RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477970.1

PTPRF-212, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 3,321 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC6A8	P48029	635 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RFX3	P48380	749 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PGD	P52209	483 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ELAVL1	Q15717	326 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	LRRC75A	Q8NAA5	344 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	NPEPL1	Q8NDH3	523 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ABHD4	Q8TB40	342 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	HAVCR2	Q8TDQ0	301 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DNASE2B	Q8WZ79	361 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ADIPOR1	Q96A54	375 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SENP5	Q96HI0	755 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	KCNJ15	Q99712	375 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	LAT2	Q9GZY6	243 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CAPN10	Q9HC96	672 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RNF215	Q9Y6U7	377 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RHPN2P1	A8MT19	583 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MCIDAS	D6RGH6	385 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SSX4	O60224	188 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	IFNA16	P05015	189 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	THBS2	P35442	1172 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SRSF5	Q13243	272 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ANGPT1	Q15389	498 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PYDC2	Q56P42	97 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	EMC4	Q5J8M3	183 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	LRRC28	Q86X40	367 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	OR52E2	Q8NGJ4	325 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF721	Q8TF20	911 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	LCOR	Q96JN0	433 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MIR1-1HG	Q9H1L0	117 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	NPFFR2	Q9Y5X5	522 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TNRC6B	Q9UPQ9	1833 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CCDC163	A0A0D9SF12	145 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TCRBV16S1A1N1	A0A5B0	115 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	HPGDS	O60760	199 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	GATB	O75879	557 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DCN	P07585	359 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	GPLD1	P80108	840 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	HACD4	Q5VWC8	232 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	B3GLCT	Q6Y288	498 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC41A2	Q96JW4	573 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CYSLTR2	Q9NS75	346 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SACM1L	Q9NTJ5	587 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	COMMD3	Q9UBI1	195 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	IER3IP1	Q9Y5U9	82 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TDRD6	O60522	2096 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	IGHV1OR21-1	A0A087WYE8	117 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	OR6C76	A6NM76	312 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SCD	O00767	359 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DDAH2	O95865	285 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CLU	P10909	449 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MYL9	P24844	172 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RBMS1	P29558	406 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF74	Q16587	644 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PLXDC1	Q8IUK5	500 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DUSP18	Q8NEJ0	188 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	C17orf47	Q8NEP4	570 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SMIM19	Q96E16	107 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	NDEL1	Q9GZM8	345 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ADAM19	Q9H013	955 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RERGL	Q9H628	205 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MOK	Q9UQ07	419 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970		A0A0G2JK05	382 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PLA2G10	O15496	165 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ZNF264	O43296	627 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	OR2B3	O76000	313 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	UTS2	O95399	124 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TF	P02787	698 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DDOST	P39656	456 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TMED10	P49755	219 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CAV3	P56539	151 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CDK5R1	Q15078	307 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PON3	Q15166	354 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DEFB133	Q30KQ1	61 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RPL22L1	Q6P5R6	122 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	NR2C2AP	Q86WQ0	139 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TMEM151B	Q8IW70	566 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC35F2	Q8IXU6	374 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	FAM98A	Q8NCA5	519 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	CMTM3	Q96MX0	182 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	C11orf54	Q9H0W9	315 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970		E9PI62	339 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ASAH2B	P0C7U1	165 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SP9	P0CG40	484 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	SLC2A2	P11168	524 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	AZGP1	P25311	298 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	UQCRC1	P31930	480 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	PLA2G5	P39877	138 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	GBX2	P52951	348 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RPL6	Q02878	288 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	MRPL28	Q13084	256 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	FAM122B	Q7Z309	247 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	EXD3	Q8N9H8	876 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	TBX5	Q99593	518 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RABL2A	Q9UBK7	228 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	FBXL4	Q9UKA2	621 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	RABL2B	Q9UNT1	228 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ARPC4-TTLL3	A0A0A6YYG9	625 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	ELOA3D	A6NLF2	546 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	DUX1	O43812	170 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-212	ENST00000477970	GPRIN2	O60269	458 aa		11.15	□□□□□ -0.62

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