RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485943.1

USP40-216, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 4

Gene USP40, Length 568 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-216ENST00000485943 MCHR1Q99705 422 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 MED18Q9BUE0 208 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ASPNQ9BXN1 380 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 TRIM8Q9BZR9 551 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 NDEL1Q9GZM8 345 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 KAT8Q9H7Z6 458 aaKnown RBP7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SPAG4Q9NPE6 437 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 KRCC1Q9NPI7 259 aaPredicted RBP7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ZNF226Q9NYT6 803 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 TMEM181Q9P2C4 612 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 TAGLN3Q9UI15 199 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 RPS6KA6Q9UK32 745 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 PRDM4Q9UKN5 801 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 NOSIPQ9Y314 301 aaKnown RBP7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SH3GLB1Q9Y371 365 aa7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 HELZ2Q9BYK8 2649 aaKnown RBP7.21□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 A0A1W2PNV4 684 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CIB4A0PJX0 185 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CCT8L1PA6NM43 557 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CPSF4LA6NMK7 179 aaKnown RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 A8MVM7 634 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 FBP2O00757 339 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ADAM10O14672 748 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 MSTNO14793 375 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ZNF208O43345 1280 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 FRS3O43559 492 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 OR2T1O43869 369 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ADAM11O75078 769 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 MRPL33O75394 65 aaKnown RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 PMS2P2O95744 297 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CLDN1O95832 211 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 TGM6O95932 706 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 FAM107AO95990 144 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 TCN1P20061 433 aaPredicted RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 RPS4Y1P22090 263 aaKnown RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SSTR2P30874 369 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CEACAM8P31997 349 aaPredicted RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SLC7A2P52569 658 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ZNF136P52737 540 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 B3GALT5-AS1P59052 145 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SRSF1Q07955 248 aaKnown RBP eCLIP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 MFSD13AQ14CX5 517 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ZNF239Q16600 458 aaKnown RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 RABL3Q5HYI8 236 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 OTUD3Q5T2D3 398 aaPredicted RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ULK3Q6PHR2 472 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 DHRS4L2Q6PKH6 230 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 KLHL24Q6TFL4 600 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 PLXDC2Q6UX71 529 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CASP12Q6UXS9 341 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 TMPPEQ6ZT21 453 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 BEND4Q6ZU67 534 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 REC114Q7Z4M0 266 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ABHD12BQ7Z5M8 362 aaPredicted RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 GALNT5Q7Z7M9 940 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 MED12LQ86YW9 2145 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CHERPQ8IWX8 916 aaKnown RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 DMRTC2Q8IXT2 367 aaPredicted RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 MICU2Q8IYU8 434 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CDK20Q8IZL9 346 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CLIP4Q8N3C7 705 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 OR6K3Q8NGY3 331 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SLC35B4Q969S0 331 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 LRGUKQ96M69 825 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ZNF385DQ9H6B1 395 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 NGBQ9NPG2 151 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 PARPBPQ9NWS1 579 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CLCF1Q9UBD9 225 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 KCNE5Q9UJ90 142 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 OSGIN1Q9UJX0 560 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 TMEM72A0PK05 275 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 PRAMEF27A3QJZ7 478 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CLEC18AA5D8T8 446 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 WIPF3A6NGB9 483 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 M0R3H8 397 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SYT5O00445 386 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 FAAHO00519 579 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 ADAMDEC1O15204 470 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 DNPH1O43598 174 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 IFNW1P05000 195 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 C8BP07358 591 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 YES1P07947 543 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 RNF224P0DH78 156 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 FPR1P21462 350 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 AHCYP23526 432 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 RPS5P46782 204 aaKnown RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 MVDP53602 400 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 PSME3P61289 254 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 HOXC5Q00444 222 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 LIPEQ05469 1076 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 BNIP2Q12982 314 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CEACAM7Q14002 265 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 VEZF1Q14119 521 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SELPLGQ14242 412 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 POU4F3Q15319 338 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 OR1Q1Q15612 314 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 SLC25A53Q5H9E4 307 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 C1orf140Q5VVS0 124 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 CLEC18BQ6UXF7 455 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-216ENST00000485943 GGNQ86UU5 652 aa7.19□□□□□ -1.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.1 ms