371 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	RABEPK	Q7Z6M1	372 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	PLCZ1	Q86YW0	608 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	C9orf40	Q8IXQ3	194 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	TOMM5	Q8N4H5	51 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF321P	Q8N8H1	164 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ASCC1	Q8N9N2	400 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	GATS	Q8NAP1	163 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	NLGN4Y	Q8NFZ3	816 aa	Predicted RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	OR13C5	Q8NGS8	318 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	GRPEL2	Q8TAA5	225 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF671	Q8TAW3	534 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ZFAND1	Q8TCF1	268 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ZPLD1	Q8TCW7	415 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	UBASH3B	Q8TF42	649 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	SMIM4	Q8WVI0	70 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	RAB40A	Q8WXH6	277 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	YIPF5	Q969M3	257 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	OMA1	Q96E52	524 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	SCMH1	Q96GD3	660 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ADAD1	Q96M93	576 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	MOGAT1	Q96PD6	335 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	DERL3	Q96Q80	235 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	TSPAN32	Q96QS1	320 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	OR2M2	Q96R28	347 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	OR14A2	Q96R54	314 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	GAL3ST4	Q96RP7	486 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	LMF1	Q96S06	567 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	INTS14	Q96SY0	518 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ADO	Q96SZ5	270 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	YIPF2	Q9BWQ6	316 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	GTPBP2	Q9BX10	602 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	GON7	Q9BXV9	100 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	TBL1XR1	Q9BZK7	514 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	ACTR6	Q9GZN1	396 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	COMMD4	Q9H0A8	199 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	DUSP15	Q9H1R2	295 aa	Predicted RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	NOX4	Q9NPH5	578 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	BRD7	Q9NPI1	651 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	MRM2	Q9UI43	246 aa	Known RBP	5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	MAU2	Q9Y6X3	613 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472		V9GY05	133 aa		5.68	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	COL5A1	P20908	1838 aa	Predicted RBP	5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	MYO10	Q9HD67	2058 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV5-7	A0A0A0MS05	114 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	TRABD2B	A6NFA1	517 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	OR2W5	A6NFC9	320 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472		A8MUA0	341 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472		A8MVM7	634 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	FAM47E-STBD1	D6RA91	191 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	GABARAP	H6UMI1	98 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	XKRY	O14609	159 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	BCAT2	O15382	392 aa	Predicted RBP	5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	HCRTR2	O43614	444 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	OR2T1	O43869	369 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	FADS1	O60427	444 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	PRAF2	O60831	178 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	SDC3	O75056	442 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	NPIPB7	O75200	414 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	DXO	O77932	396 aa	Known RBP	5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-223	ENST00000566472	AHSA1	O95433	338 aa		5.67	□□□□□ -1.5

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