RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485450.5

USP4-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2

Gene USP4, Length 3,541 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-211ENST00000485450 MRPL37Q9BZE1 423 aaKnown RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 OPN3Q9H1Y3 402 aaPredicted RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 SEMA4BQ9NPR2 832 aaPredicted RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 GALPQ9UBC7 116 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ZNF225Q9UK10 706 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 PPIEQ9UNP9 301 aaKnown RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ZNF451Q9Y4E5 1061 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 NPTNQ9Y639 398 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ARID1BQ8NFD5 2236 aaPredicted RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 TCAPO15273 167 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 DIRAS1O95057 198 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 SULT1A3P0DMM9 295 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 SULT1A4P0DMN0 295 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 PAX1P15863 534 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 CBR1P16152 277 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 RHCEP18577 417 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 AKT1P31749 480 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 INPP1P49441 399 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 PGDP52209 483 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 TSPAN5P62079 268 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 SNRPEP62304 92 aaKnown RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 VLDLRP98155 873 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 GPR176Q14439 515 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 LIPJQ5W064 366 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 GUSBP11Q6P575 273 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ZNF730Q6ZMV8 503 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 SSX9Q7RTT3 188 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 TGIF2LXQ8IUE1 241 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 MEIOBQ8N635 442 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ZBTB2Q8N680 514 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 DTD1Q8TEA8 209 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 OTUB1Q96FW1 271 aaPredicted RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 HBEGFQ99075 208 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 C2orf88Q9BSF0 95 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 NKX6-2Q9C056 277 aaPredicted RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 TXNL4BQ9NX01 149 aaKnown RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 SEC14L3Q9UDX4 400 aa7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 CDV3Q9UKY7 258 aaKnown RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 TMEM184BQ9Y519 407 aaPredicted RBP7.1□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 MUC6Q6W4X9 2439 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 BNIP3LO60238 219 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 PIP5K1CO60331 668 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ICOSLGO75144 302 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 CBR3O75828 277 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 MLYCDO95822 493 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 CFIP05156 583 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 PRDX3P30048 256 aaKnown RBP7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 SLC1A3P43003 542 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 EVX1P49640 407 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ERVPABLB-1P60509 514 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ANKS6Q68DC2 871 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 KDELC2Q7Z4H8 507 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 DTX1Q86Y01 620 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 LMNTD1Q8N9Z9 388 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 LMX1AQ8TE12 382 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 CCDC74AQ96AQ1 378 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 FAM120BQ96EK7 910 aaKnown RBP7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 TMEM41AQ96HV5 264 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 PPP3R2Q96LZ3 170 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 VSX1Q9NZR4 365 aaPredicted RBP7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 KMT2BQ9UMN6 2715 aaPredicted RBP7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 A0A0C4DFX4 3053 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 IGHV5-10-1A0A0J9YXX1 117 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 A0A1W2PPE3 182 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 MED6O75586 246 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 SNAPC5O75971 98 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 ZNF682O95780 498 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 S100A8P05109 93 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 IDSP22304 550 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 RORAP35398 523 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 DCDP81605 110 aaKnown RBP7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 FOXK1P85037 733 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 DHODHQ02127 395 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 MADCAM1Q13477 382 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 KIR2DS3Q14952 304 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 FAM198BQ6UWH4 519 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 NUDT13Q86X67 352 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 CACUL1Q86Y37 369 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 DCUN1D3Q8IWE4 304 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 C10orf111Q8N326 155 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 FTMTQ8N4E7 242 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 LINC01555Q8NAE3 123 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 CPPED1Q9BRF8 314 aaPredicted RBP7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 CRLS1Q9UJA2 301 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 MMACHCQ9Y4U1 282 aa7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 TNRC6AQ8NDV7 1962 aaKnown RBP7.09□□□□□ -1.27
USP4-211ENST00000485450 LOC105378220A0A1B0GUY1 285 aaPredicted RBP7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 CSO75390 466 aaKnown RBP7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 CRYBA1P05813 215 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 EPB42P16452 691 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 LCN1P31025 176 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 ID4P47928 161 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 IDH2P48735 452 aaKnown RBP7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 IL18Q14116 193 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 SPHARQ15513 63 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 SPDYE7PQ495Y7 208 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 SPIN4Q56A73 249 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 PRRT3Q5FWE3 981 aa7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 YOD1Q5VVQ6 348 aaPredicted RBP7.09□□□□□ -1.28
USP4-211ENST00000485450 ZNF57Q68EA5 555 aaPredicted RBP7.09□□□□□ -1.28
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 26.5 ms