RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	SPON1	Q9HCB6	807 aa		14.81	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		14.81	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		14.81	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	TAF1	P21675	1872 aa		14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	FOXO4	P98177	505 aa		14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	ATP8B2	P98198	1209 aa		14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		14.8	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	KLHL34	Q8N239	644 aa		14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	KAZALD1	Q96I82	304 aa		14.79	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	MTX1	Q13505	466 aa		14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	FAM161A	Q3B820	660 aa		14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		14.78	□□□□□ -0.04
DDB1-223	ENST00000543658	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	CSF1R	P07333	972 aa		14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	ITGA6	P23229	1130 aa		14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	GREM2	Q9H772	168 aa		14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	14.77	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	RTL9	Q8NET4	1388 aa		14.76	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658		H0YIN7	160 aa		14.76	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	14.76	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	14.76	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658		A0A1B0GUL6	1792 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	POLA2	Q14181	598 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	SSH3	Q8TE77	659 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		14.75	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	LRP5	O75197	1615 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	NPR1	P16066	1061 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	14.74	□□□□□ -0.05	2e-8	■■□□□ 14.1
DDB1-223	ENST00000543658	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	14.74	□□□□□ -0.05	4e-6	■■□□□ 13.5
DDB1-223	ENST00000543658	MASTL	Q96GX5	879 aa		14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	14.74	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	ALDH1B1	P30837	517 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	PTGER2	P43116	358 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	GRAP	Q13588	217 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	CRY2	Q49AN0	593 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	GCC1	Q96CN9	775 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	SIL1	Q9H173	461 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		14.73	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	SRGN	P10124	158 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	COPRS	Q9NQ92	184 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	FBXO3	Q9UK99	471 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		14.72	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	APBB1	O00213	710 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	RAB11FIP3	O75154	756 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	TGFB2	P61812	414 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	STYK1	Q6J9G0	422 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	CNKSR1	Q969H4	720 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		14.71	□□□□□ -0.05
DDB1-223	ENST00000543658	EYA2	O00167	538 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	IGHD	P01880	384 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	CHRNA5	P30532	468 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	TMC4	Q7Z404	712 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	DCTPP1	Q9H773	170 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	SLX4	Q8IY92	1834 aa		14.7	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	CIAO1	O76071	339 aa		14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	14.69	□□□□□ -0.06
DDB1-223	ENST00000543658	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		14.69	□□□□□ -0.06

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