RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	C1orf229	Q6ZS94	237 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	OR2L13	Q8N349	312 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	PTGR2	Q8N8N7	351 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ZDHHC22	Q8N966	263 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	NUP43	Q8NFH3	380 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	TOR1AIP2	Q8NFQ8	470 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	B4GALNT2	Q8NHY0	566 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	GPR151	Q8TDV0	419 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	FBF1	Q8TES7	1133 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	C16orf78	Q8WTQ4	265 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	CDKL2	Q92772	493 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM186	Q96B77	213 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	PHF21B	Q96EK2	531 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	MRGPRX4	Q96LA9	322 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	EQTN	Q9NQ60	294 aa		10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	DDX18	Q9NVP1	670 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	TNPO3	Q9Y5L0	923 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	GNG14	A0A1W2PPG7	69 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	TCRBV9S1A1T	A0A576	114 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	FAM159B	A6NKW6	160 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	GJE1	A6NN92	205 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	PCDH7	O60245	1069 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	NUDT14	O95848	222 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ITGA5	P08648	1049 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	IFNGR1	P15260	489 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	CRABP2	P29373	138 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	SLC7A1	P30825	629 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	SPR	P35270	261 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	IDH3G	P51553	393 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF117	Q03924	483 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	SCGB2A2	Q13296	93 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	RIN1	Q13671	783 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	LCE2C	Q5TA81	110 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	LETMD1	Q6P1Q0	360 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	FAHD2B	Q6P2I3	314 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	CBLN3	Q6UW01	205 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	CTAGE3P	Q8IX95	158 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	FBXO30	Q8TB52	745 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ELP4	Q96EB1	424 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	FAHD2A	Q96GK7	314 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	PKNOX2	Q96KN3	472 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	LRRC37B	Q96QE4	947 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	JMJD8	Q96S16	334 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	CDC42EP4	Q9H3Q1	356 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	NARFL	Q9H6Q4	476 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	BRF2	Q9HAW0	419 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	C3orf14	Q9HBI5	128 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ASB6	Q9NWX5	421 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	TAS2R16	Q9NYV7	291 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	VPS29	Q9UBQ0	182 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	PCTP	Q9UKL6	214 aa		10.23	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	LOC105371242	A0A075B767	164 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232		B9A039	149 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	NGFR	P08138	427 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	OR4A8	P0C604	315 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	HEPACAM	Q14CZ8	416 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ADIPOQ	Q15848	244 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	FAM83E	Q2M2I3	478 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	GGTA1P	Q4G0N0	100 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	GRTP1	Q5TC63	336 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	OR7E24	Q6IFN5	339 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	VHLL	Q6RSH7	139 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF786	Q8N393	782 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	OR52E4	Q8NGH9	312 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ACTRT1	Q8TDG2	376 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	PYROXD1	Q8WU10	500 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	APH1A	Q96BI3	265 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	APIP	Q96GX9	242 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	GPR78	Q96P69	363 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	SLC6A7	Q99884	636 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	EBPL	Q9BY08	206 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	TRIM31	Q9BZY9	425 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	SAP130	Q9H0E3	1048 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	RAB1B	Q9H0U4	201 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	PLK3	Q9H4B4	646 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	GLIPR2	Q9H4G4	154 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	CA10	Q9NS85	328 aa		10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	NOSIP	Q9Y314	301 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	KLF11	O14901	512 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	SEC31A	O94979	1220 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	H6PD	O95479	791 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	C2	P06681	752 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	HKR1	P10072	659 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	SNRPB	P14678	240 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	HPGD	P15428	266 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	PPOX	P50336	477 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	UBA52	P62987	128 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	FOXL1	Q12952	345 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	NDUFAF6	Q330K2	333 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	METTL2B	Q6P1Q9	378 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	UGT2A3	Q6UWM9	527 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF662	Q6ZS27	426 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	CARM1	Q86X55	608 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	CDC26	Q8NHZ8	85 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	WDR60	Q8WVS4	1066 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	OTUB1	Q96FW1	271 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	OR5B2	Q96R09	309 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	C1QTNF5	Q9BXJ0	243 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	SLC17A5	Q9NRA2	495 aa		10.21	□□□□□ -0.77
CLK3-222	ENST00000568232	UBQLN4	Q9NRR5	601 aa		10.21	□□□□□ -0.77

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